Geri Dön

Sinop ilinde satışa sunulan gıdalardan izole edilen bakterilerin antibiyotik direnç genlerinin belirlenmesi

Detection of antibiotic resistance genes of isolated bacteria from foods offered for sale in the sinop province

PDF İndir

  1. Tez No: 409909
  2. Yazar: SEYHAN CİVEK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. İSMET BERBER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sinop Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 135

Özet

İnsan ve hayvanlarda antimikrobiyallerin yaygın ve yanlış kullanımı dirençli bakteriyal populasyonların seçilimine neden olmaktadır. Bu çalışmada, Sinop ilinden toplanan çeşitli hayvansal gıdalardan izole edilen 38 adet yerel ve 1 referans Escherichia coli, 12 adet yerel ve 1 referans Bacillus cereus, 14 adet Listeria spp. ve 16 adet Salmonella spp. suşlarının fenotipik ve genotipik özellikleri, antibiyotik duyarlılıkları, antibiyotik direnç genleri, SDS-PAGE toplam hücre protein ve plazmid DNA profilleri belirlendi. Ayrıca, E. coli'de eae ve stx1 virülans genlerinin varlığı araştırılmıştır. Çalışmada izole edilen E. coli suşlarının tümünün novobiyosin, vankomisin ve penisiline (%100), tetrasikline (%58,97), seftazidime (%17,95), polimiksin B (%10,26), ampisilin/sulbaktama (%30,77), streptomisine (%35,90), piperasilin/tazobaktama (%7,69), sefotaksime (%11), kloramfenikole (%15,38) ve gentamisine (%30,77) dirençli oldukları belirlenmiştir. B. cereus suşlarının tetrasiklin ve sefepime (%100), penisiline (%92,31), rifampisine (%84,62), novobiyosine (%76,92) ve siprofloksasine (%7,69) dirençli oldukları saptanmıştır. Listeria suşlarının oksasilin ve klindamisine (%100), amikasin ve siprofloksasine (%57,14), eritromisin, rifampisin, gentamisin ve amoksisiline (%42,86), penisilin ve tetrasikline (%35,71), vankomisin ve kloramfenikole (%28,57), ampisilin/sulbaktama (%21,43) dirençli oldukları görülmüştür. Son olarak, Salmonella suşları klindamisin, tetrasiklin, rifampisin, vankomisin ve penisilin G antibiyotiklerine (%100), gentamisin, imipenem ve kloramfenikole (%6,25), ampisilin/sulbaktama (%21,43) ve amikasine (%25) dirençli oldukları bulunmuştur. Antibiyotik direncinden sorumlu olan genler (tetA, blaCMY-2, cat1) PCR yöntemiyle belirlenmiştir. Buna göre antibiyotik direnç genleri izole edilen suşlarda; tetA %45, blaCMY-2 %21,25 ve cat1 %6,25 olarak tespit edilmiştir. Ayrıca izole edilen E. coli suşlarında virülans genleri; eae %13,16 olarak belirlenirken stx1 hiçbir suşta tespit edilememiştir. SDS-PAGE toplam hücre protein profilleri esas alınarak yapılan nümerik analizi, E. coli, B. cereus, Listeria ve Salmonella suşlarının benzerlik düzeyinin sırasıyla %68, %83, %76, %78 ve üzerinde iki büyük gruba ayrıldığını ortaya koymuştur. Plazmid DNA analiz sonuçları; E. coli'de 19.500-977,530 bp arasında, B. cereus'ta 10.875-1.761 bp arasında, Listeria spp.'de 20.476-934,424 bp arasında, Salmonella spp.'de 16.364-1.138 bp arasında değişen farklı plazmidlerin varlığını göstermiştir. Araştırmada izole edilen 38 E. coli, 12 B. cereus, 14 Listeria ve 16 Salmonella suşları Enterobacterial Repetitive İntergenic Consensus (ERIC-PCR) ve (GTG)5-PCR teknikleri kullanılarak elde edilen bantların UPGMA yöntemine göre nümerik analizleri yapılmıştır. ERIC1/ERIC2 primeri kullanılarak oluşturulan dendrogram, bant üreten toplam 27 E. coli, 13 B. cereus, 14 Listeria ve 16 Salmonella suşunda benzerlik düzeylerinin sırasıyla %52, %61, %55, %53 ve üzerinde 2 major gruba ayrıldığını göstermiştir. (GTG)5 primeri için ise 31 E. coli, 13 B. cereus, 14 Listeria ve 12 Salmonella suşunun sırasıyla %36, %70, %54, %59 ve üzerinde 2 major gruba ayrıldığı saptanmıştır. Sonuç olarak, SDS-PAGE tekniğinin tür düzeyinde ayrımı sağlayabileceği, fakat tür altı düzeyindeki araştırmalar için ERIC ve (GTG)5-PCR tekniklerinin daha uygun olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, çoklu ilaç dirençliliğine ve virülans genlere sahip izolatların hızlı tespit edilmesinde moleküler tekniklerin yardımcı olabileceğini önerebiliriz. Sonuçta, mikrobiyal enfeksiyonların; yeterince dondurma, pişirme ve uygun depolama ile önlenebileceğini ve ayrıca bakterilerden dolayı gerçekleşecek kontaminasyonlar ile ekonomik kayıpların ve halk sağlığında risklerin ortaya çıkmasına neden olacak besin kalitesindeki düşüşlerin görülebileceğini söylememiz mümkündür.

