Geri Dön

Transgenic analysis of the zebrafish OR101-1 gene promoter

Zebrabalığı OR101-1 gen promotörünün transgenik analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 325513
  2. Yazar: NURAY SÖĞÜNMEZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. STEFAN H. FUSS
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 129

Özet

Koku reseptörü gen repertuarı insanlarda ve diğer omurgalılardaki en geniş gen ailelerinden birini oluşturmaktadır. Tipik olarak koku duyu nöronları geniş genomik repertuardaki tek bir geni ve onun tek alelini tanımlar. Bir hücre içinde koku reseptörü seçimini ve tanımlanmasını sağlayan ve diğer reseptörlerin ekspresyonunu durduran mekanizmalar henüz çok fazla bilinmemektedir. Koku reseptör proteininin translasyonunun ve hücre zarında birikmesinin bir şekilde diğer reseptörlerin ekspresyonunu engellediğin gösterilmiştir. Fakat, bir duyu nöronunun nasıl bir reseptörün ekspresyonunu başlattığı ile ilgili bilinenler daha da azdır. Reseptör kodlama sekanslarının distal ve proksimal bölgelerinde bulunan regulator elementlerin, ya geniş gen kümesinden bir reseptörü seçip active ederek, ya da genlerin proksimal promoter bölgelerindeki belirli transkripsiyon faktörleriyle etkileşerek gen ekspresyonunu etkileyebileceği öne sürülmektedir. Burada, zebrabalığındaki model koku reseptörü olan OR101-1 genini kullanarak, transkripsiyonel regülasyon konusundaki çalışmalarım sunulacaktır. Çalışmalarımda birbirini tamamlayan dört yaklaşım kullanarak OR101-1 gen ekspresyonunu derinlemesine incelenmiş: BAC transgenesis yaklaşımıyla OR101-1 ekspresyon profilini bulunmuş, 5?-RLM RACE metoduyla OR101-1 geninin transkripsiyon başlangıç noktasını belirlenmiş, ve ?promoter bashing? yaklaşımıyla OR101-1 gen ekspresyonunu kontrol eden spesifik dizileri proksimal promotör çalışmalarıyla işaretlenmiştir . Bu çalışmaları desteklemek için, OR101-1 ekspresyonunu etkileyen diziler üzerinde biyoinformatik analizler yaparak, OR101-1 promotör dizisinde bulunan aday bağlanma noktaları bulunmuştur. Geçici transgen yöntemiyle, bir dizi farklı transgenik yapılar kullanarak ve onların ekspresyon verimlerini skorlayarak, OR101-1 kodlama sekansının 2kb-2.5kb yukarısındaki 500bp bölgeyi, be bu bölgenin bulunduğu transgenik yapıların OR101-1 ekspresyonunu azalttığı keşfedilmiştir. Bu bölgenin 5? ve 3? yarısı kısmi olarak silindiğinde ise elde edilen ortalama ekspresyon seviyeleri, bu bölgede negatif regulatörlerin bağlanabileceği birden fazla bölgenin olabileceğini işaret etmiştir. Biyoinformatik analizlerde ise bu aday inhibitor bölgenin iki yarısında iki zbtb protein bağlanma motifinin bulunduğu görülmüştür. Bütün bu sonuçlar, koku reseptör geni ekspresyonunun henüz daha tam anlamıyla belirlenemeyen inhibitor mekanizmalarla ve bunların sağladığı reseptör gen ekspresyonu spesifitesiyle de control edilebileceğini göstermektedir.

Özet (Çeviri)

The repertoire of olfactory receptors constitutes the largest gene families in humans and in other vertebrates. Typically, olfactory sensory neurons only express a single member of the large genomic repertoire and only one allele of it. The mechanisms by which olfactory sensory neurons choose to express an olfactory receptor gene for expression and by which other receptors are prevented from being expressed in the same cell are largely unknown. It was shown that translation of the olfactory receptor protein and accumulation in the cell membrane somehow prevents expression of other receptors. However, far less is known about how a sensory neuron initiates expression of a receptor. Regulatory elements located in distal or proximal regions of the receptor coding sequences might affect gene expression, either by selecting a single receptor gene from a larger gene cluster and activating its expression, or by the interaction of specific transcription factors with proximal promoter regions of a gene. Here studies on the transcriptional regulation of a model olfactory receptor, OR101-1, are presented in zebrafish. Four complementary approaches were used in this study to gain insight into OR101-1 gene expression: a BAC transgenesic approach was utilized to demonstrate the OR101-1 expression profile, 5?-RLM RACE was performed to identify the TSS of the OR101-1 gene, and a promoter bashing approach was employed to pinpoint specific sequences that control OR101-1 expression in a proximal promoter assay. To complement these studies, basic bioinformatic analysis was performed on sequences that affect OR101-1 expression to determine candidate binding sites located within the OR101-1 promoter sequence. By using an array of different transgenic constructs and scoring the efficiencies of their expression in a transient transgenic assay, a 500bp region could be identified that is located between 2kb ? 2.5kb upstream of the OR101-1 coding sequence, which, when present in transgenic constructs, decreases the efficiency of expression. Partial deletion of either the 5?- or 3?-half of this sequence had intermediate effects, suggesting that multiple binding sites for negative regulators might be present. Bioinformatics reveals that the candidate inhibitory sequence contains two occurrences of a zbtb binding motif, located in either half of the sequence. The results suggest that olfactory receptor gene expression is also controlled by, as of yet undefined, inhibitory mechanisms that might have important implications for the specificity of receptor gene expression.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    503374

    Analysis of positive and negative regulatory sites and their interacting transcription factors in the zebrafish OR101-1 gene promoter

    Zebrabalığında OR101-1 geninin promotöründeki pozitif ve negatif düzenleyici bölgelerin ve bunlarla etkileşen transkripsiyon faktörlerinin analizi

    METİN ÖZDEMİR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ STEFAN HERBERT FUSS

  2. Tez No

    246266

    Class restriction in odorant receptor gene regulation

    Koku reseptörü gen regülasyonunda sınıf kısıtlaması

    EMİR TINAZTEPE

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. STEFAN H. FUSS

  3. Tez No

    884195

    Generation of CRISPR/Cas9-based disease models and investigation of the molecular mechanisms of regeneration in zebrafish

    CRISPR/Cas9 tabanlı hastalık modellerinin üretilmesi ve zebra balıklarında rejenerasyonun moleküler mekanizmalarının araştırılması

    RAMAZAN UĞUR BORA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE GÜNEŞ ÖZHAN

  4. Tez No

    409267

    Selective neurogenesis in the zebrafish olfactory epithelium

    Zebrabalığı olfaktör dokusunda seçici nörogenez

    BÜŞRA ÇOBAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    NörolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. STEFAN HERBERT FUSS

  5. Tez No

    695255

    Zebrafish as an in vivo model of drug screens for liver cancer: The role of phenothiazines

    Karaciğer kanserinde ilaç taramaları için in vivo model olarak zebra balığının incelenmesi: Fenotiyazinlerin rolü

    BÜŞRA KORKMAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI

    DR. GÜLÇİN ÇAKAN AKDOĞAN

Geri Dön