HT29 ve K562 kanser hücrelerinde protein ve metabolitlerin analizi için çeşitli analitik yöntemlerin geliştirilmesi
Development of various analytical methods for determination of the proteins and metabolites from HT29 and K562 cancer cells
- Tez No: 329764
- Danışmanlar: PROF. DR. SACİDE ALTINÖZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Kimya, Pharmacy and Pharmacology, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Eczacılık Bölümü
- Bilim Dalı: Analitik Kimya Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 240
Özet
Günümüzde tedavisi zor ve ölümcül hastalıklardan biri olan kanser, sosyal veekonomik anlamda insanlığı tehdit etmektedir. Kanserin önlenmesi ve tedavisi ileilgili çözüm arayışları halen devam etmektedir ve bu amaçla moleküler düzeydeçalışmalar yapılmaktadır. Bu tez çalışması başlıca iki aşamadan oluşmaktadır; birinciaşamada HT29 kolon kanseri hücreleri ve K562/R ve K562/wt kan kanseri hücreleriüzerinde biberiye (Rosmarinus officinalis L.)' nin antikanser aktivitesi karşılaştırmalıproteomik çalışmalarla moleküler düzeyde incelenmiştir. Bunun için biberiyedenelde edilen polifenolce zengin ekstrelerin kanserli hücre hatlarına in vitro olarakuygulanması sonucu hücre büyümesinde azalmanın görüldüğü işlenmiş gruplar ilekontrol gruplarına ait proteinler iki boyutlu jel elektroforez ile ayrılarak biberiyeekstreleri ile işlem sonrası düşük veya yüksek miktarda ifade edilen proteinler tespitedilmiştir. Tespit edilen proteinlerden en üst düzeyde farklılaşmış olanlar matriksdestekli desorpsiyon/ iyonlaşmalı - uçuş zamanlı kütle spektrometrisi ile analizedilmiş ve protein veribankaları aracılığıyla tanımlanmıştır. Tanımlanan proteinler,biberiyenin antikanser aktivitesini proteom düzeyinde açıklamak amacıylakaynaklardaki çalışmalarla ilişkilendirilmiştir. İkinci aşamada ise ¨R¨ programlamadili altında çalışan ve sıvı kromatografisi - kütle spektrometrisi verilerinindeğerlendirilmesinde kullanılan bir metabolit profilleme yazılımı olan XCMS,kapiler elektroforez - kütle spektrometrisi çalışmalarına uyarlanmıştır. Bu amaçlaK562/R hücre hattına ait metabolitler, kapiler elektroforez - kütle spektrometrisikullanılarak analiz edilmiş ve analiz sonucu elde edilen elektroferogramlar XCMSiçin çeşitli parametrelerin değerlendirilmesiyle metabolit profillemede kullanılmıştır.Tespit edilen metabolitlerden bazıları kanser ile ilişkilendirilmeye çalışılmıştır.
Özet (Çeviri)
Cancer is one of the most dangerous fatal diseases threating thehuman being both economically and socially. Therefore, the studies are performed onmolecular level to understand cancer on molecular level and prevent the people fromcancer. There are mainly two different objectives in this thesis. The first objective isto investigate the molecular mechanism of the anticancer activity of Rosmarinusofficinalis L. on HT29 column cancer cells and K562/R and K562/wt leukemia cells.For this purpose, the enrichment extracts of Rosmarinus officinalis includingpolyphenols were appiled on in vitro cultures. The proteins were separated throughtwo dimensional gel electrophoresis and the over- or under-expressed proteinsthrough extracts treatment on cell lines were compared. The proteins found to bechanged quantitatively on treated cells and control group were analyzed by matrixassistedlaser desorption/ionization - time of flight - mass spectrometry and identifiedthrough using protein databases. The identified proteins seem to be associated withthe anticancer activity according to the literature. The second objective is to adapt theXCMS, which is a metabolite profiling software working under ¨R¨ language forliquid chromatography - mass spectrometry studies, on capillary electrophoresis -mass spectrometry experiments. For this purpose, the metabolite of K562/R cell linewere analyzed by using capillary electrophoresis - mass spectrometry and theelectropherograms were used on metabolite profiling through the evalution of XCMSparameters for capillary electrophoresis. Some of the identified metabolites weretried to be associated with the cancer.
Benzer Tezler
- İzole edilen ALCAP moleküllerinin kronik myeloid lösemi hücre hattı-K562'de DNA hasarı ve onarımına olan etkilerinin incelenmesi
Effects of some novel ALCAP molecules on DNA damage and repair mechanisms in chronic myeloid leukemia cell line-K562
NURAY BÖĞÜRCÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KEMAL SAMİ KORKMAZ
- Bazı n-heterosiklik karben gümüş-(I) komplekslerinin farklı kanser hücre hatlarında sitotoksik etkilerinin incelenmesi
Investigation of cytotoxic effects of some n-heterocyclic carbene silver-(I) complexes on different cancer cell lines
MUSTAFA ULU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyokimyaErciyes ÜniversitesiEczacılık Biyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SERAP ŞAHİN BÖLÜKBAŞI
DOÇ. DR. NESLİHAN ŞAHİN
- Benzazol türevi bazı yeni bileşiklerin sentezi, antikanser aktivitelerinin incelenmesi ve moleküler modelleme çalışmaları
Synthesis, investigation of anticancer activities and molecular modeling studies of some novel benzazole derivatives
GÖZDE YENİCE
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Eczacılık ve FarmakolojiTrakya ÜniversitesiTemel Eczacılık Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERAP YILMAZ
- Bazı Alkanna türlerinin biyoaktivite rehberli izolasyon yöntemi kullanarak çeşitli kanser hücreleri üzerindeki sitotoksik etkilerinin in vitro ortamlarda taranarak, hücresel mekanizmalara ve apoptoz yolaklarına olan etkilerinin araştırılması
Research on cytotoxic effects of some alkanna species on various tumor cell lines by using boiassay guided isolation method and in vitro screening: Effects of these species on cellular mechanisms and apoptotic pathways
CANAN SEVİMLİ GÜR
Doktora
Türkçe
2009
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KEMAL SAMİ KORKMAZ
PROF. DR. İSMET DELİLOĞLU GÜRHAN
- Bazı yeni heterosiklik bileşiklerin sentezi, yapı aydınlatmaları, antikanser etki, bilgisayar destekli ilaç tasarım çalışmaları
Synthesis, structure elucidation, chemotherapeutic activity, computer aided drug desing studies of some new heterocyclic compounds
ÖZÜM ÖZTÜRK
Doktora
Türkçe
2019
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESİN AKI-YALÇIN