Characterization of three partially conserved amino acid mutations in CBB3-type oxidase enzyme of rhodobacter capsulatus
Rhodobacter capsulatus ın CBB3-tipi sitokrom oksidaz enzimininde kısmi olarak korunmuş üç aminoasit mutasyonunun karakterizasyonu
- Tez No: 342506
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Abant İzzet Baysal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 210
Özet
Demir-Bakır Oksijen (DBO) redüktazlar oksijeni suya indirgemekten ve ATP sentezi için kullanılacak olan elektrokimyasal farkı yaratmaktan sorumludurlar. cbb3-tipi oksidazlar, DBO ailesinin en farklı üyeleri olup, düşük oksijen konsantrasyonunda yüksek aktivite gösterme ve düşük proton pompalama özellikleri ile karakterize olurlar. Süper aile içerisinde yapılan sekans karşılaştırmaları ve korunmuş aminoasitler üzerine yapılan mutasyon çalışmaları cbb3-tipi oksidazların, süper ailenin diğer üyeleri ile bazı ortak özelliklere sahip olduğunu göstermiştir ancak bu enzimin çalışma mekanizması halen çok iyi bilinmemektedir. Bu çalışmada, oldukça çeşitlilik gösteren C-tipi oksijen redüktaz ailesinin çalışma mekanizmasını, yapısını ve çeşitliğini incelemek amacıyla, bu aileye özgü kısmi olarak korunmuş olan üç aminoasit, asparajin 265, tirozin 420 ve fenilalanin 480 yönlendirilmiş mutagenez yöntemi ile sırasıyla valin, fenilalanin ve alanin?e dönüştürülmüştür. Rhodobacter capsulatus?aaitcbb3-tipi oksidazmutantları enzim aktivitesi, yapısı ve proton pompalama sitokiyometri özelliği bakımından incelenerek karakterizasyonları yapılmıştır. N265 ve Y420 pozisyonundaki mutasyonların enzim aktivitesine ve yapısına etki ettiği, F480 mutasyonunun ise proton translokasyonu üzerinde etkisi olduğu bulunmuştur. Araştırma sonuçları kısmi olarak korunmuş olan aminoasitlerinde cbb3- tipi oksidaz enzimi üzerinde yapı ve/veya fonksiyonel olarak önemli yere sahip olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Heme-Copper Oxygen reductases are responsible for catalyzing the reduction of oxygen to water and generate an electrochemical gradient, which is used for ATP synthesis. cbb3-type oxidases are the most distinct members of the HCOs which are characterized by high catalytic activity at low oxygen concentrations and reduced proton pumping. Analyses on genomic sequences for C-type oxygen reductase family and mutagenesis studies on conserved residues showed that each of these conserved residues has a critical role in structure and/or function of the enzyme. In this study, three partially conserved residues Aspargine 265, Tyrosine 420 and Phenylalanine 480, which are unique to C-type oxygen reductase family, were substituted to Valine, Phenylalanine and Alanine respectively by site directed mutagenesisfor the investigation ofthe diversity, mechanism and structure of this highly diverse family. Characterization of the mutants from Rhodobacter capsulatuswas done with respect to their effects on activity, assembly and proton pumping stoichiometry.Mutations at the position of N265 and Y420 showed that, they have critical role on the enzyme activity and assembly while F480 has role in function,proton translocation.Findings support the assumption that partially conserved residues may also have important role in the structure and/or function of thecbb3-type oxidases.
Benzer Tezler
- Mucize buğdayda (Triticum turgidum var. mirabile) başak ve çiçek meristem kimlik genlerinin klonlanması ve karakterizasyonu
Cloning and characterization of spike and floral meristem identity genes in miracle wheat (Triticum turgidum var. mirabile)
DAMLA GÜVERCİN
Doktora
Türkçe
2019
BiyolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAŞAR KARAKURT
- Isolation and characterization of genomic and cDNA sequences encoding the laccase CpLcc2 from Coriolopsis polyzona MUCL 38443
Coriolopsis polyzona MUCL 38443 suşundaki CpLcc2 lakkazını kodlayan genomik ve cDNA dizilerinin izolasyonu ve karakterizasyonu
DİCLE MALAYMAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN KARATAŞ
- Molecular cloning and characterization of the common 1b subtype of HCV from Turkey
Türkiye'de baskın olarak görünen hepatit C virüsü 1b alt tipinin moleküler klonlanması ve karakterizasyonu
ASLI ÖZTAN
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Tomato chlorosis virus (ToCV) izolatlarının örtü protein gen bölgesinin moleküler olarak belirlenmesi
Molecular analysis of coat protein region of Tomato chlorosis virus isolates
SALİSU SULLEY
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
ZiraatAnkara ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. İBRAHİM ÖZER ELİBÜYÜK
- Tomato spotted wilt virus biber izolatlarının popülasyon çeşitliliği ve biber genotiplerinin reassortant izolatlara tepkisi
Population structure of Tomato spotted wilt virus and resistance response of pepper genotypes to reassortant isolates
SELİN CEREN BALSAK
Doktora
Türkçe
2020
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİHAL BUZKAN