Özet (Çeviri)

Widespread and incorrect use of antimicrobials in humans and animals leads to the selection of resistant bacteria populations. In this study was determined genotypic and phenotypic characteristics of the strains, antibiotic susceptibility, antibiotic resistance genes, the SDS-PAGE total cell protein and plasmid DNA profiles of the 38 native and 1 reference Escherichia coli, the 12 native and 1 reference Bacillus cereus, the 14 Listeria spp. and the 16 Salmonella spp. isolated from various animal foods in Sinop province. In addition, the presence of eae and stx1 virulence genes in E. coli was investigated. In this study, the E. coli isolates were resistant to novobiocin, vancomycin and penicillin (100%), tetracycline (58.97%), ceftazidime (17.95%), polymyxin B (10.26%), ampicillin/sulbactam (30.77%), streptomycin (35.90%), piperacillin/tazobactam (7.69%), cefotaxime (11%), chloramphenicol (15.38%) and gentamicin (30.77%). The B. cereus isolates were resistant to tetracycline and cefepime (100%), penicillin (%92.31), rifampycine (84.62%), novobiocin (76.92%) and ciprofloxacin (7.69%). The Listeria strains were resistant to oxacillin and clindamycin (100%), amikacin and ciprofloxacin (57.14%), erythromycin, rifampycine, gentamicin and amoxicillin (42.86%), penicillin and tetracycline (35.71%), vancomycin and chloramphenicol (28.57%) and ampicillin/sulbactam (21.43%). Finally, Salmonella strains were resistant to clindamycin, tetracycline, rifampycine, vancomycin and penisillin G (100%), gentamicin, imipenem and chloramphenicol (6.25%), ampicillin/sulbactam (21.43%) and amikacin (25%). The genes that are responsible for antibiotic resistance (tetA, blaCMY-2, cat1) was determined by PCR method, and antibiotic resistance genes for all the strains were determined as tetA 45%, blaCMY-2 21.25% and cat1 6.25%. The virulence genes were also isolated in E. coli strains; the eae gene determined as 13.16%, the stx1 not identified any strains. The numerical analysis of SDS-PAGE whole cell protein profiles revealed that E. coli, B. cereus, Listeria and Salmonella strains were separated to 2 major groups at similarity levels of 68%, 83%, 76% and 78% or above, respectively. The results of plasmid DNA analysis were show the presence of different plasmids in E. coli between 19.500 to 977,530 bp, in B. cereus between 10.875 to 1.761 bp, in Listeria spp. between 20.476 to 934,424 bp. and in Salmonella spp. between 16.364 to 1.138 bp. A numerical analysis of the DNA band profiles obtained by using the ERIC-PCR and (GTG)5-PCR technique of the 38 E. coli, 12 B. cereus, 14 Listeria and 16 Salmonella strains were carried out by using UPGMA method. A dendrogram generated by using ERIC1/ERIC2 primers revealed that 27 E. coli, 13 B. cereus, 14 Listeria and 16 Salmonella strains produced bands divided into 2 major clusters at similarity levels of 52%, 61%, 55% and 53% or above, respectively. In addition, for (GTG)5 primer; the 31 E. coli, 13 B. cereus, 14 Listeria and 12 Salmonella strains were separated to 2 major groups at similarity levels of 36%, 70%, 54% and 59% or above, respectively. As a result, we can say that SDS-PAGE method may provide discrimination at species level; however surveys at subspecies level demand molecular approaches such as ERIC and (GTG)5-PCR. In addition, we can offer that molecular techniques may be especially helpful in the quick identification of multidrug-resistant and isolates with virulence genes. Finally, it is possible to say that microbial infections can be prevented by adequate freezing and cooking and proper storage and in addition, the contamination due to bacteria leads to quality decline of foods that pose a public health risk and economic loss.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    889149

    Samsun ve Sinop illerinde denizde ağ kafeslerde balık yetiştiriciliği yapan işletmelerin yapısal ve biyo-teknik analizi

    Structural and biotechnical analysis of marine net cage fish farming enterprises in Samsun and Sinop provinces

    MURAT ASAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Balıkçılık TeknolojisiOrdu Üniversitesi

    Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU YILMAZ

  2. Tez No

    687587

    Nevşehir Müzesi sikke koleksiyonunda bulunan Kappadokia Krallığı sikkeleri

    Coins of the Cappadocia Kingdom in the Nevşehir Museum collection

    EVİN BİLGE

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    ArkeolojiAnkara Üniversitesi

    Arkeoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP ÇİZMELİ ÖĞÜN

  3. Tez No

    656959

    Anonim ortaklıklar hukukunda pay satış sözleşmeleri ekseninde satıcının beyan ve tekeffülleri

    Representation and warranties of the seller within the scope of share purchase agreements under joint stock companies law

    İSMAİL TÜRKYILMAZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    HukukGalatasaray Üniversitesi

    Özel Hukuk Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TOLGA AYOĞLU

  4. Tez No

    6117

    Ege bölgesinde incirin üretim ve pazarlanması ile bunlara ilişkin sorunlar üzerinde bir araştırma

    Başlık çevirisi yok

    AHMET SAĞDEMİR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1988

    ZiraatEge Üniversitesi

    Tarım Ekonomisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EMİN IŞIKLI

  5. Tez No

    793496

    Sinop ilinde kadınların mutfak güvenliği ve yemek pişirmeye yönelik tercihleri

    In the province of Sinop women's kitchen safety and preferences for cooking

    NADİDE AFRA GENÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Gastronomi ve Mutfak SanatlarıNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Turizm Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YILMAZ SEÇİM

Geri Dön