Geri Dön

Expression profiling of Thermoplasma volcanium GSS1 under stress conditions with specific emphasis on proteasome associated regulatory VAT genes

Thermoplasma volcanium GSS1'in stres koşulları altında proteazoma ilişkin düzenleyici VAT genleri ağırlıklı olmak üzere gen anlatım profilinin belirlenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 338544
  2. Yazar: TÜLAY YILMAZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 170

Özet

Thermoplasma volcanium (Tpv) GSS1in dış stres etkenleri olan; pH, ısı-şoku ve hidrojen peroksit ile tetiklendiğinde proteasoma ilişkin iki VAT geninin anlatımında oluşan farklılıklar nicel RT-PCR ve Western aktarım ve hibritleme teknikleri ile incelenmiştir. Ayrıca genom boyutunda mikrodizinler aracılığı ile Tpvnin çevresel streslere tepkisinin geniş kapsamlı transkriptom düzeyinde analizi yapılmıştır. Nicel RT-PCR analizleri göstermiştir ki, VAT genleri ısı şoku (65ºC ve 70ºC), pH stresi (pH 4.0) ve oksidatif strese (0.02 mM H2O2) 120 dakika boyunca maruz bırakıldıklarında özgün stres yanıtı oluşturmuşlardır. Western hibritleme qRT-PCR sonuçlarını doğrulamıştır. Bu sonuçlar Tpv hücrelerinde VAT proteininin muhtemelen proteasomla birlikte çevresel strese özellikle ısı-şokuna uyumda, kritik bir role sahip olduğunu göstermektedir. Mikroarray analizi sonuçları Tpv hücrelerinde genlerin strese maruz kaldıkları 60 dakika boyunca çoğunlukla anlatımlarının düştüğünü ortaya çıkartmıştır. Bu grup genler içinde işlevsel olarak enerji üretimi ve dönüşümü, transkripsiyon ve translasyon ile bağlantılı olanlar geniş kapsamlı ve önemli ölçüde inhibe olmuşlardır. Isı-şoku yanıtı, ısı-şoku bağlantılı genlerin (örneğin, GrpE) anlatımının artması ile ilişkilendirilebilirken, pH ve oksidatif strese yanıt membran ve transport ile bağlantılı genlerin anlatımının artması ile karakterize edilmişlerdir. Strese tepki gösteren genler arasından seçilen şeker permeaz ve GrpE genleri mikrodizin verisini doğrulamak için qRT-PCR ile analiz edilmişlerdir. Bu sonuçlar seçilen genlerin her iki teknikle belirlenen anlatım örüntülerinin tutarlı olduğunu göstermiştir. Toplu olarak bu sonuçlar öneriyor ki, tüm stres koşullarında hata eğilimli protein sentezini önlemek ve enerji gerektiren sentetik süreçlerden kaçınmak için transkripsiyon ve translasyonun engellenmektedir. Tüm stres koşullarında enerji dengesinin sürdürülebilirliği karbonhidrat taşıma ve metabolizmasının aktivasyonu ile sağlanmıştır. Tpv ayrıca stresten korunma mekanizmasının bir parçası olarak strese özgü genleri de (ör, GrpE-Isı-şoku, redoksinler-Oksidatif stres, Taşıyıcılar-pH stres) düzenlemektedir.

Özet (Çeviri)

In this study differential expression of the two proteasome associated VAT genes (TVNO382 and TVN0947) of Thermoplasma volcanium GSS1 (Tpv) cells challenged by extracellular stresses, i.e., pH, heat-shock and hydrogen peroxide were investigated using quantitative RT-PCR and Western blotting/hybridization techniques. We also performed a comprehensive transcriptome analysis of the Tpv as response to environmental stresses by genome-wide expression arrays. Quantitative RT-PCR analyses revealed that VAT genes elicited specific response under heat-shock (at 65ºC and 70ºC), pH stress (at pH 4.0) and oxidative stress (at 0.02 mM H2O2) over 120 min. Western hybridization corroborated the qRT-PCR results at protein level. These results suggested a critical role for VAT proteins possibly in association with the 20S proteasome in Tpv cells for adaptation to external stress, especially heat-shock. Microarray analyses revealed that Tpv cells? gene expression over 60 min stress exposure was essentially down-regulated. Within this group of genes those functionally linked to energy production and conversion, transcription and translation were significantly and extensively inhibited. Response to heat stress (at 65ºC) could be linked to elevated expression of genes encoding heat-shock related genes (e.g. GrpE) whereas the stress response to pH and oxidative stresses was characterized by up-regulation of membrane and transport related genes. Among the stress responsive genes sugar permease (TVN1145) and GrpE (TVN0489) genes were selected for verification of the microarray data by qRT-PCR technique. The results demonstrated a consistent trend in the expression patterns of the selected genes by two techniques. Collectively, our results suggest that the transcription and translation are retarded to prevent error prone synthesis of proteins and to avoid energy requiring synthetic processes. The energy balance may be maintained by activation of carbohydrate transport and metabolism under all stress conditions. Tpv also modulates stress specific genes (e.g., GrpE-Heat-shock, redoxins-Oxidative stress, transporters-pH stress) as part of its stress defense mechanism(s).

Benzer Tezler

  1. Tez No

    305863

    Expression profiling of microRNAs and Hsa-miR-145 targets in human prostate cancer

    İnsan prostat kanserinde mikroRNA?ların ve Hsa-miR-145 hedeflerinin ifade seviyesi profillemesi

    SERHAT SEVLİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyomühendislikYeditepe Üniversitesi

    Biyoteknoloji Bölümü

    DOÇ. DR. MUSTAFA ÖZEN

  2. Tez No

    507149

    Expression profiling of Helicobacter-activated regulatory B cells

    Helicobacter-aktive regülatör B hücrelerinde gen ifadesinin belirlenmesi

    SAWSAN S.A. SAID

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN

  3. Tez No

    380535

    Kara hardal (Brassica nigra) bitkisinde bakır stresiyle ilişkili bazı genlerin anlatımsal profillemesi.

    The expression profiling of some genes associated with copper stress from black mustard (Brassica nigra).

    YASEMİN YILDIZHAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜL CEVAHİR ÖZ

    DR. BİRSEN CEVHER KESKİN

  4. Tez No

    180645

    Gene expression profiling of hedgehog pathway genes in epithelial cancers

    Epitel kanserlerde hedgehog yolağı genlerinin gen ifade profili

    ÖZLEM AKILLI ÖZTÜRK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2006

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. IŞIK YULUĞ

  5. Tez No

    779247

    Foliküler lenfomalarda sirtuin gen ifade profili

    Gene expression profiling of sirtuins in follicular lymphoma

    LALEH MADAYEN SHISHEVAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLŞAH KAYGUSUZ

Geri Dön