Subtyping of Salmonella isolated from human clinical and animal non-clinical cases, as well as different food samples using pulsed field gel electrophoresis (PFGE)
Klinik insan vakaları, klinik olmayan hayvan vakaları ve farklı gıdalardaki Salmonella çeşitliliğinin vuruşlu alan jel elektroforezi (PFGE) kullanılarak moleküler düzeyde belirlenmesi
- Tez No: 368858
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SOYER, PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Genetics, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 200
Özet
Salmonella, dünya genelinde gıda kaynaklı hastalık yapan etmenler arasında en fazla bildirilen patojendir. Güvenli gıdalar sağlanabilmesi için,“tarladan çatala”gıda zincirinde gözetim ve kontrol sistemleri kullanılmalıdır. Geliştirilmiş çok sayıda tiplendirme yöntemi, salmonellosis salgınlarını ortaya çıkarma gücünü arttırmış ve tarladan çatala gıda zincirinde bulunan kontamine kaynakların tespitine olanak sağlamıştır. Salmonella enfeksiyonlarının epidemiyolojisi, genetiği ve ekolojisi hakkında edinilen bilgiler hastalıklardan korunma ve düzenleme tekniklerini kolaylaştırmaktadır; bu bilgilerin sağlanması tiplendirme metodlarına bağlı sayılabilir. Bu çalışmada, Şanlıurfa yöresinden izole edilen 59 gıda kaynaklı, 53 hayvan kaynaklı izolatı ve klinik insan vakalarından elde edilen 50 adet izolatı tanımlamak fenotipik alt tiplendirme yöntemi olan serotiplendirme ile günümüzde“altın standart”moleküler alt tiplendirme yöntemi olarak kabul edilen vuruşlu-alan jel elektroforezi (PFGE) için kullanılmıştır. Salmonella, gıda kaynakları içerisinde en çok tavuk eti ve sığır sakatatında (% 58.3) rastlanmış, hayvan dışkılarında ise Salmonella pozitif örneklerin yaygınlığı kaynaklara göre farklılık göstermiştir. Paratyphi B, klinik insan izolatlarında en fazla bulunan serovar olarak belirlenmiştir. Enteritidis, Typhimurium ve Kentucky serovarları ise her üç kaynaktan da elde edilmiştir. Hayvan dışkı örnekleri her iki alt tiplendirme yöntemi için de en fazla çeşitliliği göstermiş; subsp. enterica'ya ait 13 serovar ile birlikte subsp. diarizonae ve subsp. salamae ile temsil edilmiş; bunu yanında 28 PFGE tipine ayrılmışlardır. PFGE'nin (SID; 0.977) izolatları farklı tiplere ayırma gücünün serotiplendirmeye (SID: 0.915) kıyasla daha fazla olduğu görülmüş; en çok çeşitlilik 8 PFGE tipiyle serovar Montevideo'da gözlenmiştir. Sonuçlar halka açık bir databankaya yüklenmiştir (Pathogen Detector: pathogendetector-metu.rhcloud.com); bu şekilde elde edilen bilgiler Türkiye adına tarladan çatala gıda zincirinin araştırılmasına yararlı olmuş ve aynı zamanda Türkiye'deki Salmonella evrimi, ekolojisi ve aktarımı için önemli bilgiler sunmuştur. Bu çalışma, bilgimiz dahilinde Türkiye'deki tarladan çatala zincirdeki Salmonella çeşitliliğini aynı zaman diliminde ve aynı yer için raporlayan ilk çalışmadır.
Özet (Çeviri)
Salmonella is one of the most reported pathogens in foodborne outbreaks worldwide. In order to ensure safety of foods, farm-to-fork surveillance and control systems must be utilized. Development of numerous typing methods have improved the ability to detect salmonellosis outbreaks, enabling to trace the contaminated source from farm to fork. Facilitating prevention and regulation of techniques, knowledge of the epidemiology, genetics and ecology of Salmonella infections depend on the information provided by typing methods. In this study a phenotypic subtyping method, serotyping, and the current“gold standard”molecular subtyping method for bacterial pathogens, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) was used for characterization of 59 isolates of food origin, 53 isolates of animal origin and 50 clinical human isolates collected from Şanlıurfa region. Salmonella was prevalent mostly in chicken and offal samples (58.3 %), while Salmonella isolates from positive samples were much diverse in animal feces. Paratyphi B was the main serovar recorded for clinical human isolates; serovars Enteritidis, Typhimurium and Kentucky were recovered from all three sources. Having the most diversity from both typing methods, 53 animal isolates were represented by 13 subsp. enterica serovars and subspecies diarizonae and salamae; moreover, 28 PFGE types were observed. For all isolates, PFGE (SID: 0.975) represented a higher discriminatory power with respect to serotyping (SID: 0.915); serovar Montevideo had the most variation with 8 different PFGE types. The results were uploaded to a publicly available databanks (Food Microbe Tracker: http://www.foodmicrobetracker.com/login/login.aspx and Pathogen Detector: pathogendetector-metu.rhcloud.com); therefore, the information could be useful for investigations on farm-to fork chain, as well as for evolution, ecology and transmission of Salmonella in Turkey. From our knowledge, this is the first study reporting Salmonella diversity through farm to fork chain in the same period of time and at the same location in Turkey.
Benzer Tezler
- Molecular characterization of Salmonella isolates from animals and various foods
Gıda ve hayvanlardaki Salmonella izolat çeşitliliğinin moleküler düzeyde belirlenmesi
BORA DURUL
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SOYER
PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
- Şanlıurfa ilindeki Salmonella enterica subsp. enterica sürveyans çalışması
Salmonella enterica subsp. enterica sürveyans study in Şanlıurfa city
İLHAN ÜNER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
MikrobiyolojiHarran ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FADİLE YILDIZ ZEYREK
- Isolation and characterization of Salmonella bacteriophages
Salmonella bakteriyofajlarının izolasyonu ve karakterizasyonu
AYSU DENİZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YEŞİM SOYER
- Risk analytical aspects of the transfer through foods of Campylobacter in various geographical areas
Başlık çevirisi yok
BURCU İREM OMURTAG
Doktora
İngilizce
2012
Gıda MühendisliğiUniversity of Veterinary Medicine ViennaPROF. DR. FRANS J. M. SMULDERS
- Surveillance study of Salmonella in fresh peppers (Capsicum annuum L.) and inactivation by high hydrostatic pressure treatment
Taze biberlerde (Capsicum annuum L.) Salmonella araştırılması ve yüksek hidrostatik basınç ile inaktivasyonu
ÖZLEM GÖZDE POLAT KILIÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAMİ ALPAS
YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SOYER