Çukurova bölgesindeki keratokonus olgularında VSX1 ve LOX genlerinin dizileme yöntemi ile analizi
Sequencing analysis of VSX1 and LOX genes in cases with keratoconus in the Cukurova region
- Tez No: 692149
- Danışmanlar: PROF. DR. MELTEM YAĞMUR
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Göz Hastalıkları, Eye Diseases
- Anahtar Kelimeler: Keratokonus, Yeni nesil dizileme, VSX1, LOX, Keratoconus, Next-generation sequencing, VSX1, LOX
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Göz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 105
Özet
Amaç: Çukurova bölgesinde keratokonuslu olgularda Visual System Homeobox 1 (VSX1) ve Lizil Oksidaz (LOX) genlerini taramak ve hastalığın genetik temelini ortaya koymak Gereç ve Yöntem: Biyomikroskopik muayene ve topografik bulgulara dayanarak keratokonus tanısı konulan 30 hasta çalışma kapsamına alındı. Hastaların periferik kan örneklerinden DNA izolasyonu, otomatize sistem (QiaCube, Qiagen) aracılı olarak ilgili kitler kullanılarak yapıldı. DNA fragmantasyon ve barkodlama işleminin ardından ilgili gen bölgeleri multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile çoğaltılarak hedef bölgelerin zenginleştirilmesi sağlandı. Elde edilen PZR ürünleri saflaştırma işlemleri sonrası yeni nesil dizileme cihazında (Illumina MiSeq- San Diego, ABD) dizilendi. Saptanan varyantlar, biyoinformatik algoritması uygun olarak analiz edildi. Bulgular: Hastaların 14'ü (%46,7) erkek, 16'sı (%53,3) kadın olmakla, ortalama yaşları 28,63±10,93 (12-52) idi. Yeni nesil dizileme yöntemi ile 2 hastada 2 farklı varyant: VSX1 geninde ekzon 1'de p.G38D ve intron 4'de c.808+17G>A heterozigot mutasyonları bulundu. Bu iki yeni mutasyon bazı biyoinformatik analiz sonuçlarına göre patojen olsa da her iki genetik varyant VARSOME (The Human Genomic Variant Search Engine) veri tabanındaki tüm analizler göz önüne alındığında VUS (variants of uncertain significance) olarak sınıflandı. LOX geninde herhangi bir mutasyon saptanmadı. Sonuç: Çalışmamızda VSX1 geninde saptanan mutasyonlar literatürde ilk kez tanımlanmaktadır. Saptanan bu mutasyonların keratokonusun genetik temelinin anlaşılmasına yönelik gelecekteki çalışmalara yol gösterici olacağını düşünmekteyiz. Çalışmamız keratokonus patogenezinde LOX geninin rolünü araştıracak ileri çalışmalarda, daha geniş olgu sayılarına ihtiyaç duyulacağına dair öngörü sağlayabilir. Diğer yandan çalışmada 30 keratokonus hastasında sadece 2 hastada mutasyon saptanması, keratokonusun genetik heterojenliğini destekler niteliktedir.
Özet (Çeviri)
Purpose: To screen Visual System Homeobox 1 (VSX1) and Lysyl Oxidase (LOX) genes in cases with keratoconus in the Cukurova region and to reveal the genetic basis of the disease. Materials and Methods: Thirty patients diagnosed with keratoconus based on slit-lamp examination and topographic findings were included in the study. DNA isolation from peripheral blood samples of the patients was performed by using the relevant kits via an automated system (QiaCube, Qiagen). After DNA fragmentation and barcoding, the relevant gene regions were amplified by multiplex polymerase chain reaction (PCR) to enrich the target regions. The obtained PCR products were sequenced in a new generation sequencing device (Illumina MiSeq- San Diego, USA) after purification. Detected variants were analyzed in accordance with the bioinformatics algorithm. Results: Of the patients, 14 (46.7%) were male and 16 (53.3%) were female, with a mean age of 28.63±10.93 (12-52). With the new generation sequencing method, 2 different heterozygous variants were found in 2 patients: p.G38D mutations in exon 1 and c.808+17G>A mutations in intron 4 of the VSX1 gene. Although these two new mutations are pathogenic according to some bioinformatics analysis results, both genetic variants were classified as VUS (variants of uncertain significance) considering all analyzes in the VARSOME (The Human Genomic Variant Search Engine) database. No mutation was detected in the LOX gene. Conclusion: Mutations detected in the VSX1 gene in our study are reported for the first time in the literature. We think that these detected mutations will guide future studies to understand the genetic basis of keratoconus. Our study may provide a prediction that larger case numbers will be needed in further studies that will investigate the role of the LOX gene in the pathogenesis of keratoconus. On the other hand, the detection of mutations in only 2 patients out of 30 keratoconus patients in the study supports the genetic heterogeneity of keratoconus.
Benzer Tezler
- Çukurova bölgesindeki kadınlarda genital human papillomavirus infeksiyon prevalansı
The prevalence of genital human papillomavirus infection among women in çukurova region
ZAFER ALTUN
Doktora
Türkçe
2009
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FÜGEN YARKIN
- Çukurova bölgesindeki Trichogramma türlerinin (Hymenoptera, Trichogrammatidae) teşhisinde moleküler yöntemlerin kullanımı
Usage of molecular techniques for identification of Trichogramma species (Hymenoptera, Trichogrammatidae) in Çukurova region
FAHRİYE SÜMER
- Çukurova Bölgesindeki akciğer tüberkülozlu hastaların mononükleer hücrelerindeki mikrorna düzeylerinin incelenmesi
Detection of microrna levels in mononuclear cells from patients with pulmoner tuberculosis in Çukurova Region
FIRAT KARSLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Çukurova bölgesindeki yağ sanayi işletmelerinin ekonomik ve yönetsel sorunları
Economical and management problems of oil industry organizations in Çukurova region
FAHRİ KURTAY
- Çukurova bölgesindeki okul çağı cocuklarında allerjik hastalıkların prevalansı ve etkileyen faktörler
Başlık çevirisi yok
İBRAHİM BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1998
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıÇukurova ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEVAL GÜNEŞER KENDİRLİ