Geri Dön

Investigation of schizophrenia related genes and pathways through genome wide association studies

Şizofreni ile ilgili genlerin ve yolaklarin genom çapında ilişkilendirme çalışmaları (GWAS) aracılığıyla incelenmesi

  1. Tez No: 343116
  2. Yazar: HÜSEYİN ALPER DÖM
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Nöroloji, Psikiyatri, Biology, Neurology, Psychiatry
  6. Anahtar Kelimeler: METU-SNP, AHP, GWAS, yolak ve gen keşfi, şizofreni, METU-SNP, AHP, GWAS, pathway and gene discovery, schizophrenia
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Enformatik Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Bölümü
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 142

Özet

Şizofreni genellikle zihinsel süreçleri ve duygusal tepkileri etkileyen kompleks bir zihinsel bozukluk olarak karakterize edilir ve herhangi bir toplumun %1ini etkiler. SNPler, DNA sekansında meydana gelen tek bazlık nükleotid değişimleri olup genomik varyasyonların büyük çoğunluğunu oluştururlar. Bu çalışmada amacımız şizofreni ile ilişkili olan SNP'lerin genomik belirteçler olarak tanımlanması ve SNP'lerin analizleri sonucu tanımlanmış gen ve yolakların araştırılmasıydı. Genom çapında ilişkilendirme çalışmaları (GWAS) genetik varyasyonları tanımlamak ve SNP gibi bu varyasyonlarla ilişkili belirteçleri araştırmak için hasta ve kontrol gruplarının bütün genomlarının analiz edilmesidir. GWASlar sıradan genetik bağlantı çalışmaları yetersiz kaldığından şizofreni gibi kompleks hastalıkların araştırılmasında en sık kullanılan yöntemlerdir. dbGAP şizofreni genotip veri setinin analizi 909.622 SNPden p-değeri 5x10-5'ten başlayan 25.555 SNP tanımladı. Sonrasında, kombine p-değeri yaklaşımıyla ilişkili gen ve yolakları tanımlamak ve de AHP'ye dayalı istatistiksel olarak yüksek anlamlı ve biyolojik olarak anlamlı SNPlerin önceliklendirilmesi çalışmaları için METU-SNP yazılımı kullanılmıştır. AHP puanı 0,4 ve üzerisi olan ve 2.500 gene atanan 6.000 SNPnin şizofreni ve şizofreniyle ilgili kondisyonlarla ilişkili olduğu önerilmiştir. Daha önce tanımlanan nörolojik yolaklara ilaveten, yolak ve ağ analizleri zenginleştirilmiş iki yeni yolak ortaya çıkardı.Melanogenesis ve damarsal düz kas kasılma (vascular smooth muscle contraction) yolaklarının şizofreni ile yüksek ilgisinin olduğu bulundu. Ayrıca bu yolakların şizofreninin moleküler etiyolojisinde rol oynayabilecek tek bir biyolojik ağ oluşturduğunu gösterdik. Tüm analizlerin sonuçları neticesinde de şizofreni ile muhtemel ilgisi bulunan SOS1 ve GUCY1B3 genleri iki yeni aday gen olarak ortaya çıkmıştır.

Özet (Çeviri)

Schizophrenia is a complex mental disorder that is commonly characterized as deterioration of intellectual process and emotional responses and affects 1% of any given population. SNPs are single nucleotide changes that take place in DNA sequences and establish the major percentage of genomic variations. In this study, our goal was to identify SNPs as genomic markers that are related with schizophrenia and investigate the genes and pathways that are identified through the analysis of SNPs. Genome wide association studies (GWAS) analyse the whole genome of case and control groups to identify genetic variations and search for related markers, like SNPs. GWASs are the most common method to investigate genetic causes of a complex disease such as schizophrenia because regular linkage studies are not sufficient. Out of 909,622 SNPs analysis of the dbGAP Schizophrenia genotyping data identified 25,555 SNPs with a p-value 5x10-5. Next, combined p-value approach to identify associated genes and pathways and AHP based prioritization to select biologically relevant SNPs with high statistical association are used through METU-SNP software. 6,000 SNPs had an AHP score above 0.4, which mapped to 2,500 genes suggested to be associated with schizophrenia and related conditions. In addition to previously described neurological pathways, pathway and network analysis showed enrichment of two pathways.Melanogenesis and vascular smooth muscle contraction pathways were found to be highly associated with schizophrenia. We have also shown that these pathways can be organized in one biological network, which might have a role in the molecular etiology of schizophrenia. Overall analysis results revealed two novel candidate genes SOS1 and GUCY1B3 that have a possible relation with schizophrenia.

Benzer Tezler

  1. Şizofreni hastalarında RASD1 geni mutasyonlarının araştırılması

    Investigation of RASD1 gene mutations in schizophrenia patients

    CEREN DAMLA DURMAZ ÖZDİNÇ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    GenetikAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE ILGIN RUHİ

  2. Multiscale computational investigation of the kynurenine 3-monooxygenase catalyzed hydroxylation reaction

    Kinürenin 3-monooksijenaz katalizli hidroksilasyon tepkimesinin çok boyutlu hesaplamalı kimya yöntemleriyle incelenmesi

    YILMAZ ÖZKILIÇ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURCAN TÜZÜN

  3. Otizm Spektrum Bozukluğunda RhoA, ROCK1 ve ROCK2 gen ekspresyonlarının araştırılması

    Investigation of RhoA, ROCK1 and ROCK2 gene expressions in autism spectrum disorder

    EMİNE MERVE KALINLI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    PsikiyatriMersin Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ETEM AKBAŞ

  4. Otizm spektrum bozukluğu tanılı hastalarda bipolar bozukluk gelişimi ile VEGF, IGF-1 ve FGF-2 faktörlerinin ilişkisinin incelenmesi

    Investigation the relationship between the development of bipolar disorder and VEGF, IGF-1 and FGF-2 in patients with autism spectrum disorder

    GÖKÇE GÜLDİKEN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Psikiyatriİstanbul Üniversitesi

    Çocuk ve Ergen Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MURAT COŞKUN

  5. Tik bozuklukları ve stereotipik hareket bozukluğunun ayırıcı tanısında motor beceriler ve silik nörolojik bulguların değerlendirilmesi

    Evaluation of motor skills and neurological soft signs in thedifferential diagnosis of tic disorders and stereotypic movement disorder

    ECEM SELİN AKBAŞ ALIYEV

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    PsikiyatriHacettepe Üniversitesi

    Çocuk Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. DİLEK ÜNAL