Expression of ARID3B in breast cancer cell lines
ARID3B'nin meme kanseri hücre hatlarında ifade edilmesi
- Tez No: 383334
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 87
Özet
ARID, adenin ve timin bazlarınca zengin etki bölgesi, heliks sarmal yapıya sahip, DNA'ya sekansa ba˘glı ya da sekanstan ba˘gımsız yollarla ba˘glanabilen bir protein bölgesidir. ARID ailesi, bazı protozoalarda, alglerde, yüksek bitkilerde, mantarlarda ve metazoanlarda bulunmasına kar¸sın, arkelerde ve öbakterilerde görülmemektedir. ARID bölgesine sahip proteinler embriyonik geli¸sim, kromatin modifikasyonu ve hücre döngüsü kontrolü gibi çe¸sitli biyolojik süreçlerde görev almaktadır.ARID ailesi arasında, ARID3B evrimsel süreçte büyük ölçüde korunmu¸stur. Retinoblastoma proteinine ba˘glanan proteinlerle, farede bulunan Bright ile meyve sine˘ginde bulunan dead ringer proteinlere homologtur. ARID3B; histon metilasyonu, kromatin yapı de˘gi¸sikli˘gi, transkripsiyonel aktivasyon ve muhtemelen geli¸sim gibi çe¸sitli hücresel mekanizmalarda görev almaktadır. Bilinen görevlerinin yanında, ARID3B hücresel dönü¸süm ve tümor geli¸siminde rol oynadı˘gı bilinmektedir ve çe¸sitli kanserlerde regülasyonunun de˘gi¸sti˘gi gösterilmi¸stir. ARID3B ve meme kanseri arasındaki muhtemel ili¸ski grubumuz tarafından daha önce gösterilmi¸sti. Meme kanserinde tümor supresör olan mir-125b'nin ARID3B mRNA'sını hedefledi˘gi ve regülasyonunu inhibe etti˘gini göstermi¸stik. Bu çalı¸smada ise, ARID3B'nin meme kanserindeki rolünü, meme kanseri hücre hatlarındaki ekspresyonuna bakarak incelemeyi hedefledik.Laboratuvarımızda yürütülen ba¸ska bir çalı¸smada hasta örnekleri ile yapılan immunohistokimya sonucuna göre, ARID3B ve ER anlatımı arasında gösterilen pozitif ilişkiyi desteklemektedir. Bunun yanı sıra, immunohistokimya ile gösterilen ARID3B ve ERBB2 anlatımı arasındaki negatif ili¸ski, sonuçlarımızca desteklenmektedir. Bu gözlemleri mekanistik bir sonuca ba˘glayacak ve meme kanseri geli¸siminde önemini gösterecek çalı¸smaların yapılması da gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
The ARID, A-T Rich Interaction Domain, is a helix-turn-helix motif based domain which binds to DNA by both sequence-specific and non-sequence specific manners. The ARID protein family is found in protozoa, green algae, higher plants, fungi and metazoans, while it is not seen in archea or eubacteria. ARID domain harboring genes are involved in variety of biological processes including embryonic development, cell lineage gene regulation, chromatin modification and cell cycle control.ARID3B, a member of ARID family, is highly conserved throughout evolution. It is homologous to retinoblastoma binding proteins, mouse Bright and Drosophila dead ringer protein. ARID3B has several roles in cellular processes; histone methylation, chromatin structure modification, transcriptional activation and possibly in development. Given its known roles, ARID3B has been linked to cellular transformation and tumor progression, and was shown to be deregulated in various different cancers. A possible link between ARID3B and breast cancer was suggested by our group. We reported miR-125b, a tumor suppressor in breast cancers to target and downregulate ARID3B mRNA. In this study, we aimed to contribute to the efforts to better understand ARID3B function in breast cancers by analyzing its expression in breast cancer cell lines. Our results confirmed the immunohistochemistry (IHC) studies performed in our lab on patient samples where a positive correlation between ARID3B expression and ER positivity was detected. Interestingly, we also detected a negative correlation between ARID3B and ERBB2 positivity, also confirming the IHC studies. Future studies will be required to mechanistically confirm these observations and their significance in terms of breast carcinogenesis.
Benzer Tezler
- Functional characterization of two potential breast cancer related genes
Meme kanseri ile ilişkili iki genin fonksiyonel karakterizasyonu
SHİVA AKHAVANTABASİ
Doktora
İngilizce
2012
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. A. ELİF ERSON BENSAN
- Functional characterization of MicroRNA-125b expression in MCF7 breast cancer cell line
MikroRNA-125b ifadesinin MCF7 meme kanseri hücrelerinde fonksiyonel karakterizasyonu
SERKAN TUNA
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Bölümü
YRD. DOÇ. DR. A. ELİF ERSON BENSAN
- ARID3B expression in primary breast cancer samples
Primer meme kanseri örneklerinde ARID3B ekspresyonu
AYŞE SELCEN OĞUZ ERDOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Investigation of possible interaction between ARID3A, ARID3B, lncRNAs MALAT1 and NORAD in non-small cell lung cancer (NSCLC)
Küçük hücreli dışı akciğer kanserinde (KHDAK) ARID3A, ARID3B, lncRNA'lar MALAT1 ve NORAD arasındaki olası etkileşimin araştırılması
ŞEDİN NASUH
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Tıbbi BiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ABU SHAMEEM MD. SAADAT KHANDAKAR
PROF. DR. SİBEL OĞUZKAN BALCI
- Lncrna Erıcd'nin düzenlenmesinde arıd3a'nın rolü
Role of arid3A in the regulation of LNCRNA Ericd
MOHAMMAD KAIFEE ARMAN
Doktora
Türkçe
2017
GenetikGaziantep ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ECİR ALİ ÇAKMAK