Cloning the CagA gene of Helicobacter pylori for the production of recombinant CagA protein
Rekombinant CagA protein üretimi için Helicobacter pylori?nin CagA geninin klonlanması
- Tez No: 318605
- Danışmanlar: DOÇ. BARIK SALİH, YRD. DOÇ. DR. FAHRİ AKBAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Genetics, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Fatih Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 74
Özet
H. pylori enfeksiyonu peptik ülserin ve gastrik kanserin gelişmesine sebebiyet verir. Bir çok virulans faktör bunun sebebi iken cagA bunların arasında en önemli olanıdır. Bazı suşların cagA genine sahip olup olmamasına göre klinik sonuçlarda değişiklik göstermektedir. cagA-pozitif H. pylori suşları ile enfekte olan hastalarda cagA negatif suşlarla enfekte olan hastalara göre peptik ülser ve gastrik kanser gelişme riski daha fazladır. Bundan dolayı CagA' in tespiti enfeksiyonun tanınmasında, tedavinin reçetesinde ve hastalığın ilerlemesinde ve risk tahmininde önemli bir yaklaşımdır.Bizim amacımız rekombinant CagA (rCagA) proteini üretmek için H. pylori `nin cagA genini klonlamak ve bundan dolayı GenBank'tan elde edilen H. pylori referans suşu 26695 (Giriş Numarası: NC_000915.1) gen dizisi temel alınarak çeşitlilik göstermeyen cagA 5' için primer tasarlamak. En son olarakta büyük oranda üretilen rCagA'in saflaştırılarak monoklonal antijen üretimi ve ELISA testi geliştirilmesinde kullanılmasıdır.İstanbul Araştırma ve Eğitim Hastenesi'nden temin edilen biyopsi örneği 39 yaşındaki duodenal hastalığına sahip bir Türk kadın hastasına aittir. H. pylori'nin tespiti için üreaz, oksidaz ve PZR yöntemleri uygulanmıştır. Çeşitlilik göstermeyen cagA 5' bölgesini çoğaltmak için GenBank'tan temin edilen H. pylori suşu 26695 (Giriş Numarası: NC_000915.1) gen dizisine göre iki tane primer dizayn edilmiştir. Klonlama için pJET1.2/blunt plazmit klonlama vektörü, E. coli Top10 suşu, pET-28a(+) plazmitvektörü, E. coli, BL21 (DE3) pLysS suşu kullanılmıştır. Rekombinant CagA protein B-PER 6xHis Fusion Protein Purification Kit kullanarak saflaştırılmıştır.cagA genini klonaladık ve 67 kDa ağırlığında rCagA protein elde ettik. Saflaştırılmış proteini Dot blot ve ELISA yöntemleri ile test edildi. Her iki testte de düşük konsantrasyonlarda bile rCag'in aktivitesi tespit edildi.Çoklu gen dizisi hizalamasına göre bizim rcagA nükleotid dizisi ile Batı tipi olan 26695, j99, JF798688.1 ve AY884089.1 suşlarının sırasıyla %92, %88, %94 ve %86 oranlarında benzerlik tespit edilmiştir. Ayrıca Doğu Asya tipi suşu ile de %67 benzerlik görülmüştür. rCagA protein ile Batı tipi olan 26695, j99, JF798688.1 ve AY884089.1 suşlarını arasında sırasıyla %91, %86, %93, %83 ve Doğu Asya tipi suş ile de %80 benzerlik görülmüştür.
Özet (Çeviri)
H. pylori infection can lead to the development of peptic ulcer and gastric cancer. Several virulence factors were shown to play a role in the clinical outcome. Among these the cagA gene is one of the major factors involved in pathogenesis. The possession of cagA by certain strains appears to affect the clinical outcome. Individuals infected with cagA-positive strains of H. pylori are at higher risk of developing peptic ulcer and gastric cancer than those infected with cagA-negative strains. Thus, the detection of CagA is an important approach in the diagnosis of infection, prescription of treatment and in risk prediction and progression of the disease.Our objectives are to design a primer from the cagA 5? conserved region based on the nucleotide sequences of H. pylori reference strain 26695 retrieved from GenBank (Access Number: NC_000915.1), to clone the cagA gene of H. pylori to produce recombinant CagA (rCagA) protein and to purify the rCagA protein for large scale production to be used in the development of monoclonal antibodies and the ELISA test.A biopsy specimen from a 39 years old female Turkish patient with duodenal ulcer was taken at the Istanbul Teaching and Research Hospital. The presence of H. pylori was determined by urease, oxidase and PCR. Two primers were designed to amplify cagA 5? conserved region based on the nucleotide sequences of H. pylori strain 26695 retrieved from GenBank (Access Number: NC_000915.1). For cloning the pJET1.2/blunt plasmid cloning vector, E. coli Top10 strain, pET-28a(+) plasmid vector,E. coli, BL21 (DE3) pLysS strain were used. The recombinant CagA protein was purified using B-PER 6xHis Fusion Protein Purification Kit.We have cloned the cagA gene and developed a rCagA protein of 67 kDa. The protein was purified and tested by the Dot blot and the ELISA assays. An activity was determined in both assays even at low concentrations.Multiple sequence alignments showed a homology between our rcagA nucleotide sequence and Western type strains 26695, j99, JF798688.1 and AY884089.1 of 92%, 88%, 94% and 86% respectively and 67% with the East Asian type strain. Multiple sequence alignments showed a homology between our rCagA protein and Western type strains 26695, j99, JF798688.1, and AY884089.1 of 91%, 86%, 93%, 83% respectively and 80% with the East Asian type strain.
Benzer Tezler
- Çağdaş sanat ortamında birbirine yaklaşan iki disiplin: Mimari ve heykel
Two disciplines which are approach each other at contemporary art environment: Architecture and sculpture
RAFİYE ÖZERTURAL
- Ricarda Huch: Politisches verhalten und ihre schriften
Ricarda Huch: Politik görüşleri ve eserleri
MARTİNA ÖZKAN
Doktora
Almanca
2004
Alman Dili ve EdebiyatıEge ÜniversitesiAlman Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KASIM EĞİT
- Silahsız savaş; Psikolojik harekat ve propaganda
Unarmed war; Psychological operations and propaganda
GÜNGÖR ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
Savunma ve Savunma Teknolojileriİstanbul Teknik ÜniversitesiSavunma Teknolojileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİLGÜN FIĞLALI
- Cezaevi mimarlığı: 21. yüzyıl güncel yarışmalar üzerinden bir değerlendirme
Prison architecture: An evaluation on current competitions in the 21st century
İPEK GÜNEY
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
MimarlıkDokuz Eylül ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜL DENİZ DOKGÖZ
- Adli dental antropoloji:Dental antropoloji açısından Minnetpınarı ve Güllüdere toplumlarının dişlerinin karşılaştırmalı analizi
Forensic dental antropology:In terms of dental antropology the populations of Minnetpinari and Gülldere's teeth constrastive analysis
ZEHTİYE FÜSUN YAŞAR