Application of biotechnological tools to model plant, Brachypodium distachyon
Model bitkide, Brachypodium distachyon biyoteknolojik yöntemlerin uygulanması
- Tez No: 309439
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HİKMET BUDAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 147
Özet
Brachypodium distachyon, tahılları ve yem bitkilerini içeren çim familyasını (Poaceae) temsil etmesi sebebi ile yakın zamanda model bir bitki olarak sunulmuştur. Bu çalışmada, Türkiye'nin farklı coğrafi bölgelerinden toplanan Brachypodium distachyon ile saf hatlar oluşturmak ve bu çeşitlilik içeren kolleksiyonu morfolojik ve sitolojik olarak karakterize etmek amaçlanmıştır. Bunun yanısıra, seçilen üç genotip için etkin bir doku kültürü sistemi ve partikül bombardımanı ve Agrobacterium aracılığı ile gen aktarım yöntemlerini kullanarak bir transformasyon sistemi kurulmuştur.Hatların fenotipik karakterizasyonu ve Brachypodium tohumlarından yapılan makro-/mikroelement analizleri geniş bir çeşitlilik ve belirgin farklılıklar göstermiştir. Olgun embriyoların kallus oluşturma oranlarının (%50 - %100) ve bu kallusların rejenerasyon kapasitelerinin (%11.7 - %52.3) genotipe bağlı olduğu bulunmuştur. Her genotip farklı doku kültürü şartlari ortaya koymuştur. Kallusların GUS (ß-glucorinidaz) geni ile partikül bombardımanı sonucunda, tüm üç genotip içinde %28.7 ortalama geçici gen aktarım etkinliği görülmüştür. Kalluslara gen aktarımında; Agrobacterium tumefaciens suşları (EHA105, LBA4404 ve AGL1), ilk ikisi kanamisin antibiyotiğine direnç (nptII geni) ve sonuncusu glufosinate amonyum bazlı herbisitlere dayanıklılık göstererek (bar geni), iki farklı büyüklükte altın partkülleri yada jilet ile yaralanmış kalluslara gen aktarımında kullanılmıştır. GUS geni ifadesi 0.0 ile 10.4 (GUS odakları/kallus) arasında değişmektedir. Tüm parametrelerin geçici gen ifadesi verimi üzerinde anlamlı bir etkisi olduğu bulunmuştur.Bilim camiasi için mevcut olan karakterize ettiğimiz bu germplasm koleksiyonu (146 saf hattın 116 tanesi diploid) ve bu araştırmada doku kültürü ve gen aktarımı çalışmaları için ilk kez kullanılan hatlar, Brachypodium ve enerji çimlerini de içeren diğer çim türlerinde ileride yapılacak olan genetik ve genomik çalişmaları destekleyebileceklerdir.
Özet (Çeviri)
Brachypodium distachyon has recently emerged as a model plant species for the grass family (Poaceae) which includes cereal crops and forage grasses. In the present study, it was aimed to create inbred lines of Brachypodium distachyon that were collected from different geographic regions of Turkey and characterize this diverse collection morphologically and cytologically. Besides, an efficient tissue culture and a plant transformation system using microprojectile bombardment and Agrobacterium-mediated gene transfer methods for three selected genotypes were established.Phenotypic characterization of the lines and macro-/microelement analysis in Brachypodium seeds showed extensive variation and significant differences. Callus formation percentages (50% to 100%) of the mature embryos and regeneration capacities of these calli (11.7% to 52.3%) were found to be genotype dependent. Each genotype displayed different responses to tissue culture conditions. Bombardment of the calli with the GUS (ß-glucorinidase) gene revealed an average transient transformation efficiency of 28.7% within all three genotypes. Agrobacterium tumefaciens strains (EHA105, LBA4404 and AGL1), first two conferring resistance to kanamycin (nptII gene) and the later to glufosinate ammonium based herbicides (bar gene), were used for the transformation of calli that were wounded by microprojectile bombardment with two different sizes of gold particles or cutting with a blade. The GUS expression ranged from 0.0 to 10.4 (GUS foci/callus). All parameters were found to have significant effect on transient gene expression efficiency.Our well-characterized germplasm collection (146 inbred lines and 116 of them diploid) is freely available for scientific community and the lines that were used for the first time in this research for plant tissue culture and transformation studies could aid for further genetic and genomics studies in Brachypodium and other grass species including energy grasses.
Benzer Tezler
- Production of recombinant antibody fragments in bacteria and their development towards medical diagnosis
Rekombinant antikor fragmanlarının bakterilerde üretimi ve tıbbi tanıya yönelik geliştirilmesi
İLKAY KOÇER KULOĞLU
Doktora
İngilizce
2021
Kimya MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EDA ÇELİK AKDUR
PROF. DR. MATTHEW P. DELISA
- Investigation of effect on different organic solvent on solid supported lipid bilayer via atomic force microscopy
Farklı organik çözücülerin yüzey destekli lipit katmanlar üzerine etkilerinin atomik kuvvet mikroskobu ile araştırılması
SÜLEYMAN ÇELİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMA NEŞE KÖK
DOÇ. DR. HAKAN ÖZGÜR ÖZER
- Biyoteknolojik ilaç araştırmaları için prostat kanseri 3-boyutlu hücre kültürü ve ko-kültür modellerinin oluşturulması
Establishment of 3D-cell culture and co-culture models of prostate cancer for biotechnological drug development
FERSU GÜL ASYA ÇALIŞIR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BİLGE DEBELEÇ BÜTÜNER
- Biyoteknolojik uygulamalar için Rhodobacter sphaeroides'e özgü ve oto-indüksiyon özelliğe sahip bir ekspresyon vektörünün geliştirilmesi
Construction of an auto-inducible expression vector for Rhodobacter sphaeroides for biotechnological applications
MÜNEVVER GÜLSÜM ORUÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyoteknolojiSelçuk ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN HÜSEYİN DOĞAN
- Machine-learning-assisted de novo design of molybdenum disulfide binding peptides
Molibden disülfid bağlayıcı peptitlerin makine öğrenimi destekli de novo tasarımı
ALP DENİZ ÖĞÜT
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyomühendislikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DENİZ TANIL YÜCESOY
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET SERKAN APAYDIN