Smart markers for watershed-based cell segmentation
Su-seddi algoritması tabanlı hücre bölütlemesi için akıllı işaretçi tespiti
- Tez No: 313527
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. ÇİĞDEM GÜNDÜZ DEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Hücre görüntüleme, Sayısal görüntü işleme, Cell imaging, Digital image processing
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Otomatik hücre görüntüleme sistemleri, hücre seviyesindeki biyolojik olayların hızlı ve güvenilir bir şekilde analizine olanak sağlar. Bu sistemlerde genellikle ilk basamak, daha sonraki sistem basamaklarını büyük ölçüde etkileyen hücre bölütlemesidir. Öte yandan, diğer görüntü bölütleme problemlerine benzer şekilde, hücre bölütleme eksik tanımlanmış bir problemdir. Bu problem, tipik olarak, insanların başarılı bölütlemeler elde edebilmesi için bile, alan bilgisinin kullanılmasını gerektirir. Bu bilgiyi bölütleme algoritmalarına dahil eden yaklaşımların, bölütleme sonuçlarını büyük ölçüde iyileştirme potansiyelleri vardır.Biz bu çalışmamızda, faz-kontrast mikroskobu ile alınan canlı hücrelerin etkin bölütlenmesi için yeni bir yaklaşım önermekteyiz. Bu yaklaşım, işaretçilerinin tespitinin kritik olduğu işaretçi-kontrollü su-seddi algoritmaları için yeni bir ?akıllı işaretçi? kümesi tanımlar.Önerilen yaklaşım, hücrelerin görsel karakteristikleri biçiminde ifade edilen alana özel bilginin işaretçi tanımında kullanılmasına dayanır. Bu yaklaşım, toplam 1954 hücre üzerinde değerlendirilmiştir. Deneysel çalışmalar, önerilen yaklaşımın, diğer yaklaşımlarla karşılaştırıldığında daha iyi işaretçiler bulunmasında etkin olduğunu göstermiştir. Bu ise, işaretçi-kontrollü su-seddi algoritmalarının bölütleme performanslarının iyileştirilmesinde etkili olacaktır.
Özet (Çeviri)
Automated cell imaging systems facilitate fast and reliable analysis of biological events at the cellular level. In these systems, the first step is usually cell segmentation that greatly affects the success of the subsequent system steps. On the other hand, similar to other image segmentation problems, cell segmentation is an ill-posed problem that typically necessitates the use of domain specific knowledge to obtain successful segmentations even by human subjects. The approaches that can incorporate this knowledge into their segmentation algorithms have a potential to greatly improve the segmentation results.In this study, we propose a new approach for the effective segmentation of live cells from phase-contrast microscopy. This approach introduces a new set of ``smart markers'' for a marker-controlled watershed algorithm, for which the identification of its markers is critical. The proposed approach relies on using domain specific knowledge, in the form of visual characteristics of the cells, to define the markers. We evaluate our approach on a total of 1954 cells. The experimental results demonstrate that the proposed approach is quite effective in identifying better markers compared to its counterparts. This will in turn be effective in improving the segmentation performance of a marker-controlled watershed algorithm.
Benzer Tezler
- Integrable {e}-structures and integrable G-structures for a finite group G
İntegrallenebilir {e}- yapıları ve sonlu bir grup için integrallenebilir G-yapıları
BELGİN KARAMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
1987
MatematikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMatematik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TURGUT ÖNDER
- Antakya tarihi ticaret merkezi mekansal yapı değişim ve gelişim sürecinin kent ticaret merkezi planlamasına etkinliği
The Effectiveness of spatial structural chance and development period of the historical trade center of Antakya in the urban trade planning
NEVİN TURGUT
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Şehircilik ve Bölge PlanlamaGazi ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NURCAN UYDAŞ
- He-Ne laserinin yapımı
Başlık çevirisi yok
AKİF ÖZBAY
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Fizik ve Fizik MühendisliğiGazi ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ATİLLA ÖZMEN
- Soyanın çeşitli gelişme dönemlerinde topraktan kaldırdığı besin maddeleri ve büyümesi ile verim arasındaki ilişkiler
Başlık çevirisi yok
MERAL GİRGİN