Farklı koşullarda bekletilen sığır akciğer örneklerinde β-aktin ekspresyonunun RT-qPCR ile karşılaştırılması
Comparison of β-actin expression in bovine lung samples stored in different conditions by RT-qPCR
- Tez No: 944880
- Danışmanlar: PROF. DR. ERTAN ORUÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Patoloji, Pathology
- Anahtar Kelimeler: β-aktin, akciğer, housekeeping genler, RT-qPCR, sığır, β-actin, bovine, housekeeping genes, lung, RT-PCR
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Patoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 53
Özet
Gen ekspresyon analizleri, hücresel düzeydeki biyolojik süreçlerin anlaşılmasında ve hastalıkların moleküler temellerinin araştırılmasında kritik bir öneme sahiptir. Doku örneklerinde Kantitatif gen ekspresyon analiz amacıyla kullanılan yöntemlerin başında Kantitatif Reverse Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-qPCR) gelmektedir. RT-qPCR oldukça hassas bir analiz yöntemi olup gen ekpresyon analizlerinde kullanılan tekniklerin başında gelmektedir. Buna ilaveten gen ekpresyon analizlerinde kullanılacak doku örneklerinin uygun şekilde korunması da, güvenilir sonuçlar elde edilmesi açısından büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmanın amacı, ileriye dönük veya uzun süreli çalışmalar için saklanan biyolojik doku örneklerinde gen ekspresyon düzeylerinin güvenilirliğini değerlendirmek amacıyla, farklı saklama koşullarının sığır akciğer dokularında β-aktin geninin RT-qPCR ile analiz edilerek koşulların gen ekspresyonuna olan etkisini karşılaştırmalı olarak incelemektir. Bu kapsamda sağlıklı bir sığırdan alınan akciğerden alınan örnekler; taze doku, dondurulmuş doku, otolizli doku, formalin ile fikse edilmiş doku, formalinle fikse edilmiş parafine gömülmüş doku ve alkolle fikse edilmiş doku şeklinde gruplar oluşturulmuştur. Elde edilen bulgular, RNA kalitesi ve gen ekspresyon düzeylerinin saklama yöntemine bağlı olarak anlamlı farklılıklar gösterdiğini ortaya koymuştur. Taze ve donmuş dokular gen ekspresyon analizlerinde en yüksek verimi sağlarken, özellikle parafinli doku (PD) ve otolizli doku (OD) örneklerinde verimlilik açısından ciddi kayıplar gözlemlenmiştir. PD dokularda RNA'nın kimyasal modifikasyonlara uğradığı ve RT-qPCR verimliliğini düşürdüğü doğrulanmış, bu nedenle bu tür dokularda alternatif analiz yaklaşımlarının ya da modifikasyonları geriye döndürecek yeni teknik yaklaşımların gerekliliği vurgulanmıştır. Alkol bazlı fiksatiflerin RNA koruma açısından formaline kıyasla daha etkili olduğu litaratürde belirtilse de hemen hemen yakın sonuçlar görülmüş, donmuş dokuların ise gen ekspresyon analizleri için en uygun alternatif yöntem olduğu sonucuna ulaşılmıştır. Ayrıca, otopsi sonrası alınan örneklerde postmortem sürenin RNA stabilitesi üzerindeki etkisinin dikkate alınması gerektiği ve 24 saatlik bir süreç içinde alınan örneklerin çalışılabilirliğini büyük ölçüde koruduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışma farklı saklama koşullarının gen ekspresyon analizlerine olan etkisini sistematik olarak ortaya koyarak, biyolojik materyallerin uygun saklama yöntemlerinin belirlenmesine ve arşiv dokuların bilimsel çalışmalarda daha etkin kullanılmasına katkı sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Gene expression analyses play a critical role in understanding biological processes at the cellular level and in investigating the molecular basis of diseases. Among the most widely used techniques for quantitative gene expression analysis in tissue samples is Quantitative Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-qPCR). RT-qPCR is a highly sensitive method and is considered a standard approach in gene expression studies. Moreover, the appropriate preservation of tissue samples intended for gene expression analysis is crucial for obtaining reliable results. The aim of this study is to evaluate the reliability of gene expression levels in biological tissue samples preserved for long-term or future research. To this end, the study comparatively investigates the effects of different storage conditions on gene expression by analyzing β-actin expression in bovine lung tissues using RT-qPCR. In this context, samples collected from the lungs of a healthy bovine were grouped as follows: fresh tissue, frozen tissue, autolyzed tissue, formalin-fixed tissue, paraffinized tissue (PT), and alcohol-fixed tissue. The results revealed that RNA quality and gene expression levels differed significantly depending on the storage method. Fresh and frozen tissues provided the highest efficiency in gene expression analysis, while substantial losses in yield were observed particularly in PTs and autolyzed samples. It was confirmed that RNA in PTs underwent chemical modifications, reducing the efficiency of RT-qPCR. Consequently, this highlights the need for alternative analytical approaches or new techniques capable of reversing such modifications when working with PTs. Although in literature it is suggested that alcohol-based fixatives are more effective than formalin in preserving RNA, this study found that the two methods yielded nearly similar results. Nevertheless, frozen tissue was identified as the most suitable alternative for gene expression analyses. Additionally, the postmortem interval was shown to significantly affect RNA stability in autopsy-derived samples, with tissue collected within 24 hours retaining considerable analytical viability. In conclusion, this study systematically demonstrates the impact of various preservation conditions on gene expression analyses, thereby contributing to the identification of appropriate tissue storage methods and enhancing the scientific utility of archived samples.
Benzer Tezler
- Farklı koşullarda bekletilen sığır karaciğer örneklerinde β-aktin ekspresyonunun RT-qPCR ile karşılaştırılması
Inability to compare β-actin expression with RT-qPCR in bovine liver samples kept under different conditions
MEHMET EMİN KURUL
- Periferik sinirlerde uç-yan onarımlı proksimal güdüğün davranışı (deneysel çalışma)
Başlık çevirisi yok
İRFAN AYAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2001
Ortopedi ve Travmatolojiİnönü ÜniversitesiOrtopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. O. ARSLAN BORA
- Yaş tayininde kullanılan DNA metilasyon belirteçlerinin yapay oluşturulmuş olay yeri kan örneklerinde uygulanabilirliği
Applicability of DNA methylation markers used in age determination in artificial constructed crime scene blood samples
BÖRTE MÜGE ŞAŞMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Adli Tıpİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaFen Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÖNÜL FİLOĞLU TÜFEK
- Contribution a la recherche d'un cadre juridique pour un droit international de laconcurrence plus efficace
Daha etkin bir uluslararası rekabet için hukuki çerçeve arayışı
ALİ CENK KESKİN
Doktora
Fransızca
2009
HukukGalatasaray ÜniversitesiKamu Hukuku Ana Bilim Dalı
PROF. DR. JEAN MARC SOREL
PROF. DR. HALİL ERCÜMENT ERDEM
- Evaluation of the effect of toothpastes with different ingredients on the surface microhardness and surface properties of artificial incipient caries, in vitro
Farklı içerikteki diş macunlarının yapay başlangıç çürük lezyonlarının yüzey mikrosertliğine ve yüzey özelliklerine olan etkisinin in vitro koşullarda değerlendirilmesi
NECMİYE BULAM
Doktora
İngilizce
2021
Diş HekimliğiYeditepe ÜniversitesiÇocuk Diş Hekimliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SENEM SELVİ KUVVETLİ
DR. ÖĞR. ÜYESİ KÜBRA TONGUÇ ALTIN