Molecular characterization of Salmonella isolates from animals and various foods
Gıda ve hayvanlardaki Salmonella izolat çeşitliliğinin moleküler düzeyde belirlenmesi
- Tez No: 355290
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SOYER, PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Genetics, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Salmonella, MLST, serotiplendirme, alt tiplendirme, çeşitlilik, Salmonella, MLST, serotyping, subtyping, diversity
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 205
Özet
Gram-negatif bir hayvan ve insan patojeni olan Salmonella, tarladan çatala tüketim zincirindeki varlığıyla, kamu sağlığına karşı önemli bir tehdit yaratmaktadır. Özellikle, değişen seviyelerdeki hastalık yapabilme yetisi ve konakçı ilişkisiyle, yaklaşık 2500 Salmonella serotipinin % 60'ını kapsayan Salmonella enterica subsp. enterica alt türü memelilerde hastalıklara sebep olmaktadır. Tüketici güvenliğinin sağlanabilmesi için, bu zararlı patojenin tarladan çatala zincirden uzaklaştırılması bir zorunluluktur. Bu amaca da Salmonella çeşitliliğini kapsamlı olarak inceleyen araştırmalar yapılması ile ulaşılabilir. Bu çalışmanın amacı genotipik ve fenotipik yöntemler yardımıyla kanatlı hayvanlar, sığır ve çeşitli gıda kaynaklarındaki Salmonella çeşitliliği üzerinde daha kapsamlı bilgiye sahip olmaktır. Bunun için de, ilk olarak, klasik kültür yöntemleri ile, bahsedilen kaynaklardaki Salmonella varlığı araştırılmış ve şüpheli koloniler Salmonella spesifik invA geninin polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile Salmonella olarak doğrulanmıştır. Çalışma süresince, pilot bölge olan Şanlıurfa'da, 1 yıl süreliğine 4 mevsimde, en az 50 gıda kaynaklı ve 50 hayvan kaynaklı Salmonella izolatı toplanması hedeflenmiştir. Daha sonra, doğrulanmış kolonilerin analizi 1 fenotipik ve 1 genotipik yöntem ile yapılmıştır. Fenotipik analiz için, klasik serotiplendirme yöntemi kullanılmıştır. Genotipik analiz içinse, alt tipler arasında yüksek ayrım gücü ve geniş filogenetik analiz sağlayan, multi lokus sekans tiplendirme (MLST) yöntemi kullanılmıştır. Bu yöntem University College Cork tarafından dizayn edilen 7 genli (aroC, dnaN, hemD, hisD, purE, sucA and thrA) MLST şemasına göre uygulanmıştır. Analiz sonrasında, toplanan izolatların filogenetik ağaçlarının inşası içinse çeşitli biyoinformatik programlar kullanılmıştır. Bu çalışma sonucunda, 192 gıda örneğinden ve 355 hayvan dışkısı örneğinden, 59 gıda kökenli ve 53 hayvan kökenli izolat elde edilmiştir. Gıda örneklerinin % 30.1'i ve hayvan örneklerinin % 14.9'u Salmonella pozitif çıkmıştır. Ayrıca, gıda örneklerinde MLST ve serotiplendirmenin eşit düzeyde ayrıştırma gücü varken, hayvan örneklerinde MLST bazı serotipler için, serotip içi ayrıştırma sağlamıştır. Öte yandan, her iki alt tiplendirme metodu da bazı alt tipler ve bunların kaynakları arasında muhtemel bir ilişkiye işaret etmektedir. Bu çalışmadaki MLST metoduyla tespit edilip daha önceden tanımlanmamış 4 adet sekans tipine ek olarak, Telaviv (ST 1068) alt tipi bu çalışmadaki hayvan ve gıda örneklerindeki yüksek bulunulurluğu ve diğer bilimsel literatür ve sürveyans çalışmalarında az söz edilişinden dolayı, dikkate değer bulunmaktadır. Sonuç olarak, genotip bazlı MLST ve fenotip bazlı serotiplendirme yöntemlerinin gücünü birleştirerek, bu çalışma bizlere pilot bölgedeki kendine özgü Salmonella çeşitliliğine dair bir ipucu vermektedir. Fenotip ve genotip bazlı yaklaşımların eş zamanlı olarak kullanıldığı Türkiye'de öncü bir çalışma olmasına ek olarak, bu araştırma ve sonuçları halka açık yeni kurulmuş bir patojen bankasının yürütülmesi ve ileriki salgın araştırmaları için yararlı bilgiler sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Salmonella, which is a Gram-negative human and animal pathogen, poses a significant threat to public health with its existence and survival in the farm to fork chain. Of the greater importance, Salmonella enterica subsp. enterica, which covers 60 % of nearly 2500 Salmonella serotypes, causes diseases in mammals with varying host affiliations and pathogenity levels. In order that consumer safety can be assured, elimination of this harmful pathogen from the farm to fork chain is a must, thereby bringing the importance of the comprehensive investigations of the diversity of Salmonella pathogen. The objective of this research is to use genotypic and phenotypic methods to have a better