Formalin ile fikse edilmiş ve parafine gömülmüş dokulardan PCR için DNA ekstraksiyonu
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 38154
- Danışmanlar: PROF.DR. MERAL SAKIZLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 1994
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 47
Özet
I. ÖZET Patoloji laboratuvarlannda korunan dokularda DNA izole etmek, retrospektif çalışmaların yapılabilmesi açısından önemlidir. Bu amaçla çeşitli izolasyon yöntemleri geliştirilmiştir. Parafine gömülmüş dokulardan izole edilen DNA çok fazla kırılmış olduğundan“Southern blot”ve“RFLP”yöntemleri için yeterince uygun değildir. Son yıllarda nükleik asit amplifikasyonu, viral genom belirlenmesi, gen düzenlenmeleri ve gen ekspresyonunun saptanmasında yoğun olarak kullanılmakta olan PCR yöntemi bu yönden üstünlüğe sahiptir ve direkt analizde kolaylıkla uygulanabilmektedir. Formalin ile fikse edilmiş ve parafine gömülmüş dokulardan DNA izole etmek ve izole edilen DNA'ların PCR'da uygun olup olmadığını araştırmak için yapılan bu çalışmada Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı arşivindeki dokular seçildi. 1992 yılına ait dokulardan iki grup, 1993 yılına ait dokulardan üçüncü bir grup oluşturuldu. Bütün gruplarda sindirim tamponu ile DNA ekstraksiyonunu içeren Wright 'm yöntemi çeşitli modifikasyonlar yapılarak uygulandı (39). Üçüncü grupta hem modifiye Wright hem de DNA ekstraksiyonu ve purifikasyonunu içeren Forsthoeful yöntemi çeşitli modifikasyonlar yapılarak uygulandı (14). Kolorektal karsİnomlu dokulardan oluşan üçüncü grupta, iki izolasyon yöntemi ile elde edilen DNA'lar üzerinde c-Ki-ras onkogeninin 135 nükleotidlik bölgesinin PCR'la amplifikasyonu denendi. Bütün gruplardan DNA'nın izole edildiği, spektrofotometrik ve elektroforetik değerlendirme ile gösterildi. Ayrıca elde edilen DNA örneklerinin PCR için uygun olduğu, c-Ki-ras onkogeninin 135 nükleotidlik bölgesinin amplifikasyonunun gerçekleştirilmesi ile gösterildi. Sonuç olarak formalin ile fikse edilmiş ve parafine gömülmüş dokulardan elde edilen DNA'nın PCR reaksiyonunda kullanılabileceği ve en iyi PCR sonuçlarının modifiye Forsthoeful yöntemi ile elde edildiği belirlendi. -1-
Özet (Çeviri)
II. ABSTRACT Possibility of DNA isolation from preserved human tissue in Pathology laboratories would provide numerous experimental opportunities including the retrospective investigations. Various isolation techniques are developed for this purpose. The DNA isolated from paraffin embeded tissue is usually highly fragmented and can not be sufficiently used for Southern blot or Restricsion fragment lenght polmorfism (RFLP) analysis. In this respect, Polymerase Chain Reaction (PCR) which is recently used intenselly for the purposes of, detecting viral genom, oncogene mutations, gen rearrangements, and gene expressions, has a superiority related to the other methods mentioned above, and easily be used for direct analysis. In this study, we planned to isolate the DNA from formalin-fixed and paraffin-embedded tissue and to demonstrate its convinience for the PCR. For this purpose, we choose the tissue from the archives of Dokuz Eylül University Pathology Department. Two grups were chosen from the sepcimens of 1992, third grup was chosen from the sepcimens of 1993. In all the grups, the modified Wright's method (39) acquiring the digestion buffer extraction was applied with slight modifications. Both the modified Wright and modified Forsthoeful methods were slightly modified according to our laboratory conditions. In the third group, which was composed of colorectal carcinoma tissues, PCR amplification of 135 nucleotid reqion of c-Ki-ras oncogene was tested. In addition, to the confirmation of DNA isolation by sectrophotometric and electrophoretic evaluations, the suitability of isolated DNA for PCR was tested by the amplification of 135 nucleotid reqion of c-Ki-ras oncogene. As a result, we concluded that the DNA isolated from formalin-fixed - paraffin-embedded specimens was suitable for PCR and the best results were taken from Forshoeful method. -2-
Benzer Tezler
- Formalinle fikse edilmiş parafine gömülü dokularda iki farklı hızlı doku şeffaflandırma yönteminin etkinliğinin karşılaştırılması
Comparison of the efficacy of two different rapid tissue clearing methods in formalin-fixed paraffin-embedded tissues
GÜLŞAH GÜRBÜZ ALVER
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Histoloji ve EmbriyolojiMersin ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAVAŞ AKTAŞ
ÖĞR. GÖR. AYLA BATU ÖZTÜRK
- Formalinle fikse edilmiş ve parafine gömülmüş mide biyopsi örneklerinde maldı-görüntüleme yöntemi optimizasyonu
Maldi-imaging method optimization in formalin-fixed and paraffin-embedded gastric biopsy tissues
BÜŞRA ERGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyokimyaAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiBiyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YASEMİN UÇAL
- Papiller tiroid karsinomlarında braf V600E mutasyonunun realtime PZR analizi
Realtime PCR analysis of braf V600E mutation in papillary thyroid carcinomas
SERPİL ÇAKIR
- Endometrium karsinomunda mikrosatellit instabilite: İmmünohistokimyasal belirteçler ile saptanması ve klinik ölçütler ile ilişkisi
Microsatellith instability in endometrium carcinoma: Detection with immunohistochemical markers and its relationship with clinical meters
GONCHA KAMALLI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Kadın Hastalıkları ve DoğumEge ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA COŞAN TEREK
DOÇ. DR. İSMET HORTU
- Mide kanserinde immünohistokimya ve floresan in situ hibridizasyon yöntemiyle cerb-b2 değerlendirilmesi
İnterpretati̇on of cerb-b2 in gastric cancerby immunohistochemistry and fluorescent in situ hybridization methods
DÖNDÜ NERGİZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
PatolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARSENAL SEZGİN ALİKANOĞLU