Identification of C17orf45 protein and the effects of its snorNAs on cell cycle
C17orf45 geninin proteinini belirleme ve snorNA'larının hücre döngüsü üzerindeki etkisi
- Tez No: 338917
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NECLA BİRGÜL İYİSON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
Wnt / beta-katenin sinyal yolağının hücre üzerinde önemli etkileri vardır ve bu yolak ve bileşenleri üzerindeki düzensizlikler kanser ile ilişkilendirilmiştir. Daha önce laboratuvarımızda yapılan SAGE ve mikroarray analizleri ile Wnt / beta-katenin yolağında anlatımı değişen genler bulunmuş ve hücreye aktif beta-katenin verildiğinde c17orf45 geninin anlatımının arttığı gözlenmiştir. Ayrıca bu gen Wnt yolağı hedef geni olarak da belirlenmiştir. Bunun yanı sıra, farklı kanser türlerinde anlatımı değişen genleri belirlemek amacıyla geliştirilen bir biyoinformatik program vasıtasıyla c17orf45 geninin anlatımının bir çok kanser türünde farklılık gösterdiği saptanmıştır. Laboratuvarımızda gerçekleştirişen başka bir çalışmada ise genin anlatımının menenjiyom örneklerinde arttığı gözlenmiştir. Bunula beraber, c17orf45 geni intronik bölgelerinde 3 farklı snoRNA barındırdığı bilinmektedir. SnoRNA'ların asıl görevlerinin rRNA üzerindeki translasyon sonrası modifikasyonlarda görev almak olduğu kabul edilse de son zamanlarda snoRNA'ların kanser oluşumundaki rolü belirlenmiştir. Bu çalışmada, c17orf45 geninin olası proteini ve snoRNA'larının hücre döngüsü üzerindeki etkisi araştırılmıştır. PAML analizi bu genin işlevsel bir protein üretebileceğini işaret etmesine rağmen Western blot sonuçları kullanılan antikorun olası proteini tanımadığını göstermiştir. Ayrıca, snoRNA'ların kanser hücreleri üzerindeki etkisini görmek amacıyla genin snoRNA'ları HBB geninin intronik bölgesine klonlanmış ve eksonların uç uca eklenmesi sonrası introndan fonksiyonel snoRNA'ların çıkması hedeflenmiştir. Bu bağlamda yapılan deneyler pozitif sonuç vermiş olup bir sonraki aşamada snoRNA'ların hücre döngüsü üzerindeki olası etkileri farklı kanser hücre hatları üzerinde analiz edilmiş; ancak hiç bir hücre hattında belirgin bir fark gözlenememiştir.
Özet (Çeviri)
The Wnt / ß-catenin signaling has many important roles in cellular responses and dysregulation of this pathway are linked to tumor formation. Priorly, SAGE and microarray analyses were performed in our laboratory in order to detect differentially expressed genes in Wnt / ß-catenin pathway and c17orf45 gene was found to be upregulated in the presence of constitutively active ß-catenin. It was characterized as a novel Wnt / ß-catenin target. A bioinformatics tool designed by our former lab member was used to detect differentially expressed genes in different tumor samples from online data. This indicated that the expression level of c17orf45 gene was altered in distinct tumors. Besides, the upregulation of c17orf45 was experimentally observed in meningi-oma samples. Moreover, c17orf45 gene is accepted as the host gene for 3 snoRNAs in its introns. SnoRNAs are mainly involved in post-transcriptional modification of ribo-somal RNAs; however the roles of snoRNAs in cancer are currently identified. In this study, the putative protein product of c17orf45 gene and the effects of 2 snoRNAs residing in introns of c17orf45 on different cancer cells were analyzed. Bioinformatics and PAML analyses for c17orf45 ORF revealed that there might be a positive selection for putative protein of the gene. Western Blot analysis done to identify the putative protein resulted in that the antibody did not target the protein of c17orf45. Besides, to examine the possible effects of snoRNAs, snoRNAs were cloned into intronic region of HBB gene encompassed by exonic parts in order to splice intron out. This would lead to obtain functional, processed snoRNAs. Splicing were verified with RT-PCR, Real Time PCR and YFP fused HBB construct which depended on joining of exons and splicing out of intron. Then, snoRNA constructs were introduced to different cancer cell lines to determine the effects of snoRNAs on cell cycle. However, none of the cells with 2 dif-ferent time points indicated an alteration on cell cycle.
Benzer Tezler
- Characterization of C17orf45 as a novel target of the Wnt/B-catenin pathway
Wnt/B-katenin yolağının yeni hedef geni olarak C17orf45'in karakterize edilmesi
TUNCAY ŞEKER
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. AHMET KOMAN
YRD. DOÇ. NECLA BİRGÜL İYİSON
- Doğu karadeniz bölgesinde osteoporoz için risk faktörlerinin tespiti
Identification of risk factors for osteoporosis in the region of east black sea
MÜNEVVER SERDAROĞLU BEYAZAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2007
Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonKaradeniz Teknik ÜniversitesiFiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET TOSUN
- İntrakranial meningiomlardaMGMT, CDKN2A, GSTP1 ve THBS1 genlerinin promotor bölge metilasyon kalıplarının belirlenmesi
Identification of promoter region methylation patterns seen at the MGMT, CDKN2A, GSTP1 and THBS1 genes of intrakranial meningiom patients
FATİH AYDEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
GenetikBaşkent ÜniversitesiNöroşirürji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET NUR ALTINÖRS
- Identification of Colchicum L. species of Turkey's flora by sequence analysis of nrDNA its region
Türki̇ye florasına ai̇t Colchi̇cum L. türleri̇ni̇n nrDNA its bölgesi̇ di̇zi̇ anali̇zleri̇ i̇le beli̇rlenmesi̇
SEREN METE
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU
- Niğde ilinde doğal yayılış gösteren Crambe türlerinin teşhisi ve kalite özelliklerinin belirlenmesi
Identification of Crambe sp. naturally grown in the province Nigde and determination of quality features
CEMİLE GÖKÇE
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
ZiraatÇukurova ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LEYLA SEZEN TANSI