Applications of heuristic search on phylogeny reconstruction problems
Yeniden filojeni kurma problemlerinde sezgisel arama uygulamaları
- Tez No: 348685
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ESRA ERDEM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyomühendislik, Genetik, Computer Engineering and Computer Science and Control, Bioengineering, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Verilen bir tür ailesi için oluşturulan filojeniler veya evrim ağaçları bu türler arasındaki evrimsel ilişkileri gösterir. Ağacın yaprakları verilen türleri, ara düğümleri ortak ataları ve ayrıtları da genetik ilişkileri belirtir. Türler genom bilgileriyle tanımlanabilir ve türler arasındaki evrimsel ilişkiler bir genomu diğerine dönüştüren genom yeniden düzenleme olayları (mesela mutasyonlar) ile ölçülebilir. Genom verisinden filojeni çıkarımı yapmak için kullanılan yaklaşımlardan biri, türler arasındaki toplam evrimsel mesafeyi en aza indirgemeye çalışırken genom üçlüleri için ortanca genom problemi çözmek veya genom çiftleri için genom yeniden düzenleme problemi çözmektir.Bu tezde, yeniden filojeni kurma problemini çözmek amacıyla, gen tekrarı içermeyen aynı uzunluktaki dairesel genomlar için ortanca genom problemi çözümüne dayanan iki tane arama tabanlı algoritma geliştirdik ve gerçekledik.Algoritmalarımızın uygulanabilir ve etkili olduğunu gösterebilmek adına rastgele üretilmiş örnekler ve Metazoa'ya ait türlerin mitokondri genomlarını ve Campanulaceae ailesine ait türlerin kloroplast genomlarını içeren iki gerçek veri kümesiyle algoritmalarımızı sınadık.
Özet (Çeviri)
Phylogenies or evolutionary trees for a given family of species show the evolutionary relationships between these species. The leaves denote the given species, the internal nodes denote their common ancestors and the edges denote the genetic relationships. Species can be identified by their whole genomes and the evolutionary relations between species can be measured by the number of rearrangement events (i.e. mutations) that transform one genome into another. One approach to infer phylogeny from genomic data is by solving median genome problems for three genomes, or the genomerearrangement problem for pairs of genomes, while trying to minimize the total evolutionary distance among the given species.In this thesis, we have developed and implemented three search based algorithms for phylogeny reconstruction problem based on solving median genome problems for circular genomes of the same length without gene duplication.In order to show applicability and effectiveness of our algorithms, we have tested them with randomly generated instances and two real data sets: mitochondrial genomes of Metazoa and chloroplast genomes of Campanulaceae.
Benzer Tezler
- İmalat sistemlerinin tasarlanması ve öncelik kurallarının belirlenmesinde yapay sinir ağlarının kullanılması
Başlık çevirisi yok
TARIK ÇAKAR
Doktora
Türkçe
1997
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik Üniversitesiİşletme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYHAN TORAMAN
- Rehabilitation of building structures with soft story irregularity via optimal viscous damper distribution
Yumuşak kat düzensizliği bulunan yapıların optimal viskoz sönümleyici dağılımı ile rehabilitasyonu
ARCAN KÖROĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
İnşaat MühendisliğiHacettepe Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BAKİ ÖZTÜRK
PROF. DR. ERSİN AYDIN
- A scatter search approach for protein folding problem in 2-d HP-model
İki boyutlu HP-model'inde protein katlanma problemine dağınık arama yaklaşımı
SİBEL BİLGE SONUÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Endüstri ve Endüstri MühendisliğiKoç ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. CEYDA OĞUZ
- Hipersezgisel yöntemlerle lojistik ağ tasarımı ve optimizasyon
Logistic network design and optimization using hyperheuristic methods
VURAL EROL
Doktora
Türkçe
2017
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT BASKAK
PROF. DR. GÜLGÜN KAYAKUTLU
- Verex: yapay zeka yaklaşımına dayalı bir tıbbi teşhis programı
Verex: a medical diagnosis program based on artificial itelligence approach (VERtigo EXpert)
MURAT HANEF
Yüksek Lisans
Türkçe
1991
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiDOÇ.DR. MEHMET KORÜREK