Elektroforetik hareketlilik kayma yöntemi ile transkripsiyon faktör-promotör etkileşiminin belirlenmesi
Determining transcription factor-promoter interaction by electrophoretic mobility shift assay
- Tez No: 316925
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HAKKI OGÜN SERCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: EMSA, protein-DNA interaction, Sp1 transcription factor
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 91
Özet
DNA'da var olan bilginin kullanımı ve düzenlenmesi proteinler ile ilişki içerisindedir. DNA'ya bağlanan proteinler organizmada transkripsiyon, paketlenme, DNA tıpkı yapım (replikasyon) ve DNA onarımı gibi süreçlerin her basamağında önemli role sahiptir. Protein-DNA arasında kurulan bağın doğasını anlamak, genetik işleyişi çözmek açısından büyük öneme sahiptir.DNA-protein etkileşiminin tanımlanmasında DNaseI footprinting, nitroselüloz filtreleme, ChIP yöntemleri uygulanmaktadır. Elektroforetik hareketlilik kayma yöntemi (Electrophoretic mobility shift assay/EMSA) protein-nükleik asit etkileşimlerinin belirlenmesinde kullanılan hızlı ve duyarlı bir yöntemdir. EMSA radyoaktif temelli bir yöntem olmakla birlikte, radyoaktif olmayan işaretleme yöntemleriyle de kullanılabilmektedir.Tez çalışmasında, DNA-protein ilişkisinin tanımlanmasında sıklıkla kullanılan bir yöntem olan EMSA'yı laboratuvar koşullarımızda radyoaktif olmayan işaretleme ile optimize etmeyi amaçladık. Wnt5b, Fzd4, Fzd5 ve Fzd7 genleri çalışmamızda model olarak kullanıldı. Bu genlere ait promotör bölgelerine bağlanan transkripsiyon faktörleri biyoinformatik yöntemlerle belirlendi. Dört gene de, ortak bağlandığı hipopetik olarak gösterilen üç transkripsiyon faktörü ile çalışıldı. Bunlar; ?genomatix genom çözümleme yazılımı? kullanılarak belirlenen Sp1, Egr-1, KLFS transkripsiyon faktörleridir.Yapılan çalışmalar sonrasında radyoaktif olmayan EMSA yöntemi, laboratuvar koşullarında optimize edilmiştir. EMSA'nın ileriki çalışmalar için bir araç olarak kullanılması planlanmaktadır.Anahtar Sözcük: EMSA, protein-DNA etkileşimi, Sp1 transkripsiyon faktörü
Özet (Çeviri)
The organization and use of information on the DNA molecules is closely related with protein binding. DNA binding proteins have important roles in all steps of DNA packaging, transcription, replication and repair. Understanding the nature of DNA-protein interactions are important for analyzing genetic processes.DNaseI foot printing, nitrocellulose filter binding and ChIP methods are used for direct detection of DNA-protein interactions. Electrophoretic mobility shift assay (EMSA) is a fast and sensitive method for determination of nucleic acids-DNA interactions. Although EMSA is a radioactive method, it can also be used with non-radioactive labeling.In our work, we tried to optimize a non-radioactive based EMSA method in our laboratory. Wnt5b, Fzd4, Fzd5 and Fzd7 gene promoters were used in our work. The transcription factors which bind to promoter regions of these genes were determined with bioinformatics methods. We worked with three transcription factors which bind to all of the four gene promoters. These are the Sp1, Egr-1 and KLF transcription factors which were determined by Genomatics genome analyzing software.We optimized the non-radioactive EMSA method for our laboratory and we plan to use this method for our future projects to explore DNA-Protein interactions.
Benzer Tezler
- Characterization and regulation of human kim-1 gene promoter: the role of activator protein 1 (AP1)transcription factor
İnsan Kim-1 gen promotorunun karakterizasyonu ve regülasyonu: aktivatör protein 1 (AP1) transkripsiyon faktörünün rolü
TİJEN BERGİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. İBRAHİM YAMAN
- Analysis of positive and negative regulatory sites and their interacting transcription factors in the zebrafish OR101-1 gene promoter
Zebrabalığında OR101-1 geninin promotöründeki pozitif ve negatif düzenleyici bölgelerin ve bunlarla etkileşen transkripsiyon faktörlerinin analizi
METİN ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ STEFAN HERBERT FUSS
- Benzimidazol türevi platin komplekslerinin sentezi, yapılarının aydınlatılması ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Investigation on synthesis, characterization and biological activities of platinum (II) complexes with benzimidazole derivatives
ABDOUL NZEYIMANA
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Eczacılık ve FarmakolojiMersin ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEMRA UTKU
- Valorization of functional protein from a plant based food waste: Sour cherry kernel, and its physicochemical characteristics
Bir bitkisel gıda atığı olarak vişne çekirdeğinden elde edilen proteinlerin fizikokimyasal ve fonksiyonel özelliklerinin belirlenmesi
HATİCE SAADİYE ERYILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BERAAT ÖZÇELİK
DR. ASLI CAN KARAÇA
- Regulatory effect of transcriptional factors ComK and SinR on the expression of bacABCDEywfG operon in Bacillus subtilis
Bacillus subtilis'de ComK Ve SinR Transkripsiyonel Faktörlerinin bacABCDEywfG Operonu Üzerine Etkisi
ALI MOHAMMED NASSER HAIDER
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN KARATAŞ