Geri Dön

Dendritic spine segmentation using active contour with shape prior

Dendritik omurgaların şekil bilgisi kullanan aktif konturlar ile segmentasyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 341204
  2. Yazar: CEMAL AKARSU
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. DEVRİM ÜNAY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Elektrik ve Elektronik Mühendisliği, Electrical and Electronics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Bahçeşehir Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 71

Özet

Dendritik omurga analizi Sinirbilimi'nin popüler konularından birisidir. Bunun nedeni bu yapıların morfolojik ve istatiksel özelliklerinin öğrenme sürecinde etkili olması ve bu özelliklerin incelenmesinin Alzheimer gibi hastalıkların sebeplerini bulmada yardımcı olabilecek olmasıdır. Bu konuya olan yoğun ilgiye ve görüntüleme teknolojilerindeki ilerlemelere bağlı olarak önemli miktarda dendritik omurga resmi birikmiştir ve bunların hepsi uzmanlar tarafından görsel olarak analiz edilmeyi beklemektedir. Ancak bu resimlerin görsel analizi hem zor hem de vakit alan bir işlemdir. Bu nedenle otomatik araçlara gerek duyulmaktadır. Bu araçlar dendritik omurgaları tespit etmeli, uygun bir şekilde bölütlemeli ve hacim, uzunluk gibi istatiksel özelliklerini ölçmelidir.Bu tezde çalışmaları devam etmekte olan otomatik analiz aracının, otomatik bölütleme kısmına odaklanılmıştır ve dendritik omurganın doğru bir şekilde bölütlenmesi için şekil bilgisi kullanan aktif çevrit metodunun kullanılması önerilmiştir. Bu tezde bu metodun MATLAB ortamında gerçeklenmesi kullanılmıştır. Sonuçlar, global eşikleme ve aktif çevrit metodlarının sonuçlarıyla karşılaştırılmıştır.Bölütleme sonuçları hem görsel olarak hem de Dice skoru üzerinden sayısal bir şekilde verilmiştir. Bu sonuçlara göre şekil bilgisi kullanan aktif çevrit metodu, global eşikleme ve aktif çevrit metodlarına göre daha gerçekçi sonuçlar vermektedir. Ayrıca bu yöntemi gri tonlamış resimler yerine Otsu eşikleme uygulanmış resimlere uygulamak metodun doğruluğunu ve sağlamlığını arttırmaktadır.

Özet (Çeviri)

Dendritic spine analysis is a popular topic in Neuroscience, since the morphological and statistical (e.g. quantity and density) properties of dendritic spines play a role in the learning process, and can be used for understanding the reasons of mental disorders like Alzheimer?s. Advancements in the related imaging technology has lead to vast amount of dendritic spine images that need to be analyzed and interpreted by the experts. But manual analysis of these images is a difficult and time-consuming task. Therefore, automated tools are required, which should detect, segment, and quantify statistical properties of dendritic spines, such as length and volume.To this end, a collaborative effort on creating a software tool for automated analysis of dendritic spines is being carried out at Bahçeşehir University. This thesis is focused on the automated segmentation part of this collaborative effort. For accurate segmentation of dendritic spines, application of the Active Contour with Shape Prior method is proposed. Performance of the proposed method is evaluated on an expert-annotated dataset, and compared with the accuracy of two other methods; Global Thresholding and Active Contour.Results are presented both visually and quantitatively using the Dice overlap measure. Results show that applying the Active Contour with Shape Prior method leads to more accurate segmentations than Global Thresholding and Active Contour methods. Furthermore, accuracy and robustness of the proposed method is increased if it is applied on Otsu thresholded images instead of the original grayscale versions.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    507377

    Non-parametric Coupled Shape Priors for Segmentation of Deformable Objects in Time-Series Images using Particle Filters

    Zaman serisi görüntülerindeki deforme olan nesnelerin parçacık süzgeci ve parametrik olmayan birleşik şekil önseli kullanılarak bölütlenmesi

    NAEIMEH ATABAKILACHINI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiSabancı Üniversitesi

    DOÇ. DR. MÜJDAT ÇETİN

  2. Tez No

    816033

    Valproik asit ile oluşturulmuş otizm modelinde Fingolimod (FTY720)'un hipokampus üzerindeki morfolojik etkilerinin incelenmesi

    Morphological examination of the effects of Fingolimod (FTY720) on the hippocampus in an autism model formed with valproic acid

    DUYGU ASLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    AnatomiEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Anatomi Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HAKAN AY

  3. Tez No

    444554

    Dendritic spine shape analysis based on two-photon microscopy images

    İki foton mikroskobik görüntüleri kullanarak dendritik diken şekil analizi

    MUHAMMAD USMAN GHANI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSabancı Üniversitesi

    Bilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MÜJDAT ÇETİN

  4. Tez No

    194376

    Role of estrogen in hippocampal dendritic spine changes during pubertal, adult and aged female rats

    Östrojenin puberte, erişkin ve yaşlılıkta hipokampal dendritik spine değişikliklerine olan etkisi

    MURAT YILDIRIM

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2005

    Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe Üniversitesi

    Farmakoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. JOHN MORRİSON

    PROF.DR. RÜŞTÜ ONUR

  5. Tez No

    129780

    Anne yoksunluğunun yetişkin sıçanda hipokampal dendritik yapı üzerine etkileri

    The effects of maternal deprivation on the hippocampal dendritic structure in adult rats

    PINAR KARAKAŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    MorfolojiÇukurova Üniversitesi

    Anatomi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. M. GÜLHAL BOZKIR

Geri Dön