Identification of C17orf45 protein and the effects of its snorNAs on cell cycle
C17orf45 geninin proteinini belirleme ve snorNA'larının hücre döngüsü üzerindeki etkisi
- Tez No: 338917
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NECLA BİRGÜL İYİSON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
Wnt / beta-katenin sinyal yolağının hücre üzerinde önemli etkileri vardır ve bu yolak ve bileşenleri üzerindeki düzensizlikler kanser ile ilişkilendirilmiştir. Daha önce laboratuvarımızda yapılan SAGE ve mikroarray analizleri ile Wnt / beta-katenin yolağında anlatımı değişen genler bulunmuş ve hücreye aktif beta-katenin verildiğinde c17orf45 geninin anlatımının arttığı gözlenmiştir. Ayrıca bu gen Wnt yolağı hedef geni olarak da belirlenmiştir. Bunun yanı sıra, farklı kanser türlerinde anlatımı değişen genleri belirlemek amacıyla geliştirilen bir biyoinformatik program vasıtasıyla c17orf45 geninin anlatımının bir çok kanser türünde farklılık gösterdiği saptanmıştır. Laboratuvarımızda gerçekleştirişen başka bir çalışmada ise genin anlatımının menenjiyom örneklerinde arttığı gözlenmiştir. Bunula beraber, c17orf45 geni intronik bölgelerinde 3 farklı snoRNA barındırdığı bilinmektedir. SnoRNA'ların asıl görevlerinin rRNA üzerindeki translasyon sonrası modifikasyonlarda görev almak olduğu kabul edilse de son zamanlarda snoRNA'ların kanser oluşumundaki rolü belirlenmiştir. Bu çalışmada, c17orf45 geninin olası proteini ve snoRNA'larının hücre döngüsü üzerindeki etkisi araştırılmıştır. PAML analizi bu genin işlevsel bir protein üretebileceğini işaret etmesine rağmen Western blot sonuçları kullanılan antikorun olası proteini tanımadığını göstermiştir. Ayrıca, snoRNA'ların kanser hücreleri üzerindeki etkisini görmek amacıyla genin snoRNA'ları HBB geninin intronik bölgesine klonlanmış ve eksonların uç uca eklenmesi sonrası introndan fonksiyonel snoRNA'ların çıkması hedeflenmiştir. Bu bağlamda yapılan deneyler pozitif sonuç vermiş olup bir sonraki aşamada snoRNA'ların hücre döngüsü üzerindeki olası etkileri farklı kanser hücre hatları üzerinde analiz edilmiş; ancak hiç bir hücre hattında belirgin bir fark gözlenememiştir.
Özet (Çeviri)
The Wnt / ß-catenin signaling has many important roles in cellular responses and dysregulation of this pathway are linked to tumor formation. Priorly, SAGE and microarray analyses were performed in our laboratory in order to detect differentially expressed genes in Wnt / ß-catenin pathway and c17orf45 gene was found to be upregulated in the presence of constitutively active ß-catenin. It was characterized as a novel Wnt / ß-catenin target. A bioinformatics tool designed by our former lab member was used to detect differentially expressed genes in different tumor samples from online data. This indicated that the expression level of c17orf45 gene was altered in distinct tumors. Besides, the upregulation of c17orf45 was experimentally observed in meningi-oma samples. Moreover, c17orf45 gene is accepted as the host gene for 3 snoRNAs in its introns. SnoRNAs are mainly involved in post-transcriptional modification of ribo-somal RNAs; however the roles of snoRNAs in cancer are currently identified. In this study, the putative protein product of c17orf45 gene and the effects of 2 snoRNAs residing in introns of c17orf45 on different cancer cells were analyzed. Bioinformatics and PAML analyses for c17orf45 ORF revealed that there might be a positive selection for putative protein of the gene. Western Blot analysis done to identify the putative protein resulted in that the antibody did not target the protein of c17orf45. Besides, to examine the possible effects of snoRNAs, snoRNAs were cloned into intronic region of HBB gene encompassed by exonic parts in order to splice intron out. This would lead to obtain functional, processed snoRNAs. Splicing were verified with RT-PCR, Real Time PCR and YFP fused HBB construct which depended on joining of exons and splicing out of intron. Then, snoRNA constructs were introduced to different cancer cell lines to determine the effects of snoRNAs on cell cycle. However, none of the cells with 2 dif-ferent time points indicated an alteration on cell cycle.
Benzer Tezler
- Characterization of C17orf45 as a novel target of the Wnt/B-catenin pathway
Wnt/B-katenin yolağının yeni hedef geni olarak C17orf45'in karakterize edilmesi
TUNCAY ŞEKER
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. AHMET KOMAN
YRD. DOÇ. NECLA BİRGÜL İYİSON
- Identification of by products in hydrogen producing bacteria Rhodobascter sphaeradies OU 001 grown in waste water of a sugar refinery
Şeker fabrikası atık suyundan hidrojen üretebilen Rhadobacter sphaeradies OU 001'in yan ürünlerinin karakterizasyonu
DENİZ ÖZGÜR YİĞİT
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ
- Lactococcus cinsine ait suşlarda faj dirençlilik sistemlerinin tanımlanması
Identification of phage resistance in genus: Lactococcus
PINAR ŞANLIBABA
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA AKÇELİK
- Türkiye'de izole edilen lactococcus lactis subsp. lactis suşlarında laktoz fermentasyon yeteneğinin genetik determinantlarının, konjugal aktarımının ve stabilitesinin tanımlanması
Identification of genetic determinants, conjugal transfer and stability of lactose fermentation ability in lactococcus lactis subsp. lactis strains isolated from Turkey
ÇAĞLA TÜKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA AKÇELİK
- Identification of the role of p33ING1 protein in the cellular activities of p53 tumor suppressor protein
p33ING1 proteininin p53 tümör baskılıyıcı proteininin hücresel aktiviteleri üzerindeki etkisinin belirlenmesi
N.C. TOLGA EMRE
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. RENGÜL ÇETİN-ATALAY