Geri Dön

Analysis of 3'UTR shortening events in breast cancer

Meme kanserinde 3'UTR kısalma olaylarının incelenmesi

  1. Tez No: 343103
  2. Yazar: ONUR BALOĞLU
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. TOLGA CAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Onkoloji, Genetics, Oncology
  6. Anahtar Kelimeler: Microarray, 3'UTR, Alternative Polyadenylation, Differential expression, meme kanseri, Microarray, 3'UTR, Alternative Polyadenylation, Differential expression, breast cancer
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Enformatik Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Bölümü
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 56

Özet

Kanser etkilenmiş olan hücrelerin kontrolsüz bir biçimde hücre bölünmesine neden olan belirli özellikler taşıyan bir grup hastalığı tanımlamak için kullanılan yaygın bir terimdir. Kanser terapisindeki gelişmelere rağmen hala günümüzde dünya çapındaki ölümlerin %10'u kanser nedenlidir. Ayrıca uzayan insan ömrü de kanser olaylarını arttırmıştır. Bu durum odağı erken tanıya ve ektili tetkiklere yöneltmiştir. Yüksek iş hacimli genomik teknolojilerindeki gelişmeler sayesinde, gen ekspresyonu profili kanser teşhisi için özgün bir yöntem olarak dikkati kazanmıştır. Bu yöntem basitçe tümörlü ve sağlıklı örneklerdeki gen expresiyonu seviyelerinin profillerinin karşılaştırılmasına dayanmaktadır. Biz ise bu teşhis tekniğine alternatif olabilecek bir teknik geliştirmek istemekteyiz. Bu noktada biz aday genlerin 3'UTR bölgesinin probe ekspresyonu ölçülmesini baz alan alternatif bir yöntem öneriyoruz Kanser olaylarında ki 3'UTR kısalmasını analiz etmek için model olarak oladığımız meme kanserine ait olan ve herkese açık durumdaki Affymetrix çiplerinin gen ekspresyon datasetleri ile sanal ortamda analizler yapıldı. Tümden düşünüldüğünde analizlerimiz 3'UTR kısalmasının meme kanserinde dikkate değer bir mekanizmasını ortaya koymuştur.

Özet (Çeviri)

Cancer is the collective term used to describe a diverse group of diseases that share certain hallmarks, which in turn enables the affected cells to sustain an uncontrolled cell growth. Despite the increasing efforts and advances in cancer therapies, cancers are still responsible for approximately 10% of all the deaths worldwide. Furthermore, the increase in the average human lifespan will further contribute to the cancer incidences. This brings the necessity to focus our efforts on early detection and effective diagnosis methods. With the advances in high-throughput genomics technologies, gene expression signatures have gained attention as a novel method in cancer diagnostics. These signatures are identified by simply comparing the expression levels of genes in tumor and control samples. Here, we propose an alternative method based on the probe expression level measurement of 3?UTR of candidate genes. We chose breast cancer as a model and performed an in silico analysis on publicly available gene expression datasets of Affymetrix chips to analyse 3?UTR shortening during breast cancer situation. Overall, our analysis suggests that shortening of 3?UTR is a significant mechanism observed in breast cancer.

Benzer Tezler

  1. Alternative polyadenylation dependent 3'-UTR changes in triple negative breast cancers

    Triple negatif meme kanserinde alternatif poliadenilasyona bağlı 3'-UTR değişiklikleri

    TANER TUNCER

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN

    DOÇ. DR. TOLGA CAN

  2. Alternative polyadenylation in a differentiation model: Caco-2

    Bir farklılaşma modelinde alternatif poliadenilasyon: Caco-2

    OĞUZHAN BEĞİK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN

    DOÇ. DR. SREEPARNA BANERJEE

  3. Alternative polyadenylation analysis in myelodysplastic syndromes, glioblastoma and gastric cancer

    Myelodisplastik sendromlar, gliyoblastom ve mide kanserinde alternatif poliadenilasyon analizi

    TUNA ÇINKILLI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN

  4. Genome- and tissue-wide analysis of alternative polyadenylation events using clustering and feature learning methods

    Alternatif poliadenilasyon olaylarının kümeleme ve öznitelik öğrenme yöntemleri ile genom ve doku çaplı analizi

    PINAR YILMAZER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TOLGA CAN

  5. An effort to identify novel proteins in alternative polyadenylation

    Alternatif poliadenilasyonda rol oynayan yeni proteinlerin keşfedilmesi üzerine bir çalışma

    MUSTAFA ÇİÇEK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN

    DOÇ. DR. NURCAN TUNÇBAĞ