Koronavirus replikasyonunda kaspaz 8'i hedefleyen mir-4778-5p ve mir-371b-5p'nin ifade seviyelerinin araştırılması
Investigation of expression levels of mir-371b-5p and mir-4778-5p targeting caspase-8 in coronavirus replication
- Tez No: 379263
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA ULAŞLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 64
Özet
Giriş ve Amaç: Koronavirüsler insanlarda ve çeşitli hayvanlarda önemli enfeksiyonlara neden olan pozitif zincirli RNA virüsleridir. Koronavirüslerin hücre kültürü ortamında replikasyon ve transkripsiyon mekanizmalarının ayrıntılı olarak anlaşılabilmesi icin fare hepatit virüs (MHV) model sistem olarak kullanılmaktadır. Yapılan çalışmalar Koronavirüs enfeksiyonlarının çeşitli hücre hatlarında programlı hücre ölümünü ciddi oranda artırdığını göstermektedir. MikroRNA'lar protein çevrimini baskılayan yada hedef mRNA'yı yıkarak gen ifadesini düzenleyen küçük kodlanmayan RNA'lardır. miRNA'lar hücre çoğalması, hücresel farklılaşma ve programlı hücre ölümünü de içeren birçok hücresel süreçte önemli roller vardır. Bu tez çalışmasında programlı hücre ölümünü başlatıcı bir protein olan kaspaz 8 ve kaspaz-8'i hedefleyen hsa-miR-4778-5p ve hsa-miR-371b-5p'in koronavirüs enfeksiyonu sonrasında ifade seviyeleri araştırılmıştır. Gereç ve yöntem: HeLa-CEACAM1ahücreleri fare hepatit virüsü MHV-A59 ile enfekte edilmiştir. Koronavirüs ile enfekte edilen HeLa-CEACAM1ahücreleri 3, 6, 12 ve 24 saat inkübasyona bırakılmıştır. HeLa-CEACAM1ahücrelerinden total RNA elde edilerek hsa-miR-4778-5p ve hsa-miR-371b-5p'in ifade seviyeleri BioMark HD Real-Time PCR system kullanılarak tespit edilmiştir. Ayrıca kaspaz-8'in gen ifade seviyesi de RT-PCR yöntemi ile çalışılmıştır. Sonuçlar: Koronavirüs enfeksiyonu sonrasında kaspaz-8 mRNA ifade seviyesi anlamlı şekilde arttığı tespit edilmiştir. Kaspaz-8'i hedefleyen miRNA olan hsa-miR-4778-5p ve hsa-miR-371b-5p'in de koronavirüs enfeksiyonu sonrasında arttığı belirlenmiştir. Tartışma: Koronavirüs enfeksiyonu ile programlı hücre ölümünün tetiklenmesi sonucu kaspaz-8'in anlamlı şekilde arttığı tespit edilmiştir. Ayrıca elde edilen sonuçlar hsa-miR-4778-5p ve hsa-miR-371b-5p'in kaspaz-8'i düzenleyebileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Giriş ve Amaç: Koronavirüsler insanlarda ve çeşitli hayvanlarda önemli enfeksiyonlara neden olan pozitif zincirli RNA virüsleridir. Koronavirüslerin hücre kültürü ortamında replikasyon ve transkripsiyon mekanizmalarının ayrıntılı olarak anlaşılabilmesi icin fare hepatit virüs (MHV) model sistem olarak kullanılmaktadır. Yapılan çalışmalar Koronavirüs enfeksiyonlarının çeşitli hücre hatlarında programlı hücre ölümünü ciddi oranda artırdığını göstermektedir. MikroRNA'lar protein çevrimini baskılayan yada hedef mRNA'yı yıkarak gen ifadesini düzenleyen küçük kodlanmayan RNA'lardır. miRNA'lar hücre çoğalması, hücresel farklılaşma ve programlı hücre ölümünü de içeren birçok hücresel süreçte önemli roller vardır. Bu tez çalışmasında programlı hücre ölümünü başlatıcı bir protein olan kaspaz 8 ve kaspaz-8'i hedefleyen hsa-miR-4778-5p ve hsa-miR-371b-5p'in koronavirüs enfeksiyonu sonrasında ifade seviyeleri araştırılmıştır. Gereç ve yöntem: HeLa-CEACAM1ahücreleri fare hepatit virüsü MHV-A59 ile enfekte edilmiştir. Koronavirüs ile enfekte edilen HeLa-CEACAM1ahücreleri 3, 6, 12 ve 24 saat inkübasyona bırakılmıştır. HeLa-CEACAM1ahücrelerinden total RNA elde edilerek hsa-miR-4778-5p ve hsa-miR-371b-5p'in ifade seviyeleri BioMark HD Real-Time PCR system kullanılarak tespit edilmiştir. Ayrıca kaspaz-8'in gen ifade seviyesi de RT-PCR yöntemi ile çalışılmıştır. Sonuçlar: Koronavirüs enfeksiyonu sonrasında kaspaz-8 mRNA ifade seviyesi anlamlı şekilde arttığı tespit edilmiştir. Kaspaz-8'i hedefleyen miRNA olan hsa-miR-4778-5p ve hsa-miR-371b-5p'in de koronavirüs enfeksiyonu sonrasında arttığı belirlenmiştir. Tartışma: Koronavirüs enfeksiyonu ile programlı hücre ölümünün tetiklenmesi sonucu kaspaz-8'in anlamlı şekilde arttığı tespit edilmiştir. Ayrıca elde edilen sonuçlar hsa-miR-4778-5p ve hsa-miR-371b-5p'in kaspaz-8'i düzenleyebileceğini göstermektedir.
Benzer Tezler
- Predicting novel small inhibitors of SARS-CoV-2: Targeting SARS-CoV-2 spike protein, human ACE2 protein and SARS-CoV-2 NsP16 via molecular docking
SARS-CoV-2 için yeni küçük inhibitör moleküllerin tahmini: Moleküler yanaştırma yöntemiyle SARS-CoV-2 spike proteini, insan ACE2 proteini ve SARS-CoV-2 NsP16 hedeflenmesi
ONUR ÖZER
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MERT GÜR
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY
- Covid-19 tedavisi için rna-bağımlı rna polimeraz (RDRP) inhibitörlerinin sanal ligand taraması yöntemiyle tasarlanması
Design of rna-dependent rna polymerase (RDRP) inhibitors by virtual ligand screening method for the treatment of Covid-19
BEKİR CAN UĞUR
- Coronavirüs replikasyonunda TRPC gen ailesinin ifadesinin ve rolünün araştırılması
Expression of TRPC genes family on replication of coronavirus
YOSIF A. ABDUL AL-RAHMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Tıbbi BiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA ULAŞLI
- Papatya (Matricaria chamomilla) özütlerinin TRPV gen ifadesi ve coronavirus replikasyonu üzerine etkisinin araştırılması
The effects of chamomile (Matricaria chamomilla) on TRPV gene family expression and coronavirus replication
DURAN KALA
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Tıbbi BiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA ULAŞLI
- Investigation of pre-clinical and phase II clinical studies of VLP-58-1023-AL-K3-PII vaccine for alpha variant
VLP-58-1023-AL-K3-PII aşısının alfa varyantı için klinik öncesi ve faz II klinik çalışmalarının araştırılması
BERFU SARAYDAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İHSAN GÜRSEL