Analysis of global regulatory factors acting on the expression of ywfH gene in Bacillus subtilis via electroporetic mobility shift assay method
Bacillus subtilis?te ywfH geninin ifadesi üzerine etki eden global düzenleyici faktörlerin ?electrophoretic mobility shift assay? metodu ile analizi
- Tez No: 310714
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Genetics, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 101
Özet
Basilisin, Bacillus subtilis tarafından sentezlenen, L-alanin ve L-antikapsin'den oluşan bir dipeptit (125 kDa) antibiyotiktir. Bir antibakteriyal ajan olarak, basilisin pek çok bakteri türüne hatta Candida albicans'a etki göstermektedir. Yakın zamanda, B. subtilis'in basilisin biyosentezinde bir polisistronik operon ywfBCDEFG ve bitişiğindeki monosistronik gen ywfH in görev aldığı bulunmuştur. Önceden, basilisin biyosentezi, ComQ/ComX, PhrC (CSF), ComP/ComA' nın Spo0K (Opp)'ye bağlı bir biçimde hücre yoğunluğu sinyali döngüsünün kontrolü altında gerçekleştiği gösterilmiştir. Ek olarak, basilisin üretiminin global düzenleyici Spo0A tarafından direk olarak, pozitif yönde düzenlenirken, geçiş evresi düzenleyicileri CodY ve AbrB tarafından direk olarak, negatif yönde düzenlendiği bulunmuştur. Çok yakın zaman içinde bu global düzenleyicilerin bac operonunun ifadesi üzerindeki etkisi ve bu global düzenleyicilerin bac promoter bölgesi ile olan etkileşimleri keşfedilmiştir. AbrB ve CodY proteinleri bac promotörünü doğrudan baskılayan negatif düzenleyicilerken, ComA ve Spo0A, bac operonun geçiş evresinde direk uyarılmasını sağlayan, pozitif yönde hareket eden düzenleyiciler olduğu gösterilmiştirdir. Bir sonraki çalışma olarak, bu çalışmada, ywfH promotörünün ComA, CodY, AbrB, Spo0A, ve DegU global düzenleyiciler için doğrudan hedef olup olmadığını ?Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA)? yöntemi kullanarak tanımlanması amaçlanmıştır. Bu amaçla, 414bç DNA parçasını içeren ywfH promotör bölgesi, saflaştırılmış C-ucu His6 kuyruklu ComA, Spo0A, AbrB, CodY ve DegU proteinlerinin çeşitli konsantrasyonları ile inkübe edilmiştir. Bunun dışında, AbrB-CodY, Spo0A-ComA, ComA-ComK ve ComA-DegU'nun eş zamanlı mı veya yarışmacı olarak mı PywfH`ne bağlandığını belirlemek amacıyla iki düzenleyici proteinin varlığında ?jel mobility shift? yöntemi tekrarlanmıştır.
Özet (Çeviri)
Bacilysin is a dipeptide antibiotic (125 kDa) composed of L-alanin and L-anticapsin in Bacillus subtilis. As an antibacterial agent, it is active against wide range of bacteria even Candida albicans. Recently, it was found that a polycistronic operon: ywfBCDEFG and adjacent monocistronic gene: ywfH were essential for the production of bacilysin. Previously it was shown that biosynthesis of bacilysin is under the positive control of quorum sensing global regulatory circuit through the action of ComQ/ComX, PhrC(CSF), ComP/ComA in a Spo0K (opp)-dependent manner. Additionally, bacilysin production is also positively regulated by global regulatory factor Spo0A and negatively regulated by transition state regulators, CodY and AbrB. Very recently, the effects of global regulatory factors ComA, Spo0A, CodY and AbrB on the expression of bac operon and their interaction with the promoter region of bac operon were investigated. It was shown that ComA and Spo0A act as a positive regulator which participates in the transition state induction of bac operon both directly by interacting with the bac promoter while AbrB and CodY are negative regulators which directly repress the bac promoter.As a further study, the present study aims to identify whether ywfH promoter is direct target for the global regulators; ComA, CodY, AbrB, Spo0A and DegU by using ?Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA)?. For this purpose, the 414 bp DNA fragment harboring the promoter region of ywfH were incubated with the various concentrations of the purified C-terminal His6-tagged-ComA, -Spo0A, -AbrB, -CodY, -DegU proteins. Moreover, the gel mobility shift assays were repeated in the presence of both regulatory proteins to determine whether AbrB-CodY, Spo0A-ComA, ComA-ComK and ComA-DegU could bind to ywfH promoter simultaneously or compete for binding.
Benzer Tezler
- Bacillus subtilis GntR ailesine ait LutR transkripsiyon faktörünün doğrudan kontrolü altındaki genlerin CHIP ve EMSA yöntemleriyle belirlenmesi
Determination of genes under the direct control of GntR-type transcriptional factor LutR in Bacillus subtilis PY79 by CHIP and EMSA methods
MURAT KEMAL AVCI
Doktora
Türkçe
2015
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN KARATAŞ
- Regulatory effect of transcriptional factor SinR and LutR on the expression of bacABCDEywfG operon in Bacillus subtilis
Bacillus subtilis'de SinR ve LutR transkripsiyon faktörlerinin bacABCDEywfG operonu üzerine düzenleyici etkisi
HASAN DEMİRCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN KARATAŞ
- Polivinil klorür (PVC) geri dönüşüm tesisinin yangın güvenliği ve fine kinney analiz metodu ile yangın riskinin değerlendirilmesi
Fire safety of polyvinyl chloride (PVC) recycling facility and assessment of fire risk using fine kinney analysis method
ALİ ZEYNELGİL
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
KimyaSakarya ÜniversitesiYangın ve Yangın Güvenliği Anabilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ŞAHİN DÜNDAR
- Stratejik kalite planlaması
Strategic quality planning
AYNUR ÖZYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. M. BÜLENT DURMUŞOĞLU
- Advances in robust identification of spline models and networks by robust conic optimization, with applications to different sectors
Değişik sektörlere uygulamalarıyla birlikte sağlam konik optimizasyon ile eğri modelleri ve ağların sağlam tanımlanmasındaki gelişimler
AYŞE ÖZMEN
Doktora
İngilizce
2015
MatematikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilimsel Hesaplama Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GERHARD WİEHELM WEBER