NOTCH3 C381T VE G684A polimorfizmlerinin akciğer kanseri ile ilişkisinin belirlenmesi
Determining association of C381T and G684A polymorphisms in NOTCH3 gene with lung cancer
- Tez No: 396494
- Danışmanlar: PROF. DR. İRFAN DEĞİRMENCİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Eskişehir Osmangazi Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 69
Özet
Akciğer kanseri hava yolu epitel hücrelerinin kontrolsüz çoğalması sonucu oluşan bir hastalıktır. 20. yüzyılın başlarında nadir görülen bir hastalık iken günümüzde en sık görülen kanser tiplerinden biridir ve erkeklerde ölüm nedenlerinin başında gelmektedir. Kalıtsal faktörlerin akciğer kanseri gelişimindeki rolü araştırılmış, birinci derece akrabalarında kanser görülen kişilerde akciğer kanseri riskinin 2.4 kat arttığı gösterilmiştir. Bu nedenle akciğer kanserinin gen polimorfizmleri ve mutasyonlarla ilişkisinin belirlenmesi hastalığın erken prognozunda önem taşımaktadır. Akciğer kanseri oluşumu büyüme, farklılaşma, çoğalma, apoptoz gibi hücresel aktiviteleri düzenleyen proteinlerin bozulması veya bu proteinleri kodlayan genlerdeki mutasyonlardan dolayı proteinlerin işlevini yitirmesi ile ilişkilendirilmiştir. Notch sinyal yolağı, gelişim döneminde hücre kaderinin belirlenmesinde rol oynayan bir mekanizmadır. Notch organ oluşumu ve morfogenezde çeşitli görevler üstlenenerek çoğalma, farklılaşma ve apoptozu etkiler. Son çalışmalar notch sinyalinin hücre çoğalması ve farklılaşması ile apoptotik olaylarda rol oynadığı kanıtlanmıştır. Ayrıca kanserli hücrelerde notch aktivasyonunun anormal hücre çoğalmasına neden olduğu görülmüştür. İnsanlardaki kalıtsal genetik değişiklikler, DNA hasarının onarım kapasitesini etkileyen polimorfik/genetik değişiklikler ve insersiyon/delesyon gibi moleküler değişimler kanser riskini artırabilen başlıca genetik faktörlerdir. Genomda binlerce aday polimorfik gen bulunmaktadır ve bu farklılıkları taşıyan kişiler hastalıkların gelişimine daha duyarlıdırlar. Bireyler arasındaki genetik varyasyonların hastalıklarla ilişkisinin belirlenmesine yönelik çalışmalar giderek artmaktadır. Bu çalışma akciğer kanseri hastalarında NOTCH3 C381T ve A684G polimorfizmlerinin sıklığını belirleyerek, akciğer kanseri gelişiminde genetik yatkınlık yönünden ilişkili olup olmadığını araştırmak amacıyla planlandı. Çalışmada; akciğer kanseri tanısı konan 100 hasta ve 100 sağlıklı bireyden alınan venöz kan örneklerinden DNA izolasyon kiti kullanılarak elde edilen genomik DNA analiz edildi. PCR metodu ile NOTCH3 geni C381T ve A684G bölgeleri ilgili primerler kullanılarak çoğaltıldı. Bu örnekler NOTCH3 ürünü için %3'lük agaroz jel elektroforezinde yürütülerek, CCD (Charge Coupled Device) kamera ile değerlendirildi. Çalışma sonunda , NOTCH3 geni C381T ve A684G polimorfizmleri için hasta ve kontrol grupları genotip ve alel frekansları bakımından değerlendirildiğinde istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık tespit edilmiştir. Akciğer kanseri hastalarında C381T polimorfizmi açısından, %73 C aleli ve %27 T aleli bulunurken, kontrol grubunda; %61,5 C aleli, %38,5 T aleli tespit edilmiştir. Genotipler açısından değerlendirildiğinde, akciğer kanseri hastalarında %46 CC genotipi, %54 CT genotipi belirlenirken, kontrol grubunda %25 CC genotipi, %2 TT genotipi, %73 CT genotipi belirlenmiştir. Yine, akciğer kanseri hastalarında A684G polimorfizmi açısından, %52 A aleli ve %48 G aleli bulunurken, kontrol grubunda; %66,5 A aleli, %33,5 G aleli tespit edilmiştir. Genotipler açısından değerlendirildiğinde, akciğer kanseri hastalarında %9 AA genotipi, %5 GG genotipi, %86 AG genotipi belirlenirken, kontrol grubunda %39 AA genotipi, %6 GG genotipi, %55 AG genotipi belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Lung cancer is a disease caused by uncontrolled proliferation of airway epithelium cells. It is one of the most common types of cancer nowadays, while it was a rare disease in the early 20th century. It is the leading cause of death in men. It has been investigated the role of hereditary factors in the