Early postzygotic mutations contribute to de novo variation in a healthy monozygotic twin pair
Sağlıklı bir tek yumurta ikiz çiftinde erken postzigotik mutasyonların de novo mutaston oranına katkısı
- Tez No: 373008
- Danışmanlar: PROF. DR. TAYFUN ÖZÇELİK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 231
Özet
De novo mutasyonların özellikleri ve oranının bilinmesi hastalıkların ve evrimsel süreçlerin anlaşılabilmesi için büyük önem taşımaktadır. De novo tek nükleotid değişikliklerinin (SNV) doğrudan incelenmesi ile insanda bir nesilde ortaya çıkan yeni tek nükleotid değişikliği oranı 0.82 – 1.70 ×10-8 baz çifti olarak belirlenmiştir. Ancak, bu tek nükleotid değişikliklerinin gelişimin hangi evresinde ortaya çıktığı ve dolayısıyla erken post-zigotik mutasyonların toplam de novo mutasyon oranına olan katkısı bilinmemektedir. Bu noktada, insanda bir nesilde ortaya çıkan yeni mutasyon oranını ortaya çıkma zamanına göre belirlemek amacıyla; anne, baba ve sağlıklı bir erkek ikiz çiftinden oluşan ailede toplam 170 X kapsamalı tüm genom dizilemesi yaptık. Bulunan her bir mutasyon için her bir bireyin genotiplerini karşılaştırmalı ve eş zamanlı olarak analiz ederek de novo tek nükleotid değişikliklerinin belirledik. Sanger dizilemesi ile yapılan doğrulamanın ardından toplam 32 de novo tek nükleotid değişikliğini karakterize ettik. Bu mutasyonlardan 23 tanesi ikizlerin her ikisinin genomunda, 8 tanesi ikizlerden birinde 1 tanesi ise diğerinde bulunmaktadır. Toplam de novo mutasyon oranını ikizlerden biri için 1.31 × 10-8, diğeri için 1.01 × 10-8 olarak hesapladık. Toplam mutasyon oranı içinde, erken post-zigotik mutasyonların oranını ise ikizlerden biri için 0.34 × 10-8 ve diğeri için 0.04 × 10-8 olarak belirledik. Bulgularımız erken post-zigotik mutasyonların sebep olduğu genom mozaisizminin hastalıkların anlaşılması için önem taşıdığını göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Characterizing the patterns and rate of de novo mutations is crucial for our perception of evolution and genetic basis of human disease. Direct observation of de novo single nucleotide variation (SNV) rate in healthy individuals revealed a rate in a range of 0.82 – 1.70 ×10-8 base pair per generation. However, the developmental timing of the de novo mutations is unknown and thus, contribution of the early post-zygotic mutations to the human de novo SNV rate remained unknown. In an attempt to estimate the rate of de novo mutations regarding the developmental timing of mutagenesis, we sequenced the whole genomes of a healthy monozygotic twin pair and their parents with a total of 170 fold coverage. We identified the de novo SNVs through examination of the genotypes of each individual for each of the variants in a synchronous manner. Subsequent to the Sanger sequencing based validation, we conservatively characterized a total of 32 de novo SNVs. Of these 23 were shared by the twin pair, 8 were specific to twin I, and 1 was specific to twin II. We estimated the overall de novo SNV rate of 1.31 × 10-8 for twin I and 1.01 × 10-8 for twin II. The rate of the early post-zygotic de novo SNVs was calculated to be 0.34 × 10-8 and 0.04 × 10-8 for twin I and twin II, respectively. These data indicate the growing importance of genome mosaicism which might be resulted from de novo mutations of early post-zygotic origin in disease pathogenesis.
Benzer Tezler
- Early verbs and the acquisition of Turkish aegument structure
İlk eylemler ve Türkçe eylem öğe yapılarının edinimi
FATMA NİHAN KETREZ
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
DilbilimBoğaziçi ÜniversitesiDilbilim Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESER ERGUVANLI TAYLAN
PROF. DR. AYHAN AKSU KOÇ
- İneklerde Erken Gebelik Faktörü'nün (EGF) tespitiyle gebeliğin tespiti
Early pregnancy diagnossis early pregnancy factor (EPF) in the cows
ATİLLA YILDIZ
Doktora
Türkçe
1999
Veteriner HekimliğiFırat ÜniversitesiDoğum ve Jinekoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF.DR. HÜSEYİN DEVECİ
- Sermaye piyasalarında portföy yönetme amaçlı erken uyarı sistemleri 'Örnek seçilmiş teknik göstergelere dayalı bir model uygulaması'
Early warning systems at stock exchange markets for portfolio managing 'A model utilizing technical indicators'
MELİK TOLGA SEYREK
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
İşletmeHacettepe Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN IŞIN DENER
- Okul öncesi dönem özel yetenek potansiyeli olan çocukların eğitim süreçlerinin değerlendirilmesi
Evaluation of the educational procsses of children with potentially talented in the preschool period
AYBÜKE KOÇBAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Eğitim ve ÖğretimÇukurova ÜniversitesiOkul Öncesi Eğitimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYPERİ DİKİCİ SIĞIRTMAÇ
- Early childhood teachers' views and self reported practices about stereotypical gender role messages in children's cartoons
Okul öncesi öğretmenlerinin çocuk çizgi filmlerinde verilen toplumsal cinsiyet mesajlarına yönelik görüşleri ve öz bildirime dayalı pratikleri
NİDA ALTIPARMAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Eğitim ve ÖğretimOrta Doğu Teknik ÜniversitesiOkul Öncesi Eğitimi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ VOLKAN ŞAHİN