Glutamic acid 358 is important for the normal allosteric function and heterotetramer formation of potato adp-glucose pyrophosphorylase
Glutamik asit 358, patates adp-glikoz pirofosforilazının normal allosterik fonksiyonu ve heterotetramer oluşumu için önemlidir
- Tez No: 332203
- Danışmanlar: DOÇ. DR. İBRAHİM HALİL HAVAKLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biyomühendislik, Biochemistry, Biology, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 125
Özet
ADP-glükoz pirofosforilaz (AGPaz) bitki nişasta biyosentezinde rol alan anahtar bir enzimdir. Enzimin iki farklı gen tarafından kodlanan büyük (LS) ve küçük (SS) alt birimleri vardır. Deneysel ve hesaplamalı çalışmalar patates AGPase alt birimleri arası yüzey amino asitlerinin etkileşimlerinin, allosterizm için önemli olduğunu göstermiştir. Belirlenen amino asitler arasından; LS A91, F101, F311 ve E358?in (hataya yatkın PCR vasıtasıyla tanımlanmıştır) patates AGPazının allosterik ve katalitik özellikleri etkilediği bulunmuştur. Bu çalışmada, bu mutasyonların patates AGPazının heterotetramer oluşumu ve allosterik ve katalitik özelliklerine etkisi incelenmiştir. Tüm mutasyonlar, vahşi tip (WT) patates AGPase büyük alt birimi cDNA?sına noktasal mutasyon PCR?ı ile uygulanmıştır. WT-LS ile mutant LS?ler, glikojen üretiminde yetersiz olan E.coli glgC (patates SS cDNA?sını içeren) hücrelerine transform edilmiştir. LS-E358G dışındaki tüm LS mutantları E.coli glgC-hücrelerini tamamlamıştır. LS-E358G mutasyonunu, katalitik, allosterik ve yapısal özelliklere etkisini anlamak amacıyla, ayrıntılı biyokimyasal karakterizasyonu tabi tutulmuştur. Mutant AGPaz LS-E358G?nin daha fazla heterotetramere ve daha az monomere ve dimere sahip olduğu gözlenmiştir. WT AGPase ile karşılaştırıldığında, mutantın allosteric ve katalitik özellikleri belirgin biçimde değişmiştir. Mutantın aktivatörüne afinitesine azalmış ve inhibitör yönelik afinitesi artmıştır. İlginç bir şekilde, patates AGPase LS daha çok düzenleyici olarak rol almasına rağmen, bu mutasyonun patates AGPase enziminin katalitik performansını etkilediği bulunmuştur. Ters ve ileri yön aktivite deneyleri ATP ve ADP-glükoz olan afinitenin azaldığını belirlemiştir.
Özet (Çeviri)
ADP-glucose pyrophosphorylase (AGPase) is a key enzyme in plant starch biosynthesis. It contains large (LS) and small (SS) subunits encoded by two different genes. Experimental and computational studies indicated that interfacial amino acids in potato AGPase are important for the subunit-subunit interactions and allosterism. Among identified amino acid residues; A91, F101, F311 and E358 on LS (identified through error prone PCR) was found to be potent for influencing the allosteric and the catalytic properties potato AGPase. In this study, effect of these mutations on heterotetramer assembly and allosteric and catalytic properties of potato AGPase were investigated. All mutations were applied on to wild type (WT) potato AGPase large subunit cDNA using site directed mutagenesis PCR. Mutants LS, together with WT-LS, was transformed to E.coli glgC- containing the potato SS cDNA plasmid, that are deficient in glycogen production. All the LS mutants except LS-E358G were able complement glgC- in E.coli. LS-E358G mutant subjected to the detailed biochemical characterization to investigate its catalytic allosteric and structural properties. Compared to WT AGPase, AGPase with mutant LS-E358G was found to have a different assembly profile, having more heterotetramers and less monomers and dimers. Its regulatory properties were noticeably altered, its affinity towards its activator reduced and inhibitor increased. Interestingly, although large subunit of potato AGPase is mostly regulatory, this mutation considerably reduced the affinity of the AGPase towards its reverse and forward direction substrates ATP and ADP-glucose, showing potato tuber AGPase large subunit affects the catalytic performance of enzyme.
Benzer Tezler
- Normal ve aterosklerozlu olguların trombositlerinde gamma glutamil transferaz aktivitesi
Başlık çevirisi yok
AZİZE YAMAN
- Tip 1 diyabetli çocuk ve adolesanların etiyolojiden prognoza retrospektif değerlendirilmesi (1985-2004)
Retrospective evaluation of type 1 diabetic children and adolescents : from etiology to prognosis(1985-2004)
FİKRİ DEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Dirençli temporal lob epilepsili ve juvenil myoklonik epilepsili hastalarda Glutamik Asit Dekarboksilaz (GAD) otoantikor varlığının araştırılması
Investigation of autoantibodies against Glutamic Acid Decarboxylase in patients with resistant temporal lobe epilepsies and juvenil myoclonic epilepsies
SEVİLAY ELİBİRLİK
- L-glutamic acid-g-p(HEMA) polimerik nanopartiküllerinin sentezi, karakterizasyonu, in vitro ve in vivo toksisite potensiyeli
Synthesis, characterization, in vitro And vivo toxicity potential of L-glutamic acid-g-p(HEMA) polymeric nanoparticles
NAFİYE BUKET BAKAN
Doktora
Türkçe
2019
BiyolojiEge ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEFİSE ÜLKÜ KARABAY YAVAŞOĞLU
- Santral kardiyovasküler düzenlemede eksitatör amino asitlerin rolünün araştırılması
Başlık çevirisi yok
M. ZAFER GÖREN
Doktora
Türkçe
1998
Eczacılık ve FarmakolojiMarmara ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL BERKMAN