Phenotypic and molecular identification of escherichia coli isolates from various poultry with their antibiotic susceptibility patterns
Çeşitli kümes hayvanlarından elde edilen escherichia coli izolatlarının fenotipik ve moleküler identikasyonu ile antibiyotik duyarlılık profilleri
- Tez No: 360953
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EMEL BANU BÜYÜKÜNAL BAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Biology, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Escherichia coli, PCR, Antibiotic sensetivity test, poultry, ESBL, Chromagar
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 76
Özet
İnsan klinik izolatlarında artan antibiyotik direnci global düzeydedir. Bu bağlamda, kümes hayvanlarında var olan antibiyotik dirençli bakterilerin besin zinciri yoluyla insanlara geçişi önemli olabilmektedir. Bu çalışmada, E. coli indikatör bir organizma olarak seçilerek, hayvanlardaki antibiyotik dirençli bakterilerin risk durumu incelenmiştir. Bu amaçla Kahramanmaraştaki bıldırcın ve tavuklara ait toplam 42 cloacae örneği E. coli izolasyonu için kullanılmıştır. Fenotipik identikasyon standart biyokimyasal testlere dayalı olarak yapılmıştır. Fenotipik identifikasyon E. coli spesifik Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) primerleri test edilmiştir. Son olarak, izolatların antibiyotik direnç profilleri çoğunluğu çeşitli β-lactam ve kinolonlardan oluşan (amoxicillin-clavulanic acid, piperacillin-tazobactam, ceftazidime, cefotaxime, ceftriaxone, cefpodoxime, aztreonam, ciprofloxacin, amikacin, ertapenem, imipenem, meropenem, trimethoprim-sulfamethoxazole) 13 adet antibiyotik için belirlenmiştir. Ayrıca, Genişlemiş Spekturumlu Beta-Lectomax (GSBL) üreten organizmalar double-disk synergy test (DDST) ile saptanmıştır. Sonuç olarak, 71 E. coli izolatı kümes hayvanlarına ait örneklerden fenotipik olarak identifiye edilmiştir. E. coli spesifik PCR primerleri ile iki kez yapılan PCR amplifikasyonları sonucunda 41 (58%) izolatın identikasyonu E. coli olarak doğrulanmıştır. Buna ilavaten, izolatların tümünün çalışılan antiyotiklerin çoğuna hassas olduğu bulunmuştur. Dirençli izolatlar sadece dört antibiyotik için tespit edilmiştir (ciprofloxacin, ertapenem, imipenem, meropenem). Bu antibiyotiklerden ciprofloxacin direnci en yüksek düzeyde (5.6%) iken, diğerleri için düşük düzeyde ve aynı oranda (1.1%) direnç saptanmıştır. DDST ile GSBL-üreten organizmanın hiç saptanmamış olması Kahramanmaraştaki kümes hayvanlarında GSBL-üreten organizmaların düşük prevalansa sahip olduğunu göstermektedir. Anahtar Kelimeler : Escherichia Coli , antibiyotik duyarlılık testi , kümes hayvanları , GSBL , Chromegar.
Özet (Çeviri)
Increasing rate of the antibiotic resistance among clinical human isolates is global concern. In this regard, poultry possessing resistant bacteria might be important reservoir for transmission of those bacteria to humans via food chain. In this study, E. coli was selected as an indicator organism in order to assess the risk status antibiotic resistant bacteria in animals. For this purpose, a total of 45 cloacae samples from quails and chicken in Kahramanmaraş were used for the isolation of E. coli. Identification was performed based on standard biochemical tests. Phenotypic identification was also tested by E. coli specific primers. Finally, their antibiotic resistance patterns were determined for thirteen antibiotics, which majority belongs to various β-lactams and quinolones (amoxicillin-clavulanic acid, piperacillin-tazobactam, ceftazidime, cefotaxime, ceftriaxone, cefpodoxime, aztreonam, ciprofloxacin, amikacin, ertapenem, imipenem, meropenem, trimethoprim-sulfamethoxazole). Extended spectrum Beta Lactemase (ESBL)-producing organisms were also detected with double-disc synergy test (DDST). As a result, E. coli isolates (n=71) were phenotypically identified from poultry samples. Based on the results of two rounds of PCR amplifications with E. coli specific PCR primers, 41(58%) isolates were confirmed as E. coli. In addition, all isolates were susceptible to most of the antibiotics studied. Resistant isolates were only observed for four antibiotics (ciprofloxacin, ertapenem, imipenem, meropenem). Among those antibiotics, ciprofloxacin resistance was highest 5.6%, resistances to rest of them were low and occurred at the same level (1.1%). No ESBL producing organism was detected after DDST indicating that low prevalence of ESBL-producing isolates from poultry in Kahramanmaras.
Benzer Tezler
- Sinop ilinde satışa sunulan gıdalardan izole edilen bakterilerin antibiyotik direnç genlerinin belirlenmesi
Detection of antibiotic resistance genes of isolated bacteria from foods offered for sale in the sinop province
SEYHAN CİVEK
- Karbapenem dirençli izolatlarda (Klebsiella SPP., Escherichia coli) hızlı karbapenemaz tespit yöntemi (The rapid carbapenemase detection method, rCDM) ile karbapenemaz üretiminin fenotipik olarak saptanması
Phenotypical detection of carbapenemase production by the rapid carbapenemase detection method (rCDM) in carbapenem resistant isolates (klebsiella SPP., escherichia coli)
ŞEYMA ÇALIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEBAHAT AKSARAY
UZMAN NİLGÜN KANSAK
- Genişlemiş spektrumlu beta-laktamsız (GSBL) üreten hastane kaynaklı escherichia coli suşlarında antibiyotik direnciyle ilgili plazmid analizleri
Antibiotic resistance related plasmid profile analysis of hospital acquired extended spectrum beta lactamase (ESBL) producing escherichia coli strains
ÖZLEM ÜNALDI
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
MikrobiyolojiGazi ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. MELTEM YALINAY ÇIRAK
- Gıda patojenleri için dijital PCR ile hızlı tespit yöntemlerinin geliştirilmesi
Development of rapid detection methods for food pathogens using digital PCR
YELİZ YÜCEL ÖZ
Doktora
Türkçe
2023
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN KARATAŞ
- Hayvansal orijinli escherichia coli izolatlarının filogruplarının belirlenmesi ve virulens genlerinin analizi
Determination of phylogroups of escherichia coli isolates of animal origin and analysis of virulence genes
EMRE KARAKAYA
Doktora
Türkçe
2021
Veteriner HekimliğiErciyes ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FUAT AYDIN