Early postzygotic mutations contribute to de novo variation in a healthy monozygotic twin pair
Sağlıklı bir tek yumurta ikiz çiftinde erken postzigotik mutasyonların de novo mutaston oranına katkısı
- Tez No: 373008
- Danışmanlar: PROF. DR. TAYFUN ÖZÇELİK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 231
Özet
De novo mutasyonların özellikleri ve oranının bilinmesi hastalıkların ve evrimsel süreçlerin anlaşılabilmesi için büyük önem taşımaktadır. De novo tek nükleotid değişikliklerinin (SNV) doğrudan incelenmesi ile insanda bir nesilde ortaya çıkan yeni tek nükleotid değişikliği oranı 0.82 – 1.70 ×10-8 baz çifti olarak belirlenmiştir. Ancak, bu tek nükleotid değişikliklerinin gelişimin hangi evresinde ortaya çıktığı ve dolayısıyla erken post-zigotik mutasyonların toplam de novo mutasyon oranına olan katkısı bilinmemektedir. Bu noktada, insanda bir nesilde ortaya çıkan yeni mutasyon oranını ortaya çıkma zamanına göre belirlemek amacıyla; anne, baba ve sağlıklı bir erkek ikiz çiftinden oluşan ailede toplam 170 X kapsamalı tüm genom dizilemesi yaptık. Bulunan her bir mutasyon için her bir bireyin genotiplerini karşılaştırmalı ve eş zamanlı olarak analiz ederek de novo tek nükleotid değişikliklerinin belirledik. Sanger dizilemesi ile yapılan doğrulamanın ardından toplam 32 de novo tek nükleotid değişikliğini karakterize ettik. Bu mutasyonlardan 23 tanesi ikizlerin her ikisinin genomunda, 8 tanesi ikizlerden birinde 1 tanesi ise diğerinde bulunmaktadır. Toplam de novo mutasyon oranını ikizlerden biri için 1.31 × 10-8, diğeri için 1.01 × 10-8 olarak hesapladık. Toplam mutasyon oranı içinde, erken post-zigotik mutasyonların oranını ise ikizlerden biri için 0.34 × 10-8 ve diğeri için 0.04 × 10-8 olarak belirledik. Bulgularımız erken post-zigotik mutasyonların sebep olduğu genom mozaisizminin hastalıkların anlaşılması için önem taşıdığını göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Characterizing the patterns and rate of de novo mutations is crucial for our perception of evolution and genetic basis of human disease. Direct observation of de novo single nucleotide variation (SNV) rate in healthy individuals revealed a rate in a range of 0.82 – 1.70 ×10-8 base pair per generation. However, the developmental timing of the de novo mutations is unknown and thus, contribution of the early post-zygotic mutations to the human de novo SNV rate remained unknown. In an attempt to estimate the rate of de novo mutations regarding the developmental timing of mutagenesis, we sequenced the whole genomes of a healthy monozygotic twin pair and their parents with a total of 170 fold coverage. We identified the de novo SNVs through examination of the genotypes of each individual for each of the variants in a synchronous manner. Subsequent to the Sanger sequencing based validation, we conservatively characterized a total of 32 de novo SNVs. Of these 23 were shared by the twin pair, 8 were specific to twin I, and 1 was specific to twin II. We estimated the overall de novo SNV rate of 1.31 × 10-8 for twin I and 1.01 × 10-8 for twin II. The rate of the early post-zygotic de novo SNVs was calculated to be 0.34 × 10-8 and 0.04 × 10-8 for twin I and twin II, respectively. These data indicate the growing importance of genome mosaicism which might be resulted from de novo mutations of early post-zygotic origin in disease pathogenesis.
Benzer Tezler
- Laodikeia - Kandilkırı verileri ışığında Güneybatı Anadolu'da Erken Tunç Çağı 2 ve 3
Early Bronze Age 2 and 3 in Southwest Anatolia in light of Laodikeia - Kandi̇lkırı finds
UMAY OĞUZHANOĞLU AKAY
Doktora
Türkçe
2015
ArkeolojiPamukkale ÜniversitesiArkeoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CELAL ŞİMŞEK
PROF. DR. TURAN EFE
- Erken dönem Şiî ricâl ilmi: Keşşî örneği
Early Shi'ite rijal science: Example of Kashshi
MUHAMMED ENES TOPGÜL
- Göğüs kanseri tespiti için yüzey empedansı tabanlı mikrodalga görüntüleme yöntemi
Surface impedance based microwave imaging method for breast cancer screening
ONAN GÜREN
Doktora
Türkçe
2014
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. LALE ERGENE
PROF. DR. İBRAHİM AKDUMAN
- Levinson'un kuramı açısından ilk yetişkinlik dönemindeki bireylerin yaşam yapılarının incelenmesi
Examining life structures of individuals in early adulthood period based on Levinson's theory
YAHYA AKTU
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Eğitim ve ÖğretimGaziosmanpaşa ÜniversitesiEğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TAHSİN İLHAN
- Trabzon ili ve çevresinde 3-6 yaş grubu hastalarda dmf-t indeksi ve çürük prevalansının değerlendirilmesi
Evaluation of DMF-t index and caries prevalance of 3-6 year-old children in Trabzon
SEMA AYDINOĞLU
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2015
Diş HekimliğiKaradeniz Teknik ÜniversitesiPedodonti Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ADEM KUŞGÖZ