Geri Dön

Allelik heterojenitenin gözlendiği kas distrofilerinin biyoenformatik araçlar kullanılarak araştırılması

Investigation of muscular dystrophies with allelic heterogeneity using bioinformatics tools

PDF İndir

  1. Tez No: 390286
  2. Yazar: AYŞE ECE ÇALI DAYLAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. PERVİN RUKİYE DİNÇER
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 114

Özet

Limb-girdle kas distrofileri (LGMD), pelvik ve omuz kuşağı proksimal kaslarının tutulumuyla başlayan ilerleyici kas dejenerasyonuyla karakterize, klinik ve genetik olarak heterojen bir hastalık grubudur. Otozomal resesif aktarılan LGMD (LGMD2) grubunda son yıllarda birçok yeni gen tanımlanmış olmasına rağmen, hala genetik tanısı konulamayan LGMD fenotipi gösteren hastalar mevcuttur. Bu durum, kas distrofisi fenotipine neden olacak yeni genlerin tanımlanması gerekliliğini ortaya koymaktadır. Gen tanımlama çalışmalarını takiben, gen ürünlerinin kas doku bütünlüğündeki işlevlerinin de araştırılması gerekmektedir. Hastalık seyrini değiştiren tedavi seçeneklerinin olmaması ve tanımlanan genlerin işlevlerinin halen tam olarak bilinmemesi nedeniyle LGMD2 çalışılması gereken bir hastalık grubudur. Gen işlevlerinin ve hastalık moleküler patogenezinin aydınlatılması, tedavi seçeneklerinin geliştirilmesine yardımcı olacaktır. Bu çalışma, allelik kas distrofilerinden biri olan disferlinopati patogenezinde rol alan temel hücre yolaklarını ve bu yolakların anahtar genlerini belirlemeyi amaçlamıştır. Bu amaçla, tez çalışmasında son yıllarda hızla gelişmekte olup, gelecekte biyomedikal alandaki araştırmaların rutin iş akışına girmesi hedeflenen ve literatürde gizlenmiş ilişkileri ortaya koyarak bilgi keşfi yapma avantajı sağlayan metin madenciliği yöntemi kullanılmıştır. Ayrıca disferlinopati ile ilişkili hücresel yolakların ve anahtar genlerin belirlenebilmesi için genlerin birlikte ifade edilme ağı analizi yönteminden yararlanılmıştır. Bu çalışmada, disferlinopati patogenezinin anahtar genlerinden biri olarak, yeni tanımlanmış ve işlevleri tam bilinmeyen kas distrofisi genlerinden TOR1AIP1 bulunmuştur. Bu durum, benzer transkripsiyon profiline sahip genlerin benzer işlevlerinin olması esasına dayanan guilt-by-association prensibinden yararlanarak, birlikte ifade edilme veri analizinin TOR1AIP1 geninin kasa özgü işlevinin tahmininde kullanılmasına olanak sağlamıştır. In silico gen işlev tahmini, protein dizi özelliklerini temel alarak proteinlerin aktif olduğu hücresel süreçleri tahmin eden protein analizi araçlarıyla desteklenmiştir. Bu çalışma, biyoenformatik yaklaşımla disferlinopati patogenezindeki temel yolakları belirlemiştir. Bu yolakların anahtar genlerini ortaya koyarak, disferlinopati için tedavi hedefi ya da biyobelirteç olabilecek genler saptanmıştır. Ayrıca TOR1AIP1 geninin, SMAD4 ilişkili sinyal yolağında rolü olabileceğini ileri sürmüştür.

Özet (Çeviri)

Limb-girdle muscle dystrophy (LGMD) is a clinically and genetically heterogeneous group of inherited muscle disorders characterized by progressive muscle degeneration predominantly in proximal muscles of shoulder and pelvic girdle. Despite numerous novel genes recently associated with autosomal recessively inherited LGMD (LGMD2), there are still LGMD patients without a defined genetic cause. This demonstrates the necessity to identify novel genes that can cause muscle dystrophy phenotype. Besides novel gene identification studies, it is necessary to study the roles of these gene products in muscle cell integrity. Since there is no treatment available that can alter the disease progression and that the cellular functions of novel genes are not known, LGMD2 is a disease group that needs further study. Revealing the gene functions and molecular pathogenesis of the disease will help design new treatment methods. This study aims to determine the cellular pathways and their key driver genes that play a role in the pathogenesis of dysferlinopathy, which is one of the allelic muscle dystrophies. Towards this purpose, text mining, which is a recently progressing field that can reveal information hidden in the literature and which is predicted to become the routine tool of biomedical research in near future, has been employed. In addition, in order to determine the cellular pathways and key genes related to dysferlinopathy, weighted gene co-expression network analysis has been used. A poorly characterized gene that has recently been associated with muscle dystrophy, TOR1AIP1, has been identified as one of the hub genes in dysferlinopathy pathogenesis. This enabled us to use co-expression network analysis in order to predict muscle specific functions of TOR1AIP1, based on guilt-by-association principle that states genes having similar expression profiles have similar functions. In silico gene function prediction is enriched by protein analysis tools that predicts biological processes in which the protein is active based on protein sequence features. This study has determined the main cellular pathways in dysferlinopathy pathogenesis using bioinformatics approach. By elucidating the key driver genes, possible therapeutic targets and biomarkers have been identified for dysferlinopathy. In addition, it is suggested that TOR1AIP1 may have a role in SMAD4 dependent signaling.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    334085

    Dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğu ile dopamin reseptör 4 ve dopamin taşıyıcı gen polimorfizmlerinin ilişkisi

    Association of DRD and DAT1 gene polymorphism with attention deficit hyperactivity disorder

    ALİ BACANLI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    GenetikEge Üniversitesi

    Çocuk Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EYÜP SABRİ ERCAN

    PROF. DR. Cahide AYDIN

  2. Tez No

    641249

    Dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğunda (DEHB), yavaş bilişsel tempo (YBT) semptomlarının dopaminerjik yolak ile ilişkisinin genetik açıdan incelenmesi

    Genetic analysis of sluggish cognitive tempo (SCT) symptoms with dopaminergic pathway in attention deficit hyperactivity disorder (ADHD)

    HİLMİ BOLAT

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    GenetikEge Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HALUK AKIN

  3. Tez No

    343589

    GbVe geninin allelik varyasyonu ve pamuk (Gossypium barbadense L.) bitkisinden izolasyonu

    Allelic variation of gbve gene homolog and its isolation from cotton (Gossypium barbadense L.)

    AYSEL ÖZGÜL ŞİŞMAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Biyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YÜKSEL BÖLEK

  4. Tez No

    236952

    MEFV geninde allelik ifadenin kantitasyonu

    Quantitation of the allelic expression for MEFV gene

    MELEK EMİNE UÇAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Tıbbi BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ENGİN YILMAZ

  5. Tez No

    82441

    Allelic variation of the HLA-DQA1 and DQB1 genes in Turkish population

    Türk populasyonunda HLA-DQA1 ve DQB1 genlerinin allelik dağılımı

    NALAN KANTAROĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    1999

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MERAL KENCE

Geri Dön