Yönlendirilmiş mutagenez ile karbonik anhidraz 9 promotorunun fonksiyonel analizi
Carbonic anhydrases 9 promotor functional analysis by site-directed mutagenesis
- Tez No: 352056
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. HATİCE YILDIRIM, PROF. DR. FERAY KÖÇKAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Balıkesir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 101
Özet
Karbonik anhidrazlar hayvanlardan, fotosentetik canlılara kadar neredeyse tüm canlı hücrelerde bulunan metaloenzimlerdir. CA9 proteinin ekspresyonu tümör hücrelerinin pH düzenlenmesinde rol alarak hücrelerin mikroçevrelerine adaptasyonunu sağlar. Yüksek seviyedeki ekspresyonu ile katı tümörlerde biyobelirteç olarak kullanılmaktadır. Hipoksik koşullar tümör hücrelerinin metastatik ve anjiyogenesis özelliğini kazanmasında rol oynamaktadır. CA9 ve hipoksik koşulların ilişkisi ile ilgili çok sayıda çalışma bulunmaktadır. Çalışmamızda hipoksik koşullarda CA9'un regülasyounda önemli olan ve genin promotorunda bulunan HRE bölgesi mutasyona uğratılmıştır. Transfeksiyon analizleri ile mutasyona uğratılan CA9 geninin regülasyonu özellikle hipoksik koşullarda incelenmiştir. Ayrıca tüm çalışmalar normal oksijen şartları altında da yapılmıştır. Normal oksijen seviyesinde ve hipoksik şartlarda HRE mutant olan CA9 promotorunun aktivitesinin düştüğü gözlemlenmiştir. Aynı zamanda çalışmamızın ikinci kısmında, TGF-ß sitokininin CA9 ekspresyon seviyesine etkileri hem hipoksik hem de normoksik koşullarda analiz edildi. Hem RNA hem de protein seviyesinde TGF-ß sitokini uygulanan gruplarda CA9 ekspresyonunun hipoksik şartlarda arttığı gözlemlendi. TGF-ß sitokinin etkisinin aydınlatılması ve sinyal yolağının belirlenmesi amacıyla da RNA ve protein seviyesinde yapılan analizler sonucunda MEK ve PI3K yolaklarının etkili olabileceği gösterildi. ANAHTAR KELİMELER: ANAHTAR KELİMELER: CA9, Hipoksiya CA9, Hipoksiya, HRE, Mutasyon , HRE, mutasyon
Özet (Çeviri)
Carbonic anhydrases is that in animals to photosynthetic organisms that in almost all cells in the metaloenzyme. CA9 the expression of the protein in tumor cells pH taking on a role in the regulation of cell microenvironment adaptation. This level of expression by taking advantage of solid tumors and are used as a biomarker. Hipoxic conditions of formation of metastatic tumor cells and anjiyogenesis to acquire a property plays an important role. CA9 and hypoxic conditions, the relationship is not perfectly in molecular terms. In this context, the study CA9's promoter located in the region of HRE, we have identified mutations and transgression. Transfection analysis is CA9 functional factor in both the normal level of oxygen and under the terms of hypoxic environment, to investigate the activity. Normal oxygen level, and hypoxic conditions mutant in which HRE CA9 promototer activity we have observed a decrease. At the same time, in the second part of our study, TGF-heterozygote cytokinin-CA9 the level of expression of the influence of hypoxic both normoksik conditions were analyzed. Both the RNA and the protein level of TGF-heterozygote sitokini applied to groups CA9 the expression of hypoxic conditions, the increase was observed. TGF-heterozygote cytokine effects and the elucidation of the signal pathway in order to determine the RNA and protein level in the result of the analysis of the MEK, and PI3K effective pathways can be shown. KEYWORDS: CA9, Hypoxia, HRE, mutation
Benzer Tezler
- Yönlendirilmiş mutagenez ile mutant HCAII geninin eldesi ve mutant proteinlerin inhibitörlere karşı ilgisinin araştırılması
Construction of mutant HCAII genes by site directed mutagenesis and investigation of affinity of these mutant proteins against some inhibitors
SÜMEYYE AYDOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FERAY KÖÇKAR
PROF. DR. OKTAY ARSLAN
- İnsan karbonik anhidraz ıı enziminin (hCA II) klonlanması, E. coli'de ekspresyonu, karakterizasyonu, yönlendirilmiş mutagenez ile mutant hCA II genlerinin eldesi ve mutant proteinlerin inhibitörlere karşı ilgisinin araştırılması
Cloning, expression in E. coli, characterization of human carbonic anhydrase ii (hCA II) enzyme, production of mutant hCA II genes by site directed mutagenesis and investigation of affinity of mutant proteins to inhibitors
DERYANUR KILIÇ
- İnsan karbonik anhidraz I (HCA I)geninin klonlanması, E.coli'de ekspresyonu ve Phe91Asn yönlendirilmiş mutageneziyle elde edilen mutant enzimin inhibitörlere karşı ilgisinin araştırılması
Cloning and expression of human carbonic anhydrase I(HCA I)gene in E.coli and investigation of affinity of the mutant enzyme to the inhibitors which is obtained site directed mutagenesis of Phe91Asn
MELTEM AYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. FERAY KÖÇKAR
PROF.DR. OKTAY ARSLAN
- Increasing the substrate specificity of geobacillus stearothermophilus LDH by using iterative saturation mutagenesis
Tekrarlamalı doygunluk mutagenez yöntemi ile geobacıllus stearothermophılus LDH'ın substrat özgüllüğünün artırılması
AŞKIN SEVİNÇ ASLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NEVİN GÜL-KARAGÜLER
- Gen kontrol bölgelerinde yönlendirilmiş mutagenez ile yapılacak değişikliklerin ekspresyon üzerine etkilerinin penisilin asilaz (PA) modelinde incelenmesi ve ilgili klonda ekspresyonun gerçekleştiği promotorun belirlenmesi
The investigation of the effects of the modifications introduced by site-directed mutagenesis on the gene kontrol region on the penicillin acylase (PA) model system and determination of the promotor from which gene expression directed
SALİHA İŞSEVER ÖZTÜRK