Modeling the solvent effect in free radical polymerization and deamidation of peptides
Serbest radikal polimerizasyonu ve peptitlerin deamidasyonunun modellenmesi
- Tez No: 312102
- Danışmanlar: PROF. VİKTORYA AVİYENTE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 68
Özet
Bu çalışmanın ilk kısmında, etil metakrilat (EMA) ve etil ?-hidroksil metakrilatın (EHMA), çözücü içindeki serbest radikal polimerizasyonları; ikinci kısımda ise üç farklı dipeptitin çözücü içindeki deamidasyonları Yoğunluk Fonksiyonları Teorisi (DFT) ile incelenmiştir.Bu çalışmanın birinci kısımda, EMA ve EHMA monomerlerinin yoğun ortamda ve çözücü içindeki serbest radikal polimerleşmesi davranışını anlamak için yayılma kinetikleri modellendi. Metakrilatlar serbest radikal polimerleşmesinde genel olarak kullanılan monomerler arasındadır ve diş malzemesi, bio malzeme, yapıştırıcı, optik yapıştırıcı, astar, optik-lif astar ve birçok başka özeliklerde kullanılabilirler. Hidroksil fonksiyonelli metakrilatlar ise hidrofilik olmaları, çapraz bağlanma yapabilmeleri ve daha sonraki tepkimeler için fonksiyonel olarak kullanılabilmeleri sebebiyle ilgi çekiyorlar. Monomerlerin hesaplanan yayılma hız sabitleri ve deneysel hız sabitleri arasındaki eğilim, en uyumlu olarak MPWB1K/6-311+(3df,2p) yöntemiyle bulunmuştur.Bu çalışmanın ikinci kısımda, peptitlerdeki deamidasyon tepkimeleri incelendi. Doğada bulunan yirmi tane amino asit arasında iki tanesi, asparajin (Asn) ve glutaminin (Gln) fizyolojik ortamda istikrarlı olmadıkları bilinmektedir. Amino asit kalıntısının arka omurgasındaki amid grubu kırılak aspartik asit (Asp) ve glutamik asit (Glu) oluşturur. Asn ve/veya Gln içeren peptit ve proteinlerin de farklı birincil yapıları var ise, deamidasyon yarılanma zamanlarının da çok farklı olduğu bulunmuştur. Bu sebeple, bu çalışmanın ikinci kısmında farklı üç peptit model olarak seçilerek birincil yapının deamidasyon üzerindeki etkisi çalışılmıştır.
Özet (Çeviri)
In the first part of this study, the kinetics free radical polymerization of ethyl methacrylate (EMA) and ethyl ?-hydroxy methacrylate (EHMA) in solution is investigated; in the second part the deamidation in three different dipeptides is modeled in solution by using Density Functional Theory (DFT).In the first part of this study, the propagation kinetics of EMA and EHMA has been subjected to a computational study in order to understand their free radical polymerization (FRP) behavior in bulk and in solution. Methacylates are among the most commonly used monomers in FRP and can be used as dental materials, biomaterials, adhesives, optical adhesives, coatings, fiber-optic coatings and in many other areas. The hydroxy-functional methacrylate monomers have drawn attention due to their hydrophilicity, crosslinking sites and functionality for subsequent reactions. The correlation between the calculated propagation rate constants and the experimental results has been reproduced with the MPWB1K/6-311+G(3df,2p) methodology.In the second part of this study, the deamidation reaction mechanism in peptides is investigated. Out of the twenty naturally occurring amino acid residues, two of them, namely Asparagine (Asn) and Glutamine (Gln) are known to be unstable under physiological solvent conditions. The amide group from the backbone of the amino acid residue of Asn and Gln cleaves to form Aspartly (Asp) and Glutamyl (Glu) residues. Peptides and proteins that contain Asn and/or Gln with different primary sequence are known to have very different half-life times for deamidation. Therefore, the effect of the primary sequence on deamidation is studied by choosing three different peptides as models.
Benzer Tezler
- Modeling the propagation, chain transfer and tacticity in free radical polymerization
Serbest radikal polimerizasyonunda yayılma, zincir transferi ve taktisitenin modellenmesi
TUĞBA FURUNCUOĞLU
- A computational approach to the free radical polymerization of acrylates and methacrylates
Akrilat ve metakrilatların serbest radikal polimerizasyonlarına kuramsal bir yaklaşım
İSA DEĞİRMENCİ
Doktora
İngilizce
2010
KimyaBoğaziçi ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VERONİQUE VAN SPEYBROCKE
PROF. DR. VİKTORYA AVİYENTE
- Modeling the solvent effect, kinetics,morphology and catalysis in polymerization reactions
Polimerizasyon tepkimelerinde çözücü etkisi, kinetik, morfoloji ve katalizin modellenmesi
TUĞBA ÖZALTIN
- Lipaz immobilize edilmiş poliakrilamit hidrojellerinin şişme, aktivite ve salım davranışlarının incelenmesi
Investigation of swelling, activity and relese behaviours of lipase immobilized polyacrylamide hydrogels
NAZLI ÖZCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Polimer Bilim ve TeknolojisiYalova ÜniversitesiKimya ve Süreç Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. DİDEM OMAY
- Alkylacrylamide-based semi-interpenetrating networks for temperature-sensitive smart systems
Sıcaklığa duyarlı akıllı sistemler için alkilakrilamid bazlı yarı iç içe geçmiş ağyapılar
BİRGÜL KALKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NERMİN ORAKDÖĞEN