understanding on the Salmonella diversity by analyzing samples from animals and various foods. Thus, for this aim, firstly, samples were collected from street food and also animal clinical cases. The final goal was to gain 50 food Salmonella isolates and 50 Salmonella animal isolates, at least, during four seasons of a year in the pilot region, Şanlıurfa. Presence of Salmonella suspected colonies was investigated through conventional methods. Then, suspected colonies were confirmed as Salmonella by using polymerase chain reaction (PCR) of Salmonella specific gene, invA. Following this, confirmed colonies were analyzed by phenotypic and genotypic methods. For the phenotypic analysis, a classical method, serotyping, was used. Moreover, for the genotypic analysis part, multi locus sequence typing (MLST), one of the most preferred genotype-based methods, providing both a high discriminatory power among subtypes and an extensive phylogenetic analysis, was utilized according to seven gene MLST (aroC, dnaN, hemD, hisD, purE, sucA and thrA) scheme designed by University College Cork. Then, phylogenetic trees of the collected isolates were constructed by using bioinformatics software. As a result of the study, 59 food-origin and 53 animal-origin isolates were recovered from 192 food samples and 355 animal fecal samples, which mean that 30.1 % of food samples and 14.9 % animal samples were Salmonella-positive. Furthermore, while MLST and serotyping had congruent discriminatory power in food isolates, MLST provided intra-serotype discrimination within several serotypes in animal isolates. On the other hand, results of both subtyping methods indicate a possible affiliation between several subtypes and their source. Moreover, in addition to 4 previously unidentified sequence types that were discovered by MLST in this study, subtype Telaviv (ST 1068) is noteworthy owing to its high prevalence in food and animal samples in this study and its large absence in the scientific literature and other surveillance studies. In conclusion, combining the power of genotype-based MLST and phenotype-based serotyping, this study provided us a clue about the unique Salmonella diversity in the pilot region. In addition to being a pioneer surveillance study in Turkey where genotypic and phenotypic approaches are utilized together, results of this study are useful in the maintenance of a new publicly available pathogen database as well as in further outbreak investigations.
Benzer Tezler
- Çiğ tavuk ürünlerinden izole edilen Salmonella spp. suşlarının moleküler karakterizasyonu ve antimikrobiyal direncinin belirlenmesi
Determination of antimicrobial resistance and molecular characterization of Salmonella spp. isolated from raw poultry products
PINAR CAVA
Doktora
Türkçe
2024
Besin Hijyeni ve Teknolojisiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaBesin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TOLGA KAHRAMAN
PROF. DR. AHMET KOLUMAN
- Subtyping of Salmonella isolated from human clinical and animal non-clinical cases, as well as different food samples using pulsed field gel electrophoresis (PFGE)
Klinik insan vakaları, klinik olmayan hayvan vakaları ve farklı gıdalardaki Salmonella çeşitliliğinin vuruşlu alan jel elektroforezi (PFGE) kullanılarak moleküler düzeyde belirlenmesi
ECE BULUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SOYER
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Elazığ ve civarındaki tavuklardan izole edilen salmonella etkenlerinin moleküler karakterizasyonu ve antibiyotik direnci
Molecular characterisation and antimicrobial resistance of salmonella species isolated from chickens in elazig and surrounding area
AYDOĞAN ARKALI
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
MikrobiyolojiFırat ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURHAN ÇETİNKAYA
- Molecular characterization of multi-drug resistant salmonella isolates in Turkey
Türkiye'deki çoklu antibiyotik dirençliliği gösteren salmonella izolatlarının moleküler karakterizasyonu
KUTLU GÖKSU ELPEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2001
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
DOÇ. DR. CANDAN GÜRAKAN
- Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis'in fenotipik ve moleküler yöntemlerle karakterizasyonu
Phenetic and molecular methods for characterization of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis
SÜMEYRA ACAR