Geri Dön

Memelilerde prion geninin (PRNP) biyoinformatik analizi

Bioinformatics analysis of prion gene (PRNP) in mammalian species

PDF İndir

  1. Tez No: 382593
  2. Yazar: IŞIL TAKAN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. CEMAL ÜN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: PRNP geni, Prion hastalıkları, Kodon Kulllanım Frekansı, Filogenetik Analiz, PRNP gene, codon usage frequency, phylogenetic tree
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 110

Özet

PRNP geni, en yüksek düzeyde merkezi sinir sisteminde ifade olmak üzere birçok dokuda ifade olan hücresel prion proteinini kodlamaktadır. Prion proteininin, alfa-heliks yaprakçıklarca zengin olan normal hücresel formu(PrPc) ve nörodejeneratif hastalıklara neden olan beta-tabakalarca zengin olan patojenik formu(PrPsc) olmak üzere iki izoformu bulunmaktadır. Patojenik prion proteini, insanda CJD, sığırlarda BSE, koyun ve keçide scrapie olarak isimlendirilen bulaşıcı nörodejeneratif ensefalit(TSE)lere neden olmaktadır. PRNP geni dizilerinde bu hastalıklara dirençlilik ve duyarlılık ile ilişkili polimorfizmler saptanmıştır. Ancak, dirençliliğe ve duyarlılığa neden olan bu değişimlerin mekanizması tam olarak aydınlatılamamıştır. Buna rağmen, farklı memeli türlerindeki polimorfizimleri analiz ederek, direnç mekanizmasıyla ilgili açıklamalar yapmak mümkündür. Bu çalışmada, 15 memeli türünde, PRNP geni dizilerindeki, polimorfizimler, kodon kullanım frekansları ve filogenetik ilişkiler analiz edilmiştir. Dizi veri setleri için NCBI ve EMBL nükleotid veri bankalarından yararlanılmıştır. Veri setlerinin işlenmesi için MEGA 5 programı kullanılmıştır. Çalışmanın sonuçları, farklı evrimsel uzaklıktaki memeli türleri arasında farklı dizi profilleri bulunduğunu göstermektedir. Bu farklılıklar ise dirençlilik ve duyarlılıkla ilişkili olduğuna işaret ediyor olabilir.

Özet (Çeviri)

PRNP gene encodes prion protein in which is not only expressed central nervous system with the highest level, but also most tissue. Prion protein divide into two isoform; normal cellular form (PrPc) is enriched with alpha-helix sheets and pathogenic form is enriched with beta-layer. Pathogenic isoform causes lethal neurodegenerative diseases. Polymorphism of PRNP gene sequences could effect to susceptibility and resistance of prion diseases. Scrapie is a prion disease in sheep, cow, goat and polymorphisms in PRNP gene sequences that cause resistance and susceptibility of scrapie was found. However, mechanisms of polymorphisms conducing to resistance or susceptibility of scrapie still are not explained clearly. Nevertheless, different explanations could be done for the unclear resistance mechanism by analyzing of polymorphism in different mammalian species. In this study, PRNP gene sequences polymorphisms, nucleotide compositions, codon usage frequencies and phylogenetic relations were analyzed in 15 mammalian species in order to explain resistance mechanism. Sequence data sets were downloaded from NCBI and EMBL nucleotide databases. MEGA 5 software was used in for processing the data sets. Our results indicate that mammalian species with different evolutionary distance have different sequence profiles and differences may be related to resistance and susceptibility of scrapie.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    316543

    Trachemys scripta türü su kaplumbağasında prion protein gen (Prnp) polimorfizminin ve apoptozis ile ilişkisinin belirlenmesi

    Determination of prion protein gene (Prnp) polymorphism and its relationship with apoptosis in turtle, Trachemys scripta.

    TUĞÇE BİRKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    BiyolojiCelal Bayar Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ERDAL BALCAN

  2. Tez No

    157099

    Sıçanda eanole bağlı mide hasarında α- melanosit stimülan hormonun etkisi

    The effects of α-melanocyte stimulating hormone (α-MSH) on ethanol induced gastric ulcer and the putative mechanismis of this effect

    NERMINA JAHOVIC

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    FizyolojiMarmara Üniversitesi

    Fizyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. İNCİ ALİCAN

  3. Tez No

    138029

    Deneysel diabet modelinde S-nitrozoglutatyon oluşumu ve melatonin etkisinin incelenmesi

    S-nitrozoglutathione generation and effects of melatonin in experimental diabetes model

    FALİH MURAT GÖRGÜN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    Biyokimyaİstanbul Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EMİNE KÖKOĞLU

    PROF. DR. KORAY GÜMÜŞTAŞ

  4. Tez No

    858702

    The effect of altitude on gut microbiome composition accounting for diet and host genetics: A study on Anatolian blind molerats (Nannospalax xanthodon) in Central Taurus Mountains

    Yüksekliğin bağırsak mikrobiyom kompozisyonu üzerindeki etkisinin, diyet ve konak genetiğinin göz önüne alınarak incelenmesi: Orta Toros Dağları'ndaki Anadolu Körfareleri (Nannospalax xanthodon) üzerine bir araştırma

    HALİL MERT SOLAK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiZonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ OLEKSIY YANCHUKOV

    DR. JAKUB KREISINGER

  5. Tez No

    301316

    Dev memelerde süperomediyal pediküle dayalı meme küçültme tekniği

    Superomedially pedicled breast reduction in severe gigantomastia

    İBRAHİM KARACA BAŞARAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Plastik ve Rekonstrüktif Cerrahiİstanbul Üniversitesi

    Plastik Rekonstrüktif ve Estetik Cerrahi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RIFAT ATİLLA ARINCI

Geri Dön