Glutamic acid 358 is important for the normal allosteric function and heterotetramer formation of potato adp-glucose pyrophosphorylase
Glutamik asit 358, patates adp-glikoz pirofosforilazının normal allosterik fonksiyonu ve heterotetramer oluşumu için önemlidir
- Tez No: 332203
- Danışmanlar: DOÇ. DR. İBRAHİM HALİL HAVAKLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyokimya, Biyomühendislik, Biology, Biochemistry, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ADP-glükoz pirofosforilaz (AGPaz) bitki nişasta biyosentezinde rol alan anahtar bir enzimdir. Enzimin iki farklı gen tarafından kodlanan büyük (LS) ve küçük (SS) alt birimleri vardır. Deneysel ve hesaplamalı çalışmalar patates AGPase alt birimleri arası yüzey amino asitlerinin etkileşimlerinin, allosterizm için önemli olduğunu göstermiştir. Belirlenen amino asitler arasından; LS A91, F101, F311 ve E358?in (hataya yatkın PCR vasıtasıyla tanımlanmıştır) patates AGPazının allosterik ve katalitik özellikleri etkilediği bulunmuştur. Bu çalışmada, bu mutasyonların patates AGPazının heterotetramer oluşumu ve allosterik ve katalitik özelliklerine etkisi incelenmiştir. Tüm mutasyonlar, vahşi tip (WT) patates AGPase büyük alt birimi cDNA?sına noktasal mutasyon PCR?ı ile uygulanmıştır. WT-LS ile mutant LS?ler, glikojen üretiminde yetersiz olan E.coli glgC (patates SS cDNA?sını içeren) hücrelerine transform edilmiştir. LS-E358G dışındaki tüm LS mutantları E.coli glgC-hücrelerini tamamlamıştır. LS-E358G mutasyonunu, katalitik, allosterik ve yapısal özelliklere etkisini anlamak amacıyla, ayrıntılı biyokimyasal karakterizasyonu tabi tutulmuştur. Mutant AGPaz LS-E358G?nin daha fazla heterotetramere ve daha az monomere ve dimere sahip olduğu gözlenmiştir. WT AGPase ile karşılaştırıldığında, mutantın allosteric ve katalitik özellikleri belirgin biçimde değişmiştir. Mutantın aktivatörüne afinitesine azalmış ve inhibitör yönelik afinitesi artmıştır. İlginç bir şekilde, patates AGPase LS daha çok düzenleyici olarak rol almasına rağmen, bu mutasyonun patates AGPase enziminin katalitik performansını etkilediği bulunmuştur. Ters ve ileri yön aktivite deneyleri ATP ve ADP-glükoz olan afinitenin azaldığını belirlemiştir.
Özet (Çeviri)
ADP-glucose pyrophosphorylase (AGPase) is a key enzyme in plant starch biosynthesis. It contains large (LS) and small (SS) subunits encoded by two different genes. Experimental and computational studies indicated that interfacial amino acids in potato AGPase are important for the subunit-subunit interactions and allosterism. Among identified amino acid residues; A91, F101, F311 and E358 on LS (identified through error prone PCR) was found to be potent for influencing the allosteric and the catalytic properties potato AGPase. In this study, effect of these mutations on heterotetramer assembly and allosteric and catalytic properties of potato AGPase were investigated. All mutations were applied on to wild type (WT) potato AGPase large subunit cDNA using site directed mutagenesis PCR. Mutants LS, together with WT-LS, was transformed to E.coli glgC- containing the potato SS cDNA plasmid, that are deficient in glycogen production. All the LS mutants except LS-E358G were able complement glgC- in E.coli. LS-E358G mutant subjected to the detailed biochemical characterization to investigate its catalytic allosteric and structural properties. Compared to WT AGPase, AGPase with mutant LS-E358G was found to have a different assembly profile, having more heterotetramers and less monomers and dimers. Its regulatory properties were noticeably altered, its affinity towards its activator reduced and inhibitor increased. Interestingly, although large subunit of potato AGPase is mostly regulatory, this mutation considerably reduced the affinity of the AGPase towards its reverse and forward direction substrates ATP and ADP-glucose, showing potato tuber AGPase large subunit affects the catalytic performance of enzyme.
Benzer Tezler
- Tip 1 diyabette intrasitoplazmik sitokin tayini ve nötrofil fonksiyonları
The detection of intracytoplasmic cytokines and neutrophil functions in type 1 diabetes
SEMA BİLGİÇ
Doktora
Türkçe
2003
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Üniversitesiİmmünoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNNUR DENİZ
- Pişir-soğut (cook-chill) yöntemiyle hazırlanan kerevitlerin (Astacus leptodactylus) besin değeri ve raf ömrünün belirlenmesi
Determination of the nutrition value and shelf life of crayfish (Astacus leptodactylus) prepared by cook-chill method
SAMİME ÖZTURAN
Doktora
Türkçe
2022
Su Ürünleriİstanbul ÜniversitesiBalıkçılık ve Su Ürünleri İşleme Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLGÜN FATMA ŞENGÖR
- Tip 1 diyabetli çocuk ve ergenlerde çölyak hastalığının yaygınlığı ve pozitif çölyak serolojisi ile biyopsiyle kanıtlanmış çölyak hastalığı arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi
Prevalence of celiac disease and the evaluation of the relationship between positive celiac serology and biopsy-proven celiac disease in children and adolescents with type 1 diabetes
HAKAN ZENGİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİnönü ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İSMAİL DÜNDAR
- Kalıtsal metabolik hastalıklarda açilkarnitin ve amino asidler için eşik değer belirlenmesi
Determination of cut off values for amino acids and acylcarnitines in inherited metabolic diseases
ESRA DOĞAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
BiyokimyaDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANAN ÇOKER
- Alternatif kılıf uygulamalarının tulum peynirinin bazı nitelikleri üzerine etkileri
Effects of alternative casing materials on quality properties of tulum cheese
İLHAN GÜN
Doktora
Türkçe
2012
Gıda MühendisliğiSüleyman Demirel ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP BANU SEYDİM