DNA biyosensörü tasarımında enzimle işaretleme yöntemlerinin kullanılması
DNA biosensor design by using enzyme labeling methods
- Tez No: 351967
- Danışmanlar: PROF. DR. ELİF ERHAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Çevre Mühendisliği, Biotechnology, Environmental Engineering
- Anahtar Kelimeler: DNA, biyosensörler, çevresel izleme, elektrokimyasal DNA biyosensörü, oligonükleotid prob tasarımı, DNA, biosensors, environmental monitoring, electrochemical DNA biosensors, oligonucleotide prob design
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tez kapsamında özellikle Çevre Mühendisliği açısından önemli türlerin doğru ve hızlı bir şekilde tespitinde kullanılabilecek elektrokimyasal DNA biyosensörü uygulamalarına yönelik bir çalışma gerçekleştirilmiştir. Elektrokimyasal DNA biyosensörü problarının tasarımında ilk kez termodinamik bir yaklaşım uygulanmıştır. Termodinamik yaklaşımla tasarlanan probların uygulamada seçilen ölçüm tekniği ile uyumluluğu araştırılmıştır. Bu çalışma kapsamında, seçilen ölçüm yöntemi streptavidin/biyotin etkileşimine dayalı enzimle işaretleme yöntemidir. Ölçüm sonuçları probların tasarım kriterleriyle birlikte değerlendirilmiş, ayrıca etkili olacak diğer önemli parametreler araştırılmıştır. Probların tasarımında FISH tekniği için geliştirilen termodinamik modelin öngördüğü serbest enerji aralığı dikkate alınmıştır. Elde edilen sonuçlar, rastgele (random) seçilmiş dizilerden oluşan probların kullanıldığı DNA biyosensörü ile karşılaştırılmıştır. Ayrıca termodinamik yaklaşımla tasarlanan probların seçiciliği FISH yöntemi ile test edilmiştir. Tezin nihai amacı, elde edilen sonuçların elektrokimyasal biyosensörler için hibridizasyon verimini önceden tahmin etmeye yönelik termodinamik modellerin geliştirilmesine yol açmaktır.
Özet (Çeviri)
In this thesis, electrochemical DNA biosensor that can be used for rapid and accurate detection of species, especially important for Environmental Engineering, is evaluated. It is the first time that a thermodynamic approach has been used for designing electrochemical DNA biosensor probes. The compatibility of probes that are designed by thermodynamic approaches with measurement techniques has been investigated. In this study, enzyme labeling method based on streptavidin/biotin interaction has been selected as a measurement approach. Experimental results have been evaluated with design criterias and other effective parameters have been investigated. While designing the probes, the free energy range, that is predicted by the thermodynamic model of the developed for FISH technique, is considered. The results have been compared with a DNA biosensor that consists of randomly selected sequences of probes. Furthermore, the selectivity of the probes that are designed by thermodynamic approach has been tested using the FISH method. The main goal of this thesis is to developed thermodynamic models that can be used to predict hybridisation efficiency of electrochemical biosensors.
Benzer Tezler
- DNA'da meydana gelen bazı mutasyonların ve hibridizasyonun tayinine yönelik elektrokimyasal DNA biyosensörlerinin tasarımı
The design of elekctrochemical DNA biosensors for the detection of some DNA mutations and hybridisation
DİLŞAT ÖZKAN ARIKSOYSAL
- Nano-biotechnological application of inorganic binding proteins
İnorganiklere özgün bağlanan peptidlerin nano-biyoteknolojik uygulamalari
SİBEL ÇETİNEL
- Frequency-domain modeling and optimization of graphene FET-based molecular communication receivers
Grafen FET tabanlı moleküler haberleşme alıcılarının frekans-bölgesi modellemesi ve optimizasyonu
ALİ ABDALİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Koç ÜniversitesiElektrik ve Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- GDO tespitine yönelik DNA-inorganik hibrit temelli nanomalzemelerin sinyal platformu olarak geliştirilmesi, modellenmesi ve optimizasyonu
Development, modeling and optimization of DNA-inorganic hybrid based nanomaterials as signal platform for GMO detection
AYŞENUR YARDIM
- İnfluenza A virüsünün tanısına yönelik elektrokimyasal DNA biyosensör tasarımı
Design of electrochemical DNA biosensor for the detection of influenza A virus
BUKET MERİÇ
