Alternative polyadenylation in a differentiation model: Caco-2
Bir farklılaşma modelinde alternatif poliadenilasyon: Caco-2
- Tez No: 463536
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN, DOÇ. DR. SREEPARNA BANERJEE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Moleküler Tıp, Biology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 91
Özet
Alternatif poliadenilasyon (APA), pre-mRNA'da bulunan yakın veya uzaktaki poly(A) sinyallerinin seçimidir. APA, farklılaşma dahil olmak üzere çoğu hücre süreçlerinde önemli rol oynamaktadır. APA sonucunda oluşan izoformlar, farklı stabiliteye ve lokalizasyona sahip olabilirler. Farklı lokalizasyon, proteinin fonksiyonunu da değiştirebilir. Bu yüzden, gelişim sürecinde gerçekleşen transkripsiyon sonrası mekanizmaları anlamak için, APA isoformlarını belirlemek bir önem arz etmektedir. Bu çalışmada, enterosit farklılaşma modeli olan Caco-2 hücrelerindeki APA izorformlarını incelemeyi amaçladık. Caco-2 hücreleri kolon adenokarsinoma'dan türemiş olup, konflüent olmaları sonucunda spontane enterosit farklılaşması sürecine girebilmektedirler. Önceden geliştirdiğimiz ve ekspresyon datasını kullanarak APA olaylarını inceleyen APADetect algoritmasını kullanarak, Caco-2 farklılaşmasında gerçekleşen APA olaylarını analiz ettik. Farklılaşmış Caco-2 hücrelerini, çoğalan Caco-2 hücreleri ile karşılaştırdığımızda, 91 3'UTR uzaması, 43 3'UTR kısalması belirledik. 3'UTR uzunluğunun, miRNA'ya bağlı regulasyondaki önemini göz önünde bulundurarak, kısa ve uzun izoformlardaki miRNA bağlanma bölgelerini inceledik. İlginç bir şekilde, kullanlılan poly(A) bölgesine yakın (mRNA'nın bitiminde) bölgede bir zenginleşme gördük. Burada gözlemlediğimiz zenginleşme olayının sonucu, daha erişilebilir miRNA bağlanma bölgesi oluşması olabilir. Sonrasında, analiz sonucunda bulduğumuz APA olaylarını doğrulamak için, çoğalan ve farklılaşmış Caco-2 hücrelerini gerçek zamanlı PCR kullanarak (RT-qPCR) inceledik. Sonrasında, farklılaşma olayında farklı düzenlenen bir transkriptin üzerine yoğunlaşarak, bu transkript ile fonsiyonel analizler yaptık. Genel olarak yaklaşımımız, farklılaşma ile ilgili çalışmalarda fazla kullanılan gen ekpresyon analizlerinde gözden kaçırılmış olan 3'UTR izoformlarından yeni gen bulunması için bir platform sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Alternative polyadenylation (APA) is the selection of proximal or distal poly(A) signals on pre-mRNAs. APA has been implicated in many cellular processes, including differentiation. Resulting APA isoforms may have different stability or localization, which may eventually alter the protein function. Therefore, it is important to reveal APA isoforms to better understand post-transcriptional mechanisms in development. In this study, we aimed to investigate APA isoforms in an enterocyte differentiation model, Caco-2 cells. Enterocyte differentiation take place on the axis from colon crypt to villus to produce enterocytes from the intestinal stem cells. Caco-2 cells are derived from colon adenocarcinoma and are able to undergo spontaneous enterocyte differentiation upon confluency. Earlier, we have developed APADetect tool which uses microarray gene expression data to analyze APA events. We used APADetect in order to analyze the APA events in differentiating Caco2 cells. We identified 91 3'UTR lengthening and 43 3'UTR shortening events in differentiated Caco2 cells compared to proliferating Caco-2 cells. APA events were mostly enriched for biological processes such as enzyme binding, endocytosis and RNA processing. To begin investigating the functional significance of APA isoforms, we have looked into availability or loss of conserved miRNA binding sites on APA isoforms. Interestingly, we found an enrichment of miRNA binding sites close to the active poly(A) sites at the end of the mRNAs, which may allow easier access to miRNAs. Next, we began confirming the in silico results by real time RT-PCR (RT-qPCR) using proliferating and differentiated Caco-2 cells. Overall our approach serves as a platform for novel gene discovery in differentiation studies where conventional gene expression analysis may have overlooked 3'UTR isoforms.
Benzer Tezler
- Alternative polyadenylation analysis in myelodysplastic syndromes, glioblastoma and gastric cancer
Myelodisplastik sendromlar, gliyoblastom ve mide kanserinde alternatif poliadenilasyon analizi
TUNA ÇINKILLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Use of an intronic polyadenylation site in breast cancers
Bir intronik poliadenilasyon bölgesinin meme kanserlerinde kullanımı
GÖZDE KÖKSAL BIÇAKCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Prediction of polyadenylation sites by probe level analysis of microarray data
Mikroçip verisinin prob seviyesinde incelenerek çoklu adenin bölgelerinin bulunduğu yerlerin tahmin edilmesi
YİĞİT İLGÜNER
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Dynamic alternative polyadenylation (APA) events in mammary gland development
Meme dokusu gelişimi sırasında dinamik alternatif poliadenilasyon (APA) olayları
GÜLTEN TUNCEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Characterization of sorting nexin 3 (SNX3) function
Sorting nexin 3 (SNX3)'ün görevinin karakterizasyonu
MERVE ÖYKEN
Doktora
İngilizce
2020
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN