Smart markers for watershed-based cell segmentation
Su-seddi algoritması tabanlı hücre bölütlemesi için akıllı işaretçi tespiti
- Tez No: 313527
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. ÇİĞDEM GÜNDÜZ DEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 68
Özet
Otomatik hücre görüntüleme sistemleri, hücre seviyesindeki biyolojik olayların hızlı ve güvenilir bir şekilde analizine olanak sağlar. Bu sistemlerde genellikle ilk basamak, daha sonraki sistem basamaklarını büyük ölçüde etkileyen hücre bölütlemesidir. Öte yandan, diğer görüntü bölütleme problemlerine benzer şekilde, hücre bölütleme eksik tanımlanmış bir problemdir. Bu problem, tipik olarak, insanların başarılı bölütlemeler elde edebilmesi için bile, alan bilgisinin kullanılmasını gerektirir. Bu bilgiyi bölütleme algoritmalarına dahil eden yaklaşımların, bölütleme sonuçlarını büyük ölçüde iyileştirme potansiyelleri vardır.Biz bu çalışmamızda, faz-kontrast mikroskobu ile alınan canlı hücrelerin etkin bölütlenmesi için yeni bir yaklaşım önermekteyiz. Bu yaklaşım, işaretçilerinin tespitinin kritik olduğu işaretçi-kontrollü su-seddi algoritmaları için yeni bir ?akıllı işaretçi? kümesi tanımlar.Önerilen yaklaşım, hücrelerin görsel karakteristikleri biçiminde ifade edilen alana özel bilginin işaretçi tanımında kullanılmasına dayanır. Bu yaklaşım, toplam 1954 hücre üzerinde değerlendirilmiştir. Deneysel çalışmalar, önerilen yaklaşımın, diğer yaklaşımlarla karşılaştırıldığında daha iyi işaretçiler bulunmasında etkin olduğunu göstermiştir. Bu ise, işaretçi-kontrollü su-seddi algoritmalarının bölütleme performanslarının iyileştirilmesinde etkili olacaktır.
Özet (Çeviri)
Automated cell imaging systems facilitate fast and reliable analysis of biological events at the cellular level. In these systems, the first step is usually cell segmentation that greatly affects the success of the subsequent system steps. On the other hand, similar to other image segmentation problems, cell segmentation is an ill-posed problem that typically necessitates the use of domain specific knowledge to obtain successful segmentations even by human subjects. The approaches that can incorporate this knowledge into their segmentation algorithms have a potential to greatly improve the segmentation results.In this study, we propose a new approach for the effective segmentation of live cells from phase-contrast microscopy. This approach introduces a new set of ``smart markers'' for a marker-controlled watershed algorithm, for which the identification of its markers is critical. The proposed approach relies on using domain specific knowledge, in the form of visual characteristics of the cells, to define the markers. We evaluate our approach on a total of 1954 cells. The experimental results demonstrate that the proposed approach is quite effective in identifying better markers compared to its counterparts. This will in turn be effective in improving the segmentation performance of a marker-controlled watershed algorithm.
Benzer Tezler
- İran'ın karun üst havzasındaki düşük akımların analizi
Low flow analysis of Iran?s Karun upper basin
FARROKH MAHNAMFAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİHRAT ÖNÖZ
- Smart polymeric prodrugs for targeted drug delivery and functionalizable hydrogels for biosensing applications
Hedefli ilaç taşıma ve biyoalgılama uygulamaları için akıllı polimerik ön ilaçlar ve fonksiyonelleştirilebilir hidrojeller
SADIK KAĞA
Doktora
İngilizce
2016
KimyaBoğaziçi ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. RANA SANYAL
PROF. DR. AMİTAV SANYAL
- Monte carlo algoritması kullanılan tedavi planlama sisteminde yoğunluk ayarlı radyoterapi ile tüm kemik iliği ışınlaması
Total marrow irradi̇ati̇on wi̇th intensi̇ty modulated radi̇ati̇on therapy in treatment planni̇ng system usi̇ng the monte carlo algori̇thm
TUĞCAN KÜÇÜK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
OnkolojiEge ÜniversitesiRadyasyon Onkolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAVUZ ANACAK
- Interference Detection for Visible Light Markers
Başlık çevirisi yok
ALİ UĞUR GÜLER
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolThe Hong Kong University of Science and TechnologyPROF. PAN HUİ
- Toplumda gelişen pnömonide pnömoni şiddet indekslerinin(SMART-COP, PSI, CURB65) ve enfeksiyon parametrelerinin hastaneye yatış sonuçlarını göstermedeki yeri
Başlık çevirisi yok
NEVİN ALTUNGÖK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Göğüs HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLŞAH GÜNLÜOĞLU