development of lung cancer and established increasing risk of lung cancer in patient's first-degree relatives by 2.4 times. Therefore determination of association with gene polymorphism and mutation of lung cancer is important in prognosis. Lung cancer assosiated with degradation of proteins which regulate cellular activities such as cell growth, differentiation, proliferation and apoptosis or the loss of function of proteins due to mutations in the genes which express these proteins. Notch signaling pathway is a mechanism which plays role in determination of cell fate during cell development. Notch plays role in organogenesis and morphogenesis and effects on cell differentiation, proliferation, apoptosis. Also, investigations are shown that notch activation causes abnormal proliferation in cancer cells. Heritable genetic defects, polymorphisms, molecular changes such as insertion/deletion are major factors that may increase the risk of cancer. There are thousands of candidate polymorphic genes in the genome and people carrying these differences in their genome are more susceptible to the development of diseases. Thus, it is necessary to focus more research on this subject. This study was designed to determine frequency of NOTCH3 C381T and A684G polymorphisms and planned to investigate whether this gene associated with genetic predisposition of development of lung cancer or not. In this study, venous blood samples were obtained from 100 patients with lung cancer and 100 healthy subjects and genomic DNA was isolated by using DNA isolation kit. NOTCH3 gene C381T and A684G regions were amplified with polymerase chain reaction (PCR) method by using suitable primers. PCR products were seperated by 3% agarose gel electrophoresis and visualized by a charge-coupled device (CCD) camera. At the end of the study, between patient and control groups for NOTCH3 gene C381T and A684G regions was found statistically significant difference when evaluated in terms of genotype and allele frequencies. The allele distributions were: patients with lung cancer, C 73%, T 27%; controls C 61,5%, T 38,5%. The genotype distributions were: patients lung cancer, CC 46%, CT %54; controls CC 25%, TT 2%, CT 73%. The allele distributions were: patients with lung cancer, A 52%, G 48%; controls A 66,5%, G 33,5%. The genotype distributions were: patients with lung cancer, AA 9%, GG %5, AG %86; controls AA 39%, GG 6%, AG 55%.
Benzer Tezler
- Subkortikal enfarkt ve lökoensefalopati ile giden serebral arteriyopati (cadasıl/carasıl) hastalığı ile ilişkili notch3 ve htra1 gen mutasyonlarının araştırılması
Investigation of the notch3 and htra1 gene mutations in cerebral arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy (cadasil/ carasil)
BURCU RÜSTEMOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Genetikİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA OYA UYGUNER
DR. GÜVEN TOKSOY
- The role of NOTCH3 signaling in T helper cell differentiation and induction of EAE
Başlık çevirisi yok
FURKAN AYAZ
- The identification of the mechanisms of LRBA deficiency dependent defects in regulatory T-cell function
Düzenleyici T-hücre fonksiyonunda LRBA eksikliğine bağlı hataların mekanizmalarının belirlenmesi
PEGAH ZAHEDIMARAM
Doktora
İngilizce
2022
BiyolojiSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SELİM ÇETİNER
- Role of environmental factors in mesenchymal stem cell biology
Çevresel faktörlerin mezenkimal kök hücre biyolojisi üzerindeki rolü
SİNAN GÜLTEKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAMİL CAN AKÇALI
- HT-29 hücre hattında epigallokateşin gallat ve 5- florouracil (5-FU)'nun notch sinyal yolağı reseptörleri, transkripsiyon faktörleri, kaspaz3/7 üzerine etkisi
Effect of epigallocatechin gallate and 5-fluorouracil (5-FU) on notch signaling pathway receptors, transcription factors, caspase3/7 in HT-29 cell line
IŞILSU ÇAĞLAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
GenetikBaşkent ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUNUS KASIM TERZİ
DOÇ. ÖZGE KAHRAMAN ILIKKAN