Elucidation of the role of GCN2 gene in response to powdery mildew infection
Arpada küf hastalığına karşı GCN2 gen rolünün açıklanması
- Tez No: 313723
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR S. AKKAYA, YRD. DOÇ. DR. FİGEN ERSOY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 128
Özet
Bitki savunma mekanizması tamamıyla bitki hücrelerinin bireysel savunma mekanizmaları ile enfeksiyon bölgelerinden yollanan sistemik sinyaller sonucunda oluşur. Küf hastalığı bu enfeksiyona neden olan hastalıklardan biri olup, hastalığın gelişmesi durumunda önemli miktarlarda verim kaybına yol açmaktadır. Hastalığa dirençli bitki seçiliminde kullanılan klasik yöntemlerin her geçen gün etkisini yitirmesi dolayısıyla, bitki-patojen etkileşiminin moleküler yapısının anlaşılması günümüzde önem kazanmıştır. Bu nedenle, bitkinin savunma mekanizmasına yardımcı olan genlerin bulunması büyük önem arz etmektedir. Bu tezde, arpadaki `General Control Nondepressible-2' (GCN2) homolog proteininin bitki savunma mekanizmasındaki etkisinin gözlemlenmesi amaçlanmıştır. cDNA kütüphanesi taranması sonucunda, mayanın GCN2 proteininin sarı pas R geni (Yr10) parçası ile etkileşimde olduğu gözlemlenmiştir. Literatürde, GCN2 proteinini bitki hastalıklarına karşı savunma ile ilişkilendirebilecek bir çok rapor mevcuttur. Sonuç olarak, GCN2 proteininin arpa homoloğu, R protein aracılığıyla olan ve programlanmış hücre ölümü şeklinde görülen erken hastalık tepkisinde bir rol sahibi olabilir. Arpadaki HvGCN2 geninin böyle bir rolü olup olmadığını saptamak için VIGS yöntemi ile ekspresyonunun susturulması incelenmiştir. Sonuç olarak, GCN2 homoloğunun hastalık etkisini azalttığı gözlemlenmiştir. Üç teknik tekrar sonucunda 6 örneğin 5'inde %43.2 ortalama susturma olduğu qRT-PCR kullanılarak gözlemlenmiştir. Susturulmuş ve control bitkilerinde farklı zaman dilimlerinde patojen büyüme hızları ışık mikroskobu ile birincil ve ikincil hiflere bakılarak incelenmiştir. Toplamda 24 bitki ve 292 spor analiz edilmiş, hastalık oluşum hızı 603 birincil hif ve 106 ikincil hif uzunluk ölçümleri sonrasında belirlenmiştir. Kontrol ve susturulmuş gruplar arasında %25'e varan hif büyüme hızı farkı gözlemlenmiş ve t-test sonucunda istatistiksel olarak p
Özet (Çeviri)
Plant immune system is entirely based on the immunities of the individual cells in which systemic signals originate from the infection sites. Powdery mildew disease is one of the agents causing these infection sites, resulting in significant yield losses, if disease develops. Understanding the molecular basis of plant-pathogen interactions is the new trend for fighting against plant pathogens, since classical methods used in selection of resistant plants are becoming less and less efficient nowadays. Thus, finding out the genes which are responsible in plant?s resistance is becoming very important. In this thesis, effect of `General Control Nondepressible-2? (GCN2) homolog protein in barley defense mechanism was aimed to be studied. The GCN2 of yeast was previously identified in our laboratory as an interacting protein when the yeast cDNA library was screened with a putative yellow rust R gene (Yr10) fragment. There are reports available in the literature for the function of GCN2 protein, which makes it a good candidate for a role in disease resistance. Thus, the barley homologue of GCN2 might have a role in the R protein mediated early disease response of which may be proceeding via Programmed Cell Death (PCD). In order to observe such function of HvGCN2 in barley, silencing of its expression via Virus Induced Gene Silencing (VIGS) was investigated. Therefore, the GCN2 homologue was found to function as dampening the severity of the disease. The silencing with triple technical replicates was observed in 5 of the 6 samples, at an average of 43.2% by qRT-PCR analysis. The pathogen growth levels at different time points were analyzed under light microscope on the silenced and the control samples by measuring the primary and secondary hyphae lengths. The total of 24 seedlings and 292 individual spores were analyzed, and then the level of disease formation was quantitated with 603 primary hyphae and 106 secondary hyphae measurements. Up to 25% hyphae growth rate differences between the control and silenced groups were observed with a probability value less than 0.05 on t-test.
Benzer Tezler
- Elucidation of boron stress signaling pathways in yeast
Mayada bor stresi sinyal yolaklarının aydınlatılması
İREM ULUIŞIK
Doktora
İngilizce
2015
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET KOÇ
- Investigation of the role of Wnt/β-catenin signaling in brain regeneration using zebrafish as a model system
Wnt/β-katenin sinyal yolağının zebrabalığı modeli kullanılarak beyin rejenerasyonundaki rolünün araştırılması
GÖKHAN CUCUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE GÜNEŞ ÖZHAN
- Investigation of the role of neurotrophin receptor associated death domain protein in regulation of WNT/ß-catenin signaling using the zebrafish model
Nörotrofin reseptörü ile ilişkili ölüm bölgesi proteininin WNT/ß- katenin sinyal iletiminin düzenlenmesindeki rolünün zebra balığı modelinde araştırılması
ÖZGÜN ÖZALP
Doktora
İngilizce
2022
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE GÜNEŞ ÖZHAN
- BMAL1'in akut ve subakut dönem travmatik beyin hasarında rolünün incelenmesi
Investigation of the role of BMAL1 in acute and subacute period traumatic brain injury
ELİF SERTEL EVREN
Doktora
Türkçe
2022
Biyolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiSinir Bilimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERTUĞRUL KILIÇ
- Nematod caenorhabditis elegans (C. elegans) model organizmasında mTOR inhibitörlerinin rolünün araştırılması
Investigation of the role of mTOR inhibitors in the model organisms of nematod caenorhabditis elegans (C. elegans)
TUĞBA DEMİREL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Moleküler TıpSivas Cumhuriyet ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞEYDA BERK