Çukurova bölgesindeki keratokonus olgularında VSX1 ve LOX genlerinin dizileme yöntemi ile analizi
Sequencing analysis of VSX1 and LOX genes in cases with keratoconus in the Cukurova region
- Tez No: 692149
- Danışmanlar: PROF. DR. MELTEM YAĞMUR
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Göz Hastalıkları, Eye Diseases
- Anahtar Kelimeler: Keratokonus, Yeni nesil dizileme, VSX1, LOX, Keratoconus, Next-generation sequencing, VSX1, LOX
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Göz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 105
Özet
Amaç: Çukurova bölgesinde keratokonuslu olgularda Visual System Homeobox 1 (VSX1) ve Lizil Oksidaz (LOX) genlerini taramak ve hastalığın genetik temelini ortaya koymak Gereç ve Yöntem: Biyomikroskopik muayene ve topografik bulgulara dayanarak keratokonus tanısı konulan 30 hasta çalışma kapsamına alındı. Hastaların periferik kan örneklerinden DNA izolasyonu, otomatize sistem (QiaCube, Qiagen) aracılı olarak ilgili kitler kullanılarak yapıldı. DNA fragmantasyon ve barkodlama işleminin ardından ilgili gen bölgeleri multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile çoğaltılarak hedef bölgelerin zenginleştirilmesi sağlandı. Elde edilen PZR ürünleri saflaştırma işlemleri sonrası yeni nesil dizileme cihazında (Illumina MiSeq- San Diego, ABD) dizilendi. Saptanan varyantlar, biyoinformatik algoritması uygun olarak analiz edildi. Bulgular: Hastaların 14'ü (%46,7) erkek, 16'sı (%53,3) kadın olmakla, ortalama yaşları 28,63±10,93 (12-52) idi. Yeni nesil dizileme yöntemi ile 2 hastada 2 farklı varyant: VSX1 geninde ekzon 1'de p.G38D ve intron 4'de c.808+17G>A heterozigot mutasyonları bulundu. Bu iki yeni mutasyon bazı biyoinformatik analiz sonuçlarına göre patojen olsa da her iki genetik varyant VARSOME (The Human Genomic Variant Search Engine) veri tabanındaki tüm analizler göz önüne alındığında VUS (variants of uncertain significance) olarak sınıflandı. LOX geninde herhangi bir mutasyon saptanmadı. Sonuç: Çalışmamızda VSX1 geninde saptanan mutasyonlar literatürde ilk kez tanımlanmaktadır. Saptanan bu mutasyonların keratokonusun genetik temelinin anlaşılmasına yönelik gelecekteki çalışmalara yol gösterici olacağını düşünmekteyiz. Çalışmamız keratokonus patogenezinde LOX geninin rolünü araştıracak ileri çalışmalarda, daha geniş olgu sayılarına ihtiyaç duyulacağına dair öngörü sağlayabilir. Diğer yandan çalışmada 30 keratokonus hastasında sadece 2 hastada mutasyon saptanması, keratokonusun genetik heterojenliğini destekler niteliktedir.
Özet (Çeviri)
Purpose: To screen Visual System Homeobox 1 (VSX1) and Lysyl Oxidase (LOX) genes in cases with keratoconus in the Cukurova region and to reveal the genetic basis of the disease. Materials and Methods: Thirty patients diagnosed with keratoconus based on slit-lamp examination and topographic findings were included in the study. DNA isolation from peripheral blood samples of the patients was performed by using the relevant kits via an automated system (QiaCube, Qiagen). After DNA fragmentation and barcoding, the relevant gene regions were amplified by multiplex polymerase chain reaction (PCR) to enrich the target regions. The obtained PCR products were sequenced in a new generation sequencing device (Illumina MiSeq- San Diego, USA) after purification. Detected variants were analyzed in accordance with the bioinformatics algorithm. Results: Of the patients, 14 (46.7%) were male and 16 (53.3%) were female, with a mean age of 28.63±10.93 (12-52). With the new generation sequencing method, 2 different heterozygous variants were found in 2 patients: p.G38D mutations in exon 1 and c.808+17G>A mutations in intron 4 of the VSX1 gene. Although these two new mutations are pathogenic according to some bioinformatics analysis results, both genetic variants were classified as VUS (variants of uncertain significance) considering all analyzes in the VARSOME (The Human Genomic Variant Search Engine) database. No mutation was detected in the LOX gene. Conclusion: Mutations detected in the VSX1 gene in our study are reported for the first time in the literature. We think that these detected mutations will guide future studies to understand the genetic basis of keratoconus. Our study may provide a prediction that larger case numbers will be needed in further studies that will investigate the role of the LOX gene in the pathogenesis of keratoconus. On the other hand, the detection of mutations in only 2 patients out of 30 keratoconus patients in the study supports the genetic heterogeneity of keratoconus.
Benzer Tezler
- Çukurova bölgesindeki farklı pamuk çeşitlerinin makineli hasada uygunluk açısından karşılaştırılması üzerine bir araştırma
A Research on determination of suitability to mechanical harvest for selected cotton varieties in Çukurova region
MUSTAFA KUTLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
ZiraatÇukurova ÜniversitesiTarım Makineleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİM IŞIK
- Çukurova bölgesindeki Diffüz Büyük B Hücreli Lenfoma'da HLA DRB11 gruplarının epidemiyolojik ve prediktif önemi
Epidemiological and predictive significance of Hla Drb1 Groups on Diffuse Large B Cell Lymphoma in çukurova region
YUSUF SONAY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
OnkolojiÇukurova Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELEK KÖKSAL ERKİŞİ
- Çukurova bölgesindeki yumuşak killerin mühendislik davranışının ileri düzey zemin modelleri ile incelenmesi
Investigation of engineering behavior of soft soil located Cukurova region by constitutive soil models
FİRDEVS UYSAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
İnşaat MühendisliğiÇukurova Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ABDÜLAZİM YILDIZ
- Cukurova bölgesindeki taşocaklarından çıkan agrega ile beton kalitesinin incelenmesi
Investigation of concrete quali̇ty wi̇th aggregate from stone carpets in çukurova region
ALPER UYSAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Mühendislik BilimleriToros Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÇAKIROĞLU
- Çukurova bölgesindeki pulmoner tüberkülozlu hastaların balgam örneklerinden izole edilen mycobacterium tuberculosis suşlarında pirazinamid direncinin moleküler mekanizmalarının araştırılması
Molecular mechanisms of pyrazinamide resistance among strains of mycobacterium tuberculosis clinical isolates in Cukurova region
AISIKAER TUERXUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL