Geri Dön

Analysis of positive and negative regulatory sites and their interacting transcription factors in the zebrafish OR101-1 gene promoter

Zebrabalığında OR101-1 geninin promotöründeki pozitif ve negatif düzenleyici bölgelerin ve bunlarla etkileşen transkripsiyon faktörlerinin analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 503374
  2. Yazar: METİN ÖZDEMİR
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ STEFAN HERBERT FUSS
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Nöroloji, Biology, Genetics, Neurology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 120

Özet

Koku alma sisteminin her bir koku duyu nöronu geniş bir genomik repertuvardan bir koku almaç geninin tek bir alelini ifade eder. Bir koku duyu nöronunun, tek bir koku almaç alelini nasıl seçip etkinleştirdiği henüz yeterince iyi bilinmemektedir. Yakınsal promotör bölge ve uzun menzil cis-düzeneleyici unsurlarla birlikte epigenetik değişikliklerin bu süreçte anahtar bir rol oynadığı gösterilmiştir. Daha evvel OR101-1 geninin yakınsal promotörü üzerinde yapılan çalışmalar, delesyonuyla zebrabalığı embriyosu koku alma epitelindeki transgenik vektör ifadesini değiştiren pozitif ve negatif düzenleyici dizileri ortaya çıkardı. OR101-1 transkripsiyon başlangıç mevkiinin 1.2 kb yukarı bölgesinden intronun delesyonu, intron içinde yer alan varsayımsal O/E bağlanma mevkiinin eksikliğinden mi yoksa doğrudan intronun eksikliğinden mi kaynaklandığı bilinmeksizin, transgenik vektörün ifadesini azalttığı gösterilmiştir. Bu durumu test etmek amaçlı üç ayrı vektör hazırlanmıştır. Bu vektörler zebrabalığı embriyolarına enjekte edilmiş ve gen ifadesi verimini gözlemlenmiştir. İntronsal O/E bağlanma mevkiinin mutasyonu %3 ifade azalımına neden olurken, çifte mutasyon %7.5 ifade azalımına enden olmuş, başka bir intron ile yer değiştirim ise %4 ifade artımına neden olmuştur ve bunlara dayanarak intron delesyonunun ifade azalımındaki etkisinin varsayımsal O/E bağlanma mevkiinin yokluğundan ziyade intronun yokluğundan kaynaklandığı sonucuna varılmıştır. Bu çalışmada, 562 baz çifti uzunluğundaki negatif düzenleyici unsur (i562) da incelenmiştir. Her aday mevkii için farklı uzunluklarda problar hazırlanmış ve bu problara farklı protein kaynaklarıyla ve karşı-Zbtb7b antikoruyla elektroforetik hareketlilik öteleme tahlili (EMSA) uygulanmıştır. Nihayetinde, daha önce gözlenen ifade baskılanmasının, aday bağlanma mevkilerinin zebrabalığı koku alma epitelinde var olan proteinler tarafından doğrudan tanınmasından kaynaklamadığı gözlemlenmiştir. EMSA analizlerindeki DNA-protein etkileşim örüntüsü, i562'nin baskılayıcı işlevinde görev alan gizil mevkilerin varlığına işaret etmektedir.

Özet (Çeviri)

Each olfactory sensory neuron (OSN) of olfactory system expresses a single allele of an olfactory receptor (OR) gene from a large genomic repertoire. How an OSN selects and activates a single OR allele is not well understood yet. It was shown that epigenetic modifications are a key part of the process as well as proximal promoter region and long range cis-regulatory elements. Previous work on proximal promoter of OR101-1 gene has revealed both positive and negative regulatory sequences, deletion of which altered the expression efficiency in zebrafish embryo olfactory epithelium (OE) of transgenic vectors. It was shown that deletion of the intron from 1.2 kb upstream of OR101-1 transcription start site reduced the expression of transgenic construct, yet it was not clear whether this effect was caused by the absence of a putative O/E binding site within the intron site or by the absence of intron directly. To test this, three separate constructs were prepared. These constructs were injected in zebrafish embryos and expression efficiency was observed. While mutation of putative intronic O/E binding site resulted in 3% reduction, double mutation resulted in 7.5% reduction and swapping of intron with another resulted in 4% increase in expression, and after all, it was concluded that the expression reduction effect of intron deletion was due to the absence of the intron and not absence of the putative O/E binding site. A negative regulatory element with 562 bp length (i562) was also investigated in this study. Different length probes for each candidate site were prepared and electrophoretic mobility shift assay (EMSA) was applied to these probes with various protein sources and with anti-Zbtb7b antibody. Overall, it was seen that previously observed expression inhibition was not due to direct recognition of the candidate sites by any protein present in OE of zebrafish. The pattern of DNA-protein interaction in EMSA analyses suggests that there are cryptic sites within i562 participating in inhibitory function of the element.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    874311

    Stress resistance analysis of yeast strains with mitotic exit-related gene deletions

    Mitozdan çıkışla ilişkili genleri silinmiş maya hücrelerinin stres direnci analizi

    RÜVEYDA GARGI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Mikrobiyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞE KOCA ÇAYDAŞI

  2. Tez No

    102669

    Sigortacılık sisteminde aktif-pasif yönetimi ve Türkiye hayat sigortası örneğinde portföy performansının boyutlarını belirleyen faktörlerin irdelenmesine ilişkin bir model denemesi

    Assets and liablity management in the insurance sector and investigating sectors that are determinating dimensions of the portfolio performance by relating to model testing in the Turkish life insurance sector

    ALİ İHSAN DOĞAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    SigortacılıkMarmara Üniversitesi

    Bankacılık Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ABDÜLGAFFAR AĞAOĞLU

  3. Tez No

    609206

    The impact of peer teaching on EFL students' self-regulation and vocabulary learning

    Akran öğretiminin İngilizceyi yabancı dil olarak öğrenen öğrencilerin öz düzenlemesi ve kelime öğrenimi üzerindeki etkisi

    GÖZDE FINDIK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Eğitim ve ÖğretimUludağ Üniversitesi

    İngiliz Dili Eğitimi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. İLKNUR SAVAŞKAN

  4. Tez No

    571493

    Avrupa Birliği ve Türk Banka Hukuku yönünden fintek

    Fintech from European Union and Turkish Banking Law perspectives

    ŞEBNEM ELİF KOCAOĞLU ULBRİCH

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BankacılıkGalatasaray Üniversitesi

    Özel Hukuk Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SITKI ANLAM ALTAY

  5. Tez No

    397873

    Plastik ambalaj üretim tesisinde iş sağlığı ve güvenliği risk değerlendirmesi

    Occupational health and safety risk assesment of plastic packaging production facilities

    KÜBRA ÇİÇEK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA GÜLEN İSKENDER

Geri Dön