An integrative data mining approach for microrna detection in human
İnsan mikrorna tespiti için bütünleştirici veri madenciliği yaklaşımı
- Tez No: 387154
- Danışmanlar: DOÇ. DR. JENS ALLMER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 50
Özet
MikroRNAlar (miRNA) uzunluğu yaklaşık 22 nükleotid olan, tek diziden oluşan ve genellikle kodlama özelliği olmayan küçük RNA'lardır ve gen ekspresyonunu posttranskripsiyonel seviyede, hedefleri olan mRNAların translasyonel baskılanması ve istikrarsızlaştırılması yoluyla kontrol ederler. Çeşitli türlerde yüzlerce miRNA tespit edilmesine rağmen, miRNAların büyük bir çoğunluğu hala bilinmiyor olabilir. Bu nedenle, yeni miRNA genlerinin keşfi, miRNA aracılığıyla düzenlenen transkripsiyon sonrası regülasyon mekanizmalarının anlaşılması için önemli bir adımdır. MiRNA genlerin belirlenmesi için ilk girişimlerin neredeyse tamamı endojen küçük RNA'ların yönlü klonlanmasına ve çok sayıdaki cDNA klonlarının yüksek verimli sıralanmasına dayalıdır. Ancak konvansiyonel ileri genetik tarama, klonlanmış ürünleri domine eden, yüksek miktarda sentezlenen ve/veya her yerde görülen miRNAlara karşı yanlı bir yöntemdir. Fakat bu tarz biyolojik yöntemler nadir miRNAların saptanmasında etkisiz kalmaktadır. İncelenen doku ve organizmanın içinde bulunduğu gelişimsel dönemlerin farklılıkları da bu yöntemleri sınırlandıran faktörlerdendir. Bu sınırlamalar, olası miRNAları in silico olarak bulmak için sofistike bilgisayar programlarının geliştirilmesine yol açmıştır. Ancak bir genomdaki muhtemel miRNAları tahmin etme amacıyla oluşturulan bu programlar, tahminlerini deneysel olarak doğrulamak için yeterli güveni garanti edebilecek kadar hassas ya da kesin olmaktan çok uzaklardır. Bu çalışma ile yeni ve hassas, makine öğrenimine dayalı bir yaklaşım geliştirerek insan genomundaki olası miRNAların tahmini ve tüm bu sorunların çözülmesi amaçlanmıştır.
Özet (Çeviri)
MicroRNAs (miRNAs) are single-stranded, small, usually non-coding RNAs of about 22 nucleotides in length, that control gene expression at the posttranscriptional level through translational inhibition, degradation, adenylation, or destabilization of their target mRNAs. Although hundreds of miRNAs have been identified in various species, many more may still remain unknown. Therefore, the discovery of new miRNA genes is an important step for understanding miRNA mediated post transcriptional regulation mechanisms. First attempts for the identification of novel miRNA genes were almost exclusively based on directional cloning of endogenous small RNAs and high-throughput sequencing of large numbers of cDNA clones. However, conventional forward genetic screening is known to be biased towards abundantly and/or ubiquitously expressed miRNAs that can dominate the cloned products. Hence, such biological approaches might be limited in their ability to detect rare miRNAs, and restricted to the tissues and the developmental stage of the organism under examination. These limitations have led to the development of sophisticated computational approaches attempting to identify possible miRNAs in silico. Nevertheless, the programs designed to predict possible miRNAs in a genome are not sensitive or accurate enough to warrant sufficient confidence for validating all their predictions experimentally. With this study, we aim to solve these problems by developing a new and sensitive machine learning based approach to predict potential miRNAs in the human genome.
Benzer Tezler
- Investigation of the candidate tumor suppressor gene CTCF using multi-omics data mining
CTCF aday tümör süpresör geninin multi-omik veri madenciliği ile araştırılması
ESRA DURSUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Biyoistatistikİstanbul Medipol ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KIVANÇ KÖK
- Neuroscience applications in the area of sustainability
Sürdürülebilirlik alanında nörobilim uygulamaları
TAMARA HUMMADI
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
NörolojiBahçeşehir ÜniversitesiSağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı
Dr. TİMUÇİN AVŞAR
- A framework for the embodiment of empathy in design education: Exploring empathic perspective-taking of design teachers in design conversations
Tasarım eğitiminde empatinin somutlaşması için bir çerçeve: Tasarım eğitmenlerinin tasarım konuşmalarındaki empatik bakış açılarını keşfetmek
PELİN EFİLTİ
Doktora
İngilizce
2024
Endüstri Ürünleri Tasarımıİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstriyel Tasarım Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KORAY GELMEZ
- Aksolotl kol rejenerasyonu alanında mikrobiyota ve transkriptom verisinin madenciliği vasıtasıyla yeni aday biyobelirteçlerin keşfi
Discovery of novel candidate biomarkers in the field of axolotl limb regeneration through mining of axolotl microbiota and transcriptome data
MUHAMMED MUSTAFA ÖGDÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Biyoistatistikİstanbul Medipol ÜniversitesiSağlık Sistemleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KIVANÇ KÖK
- Türkiye'de endüstriyel tasarımcıların hizmet tasarımı alanındaki konumu üzerine bir araştırma
A study on the position of industrial designers in the field of service design in Turkey
SANİYE FIŞGIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Endüstri Ürünleri Tasarımıİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Ürünleri Tasarımı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE HÜMANUR BAĞLI