The identification of the mechanisms of LRBA deficiency dependent defects in regulatory T-cell function
Düzenleyici T-hücre fonksiyonunda LRBA eksikliğine bağlı hataların mekanizmalarının belirlenmesi
- Tez No: 761606
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET SELİM ÇETİNER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 142
Özet
Primer immün yetersizlik (PİY) sendromları tekrar eden enfeksyonlara neden olan hastalık grubudur. lipopolysaccharide-responsive beige like anchor protein (LRBA) proteinini kodlayan gendeki foksiyon kaybı mutasyonlarının otoimünite ile ilişkilendirilmiş PİY sendromlarına neden olduğu belirlenmiştir. LRBA molekülünün CTLA-4 proteininin hücre yüzeyindeki ifadesini kontrol ettiği belirlenmiştir. CTLA-4 proteini yanında LRBA proteininin epidermal büyüme faktörü reseptörü (EGFR) ve FasL proteinlerinin hücre yüzeyinde ifade edilmesini kontrol ettiği bilinmektedir. Bu çalışmanın ana hedefi T lenfositlerde LRBA eksikliğinin yol açtığı bozukluların keşfidir. Bu amaç ile Jurkat T lenfosit lösemi hücre hattı model olarak kullanılmış ve CRISPR/Cas9 sistemi aracılığı ile LRBA proteini bu hücrelerden silinmiştir. Mutant ve yabanıl tip Jurkat hücrelerinin yüzeyde ifade ettiği proteinlerdeki değişiklikler yüzey biyotinilasyonu ve kütle spektrometresi ile analiz edilmiştir. LRBA ifade etmeyen hücrelerin yüzeylerinde CD3, CD4, PVRIG, NOTCH3, CD1d, ve Sema7A proteinlerinin azaldığı ve CD53, CD148, CD154, CD134, A33, ve CD70 proteinlerinin de arttığı belirlenmiştir. LRBA kaybında CD3 ve CD4 proteinlerinin azalması en önemli fark olarak ortaya çıkmaktadır. Beklenildiği gibi endojen CTLA-4 proteininin yüze ifadesi de mutant hücrelerde azalmaktadır. Ek olarak CTLA-4 proteininin mutant hücrelerde yüksek seviyede eksojen olarak ifadesi, CTLA-4 yüzey seviyelerini yabanıl tip hücrelerdeki seviyeye ulaştıramadığı da gözlemlenmiştir. Bu bulgu LRBA kaybının dominan bir fenotip olduğunu göstermektedir. Bu çalışma LRBA proteininin alternatif hedeflerini keşfetmiş ve CTLA-4 yüzey ifadesinin mekanizmasını ortaya çıkarmıştır. Yeni LRBA hedeflerinin bulunması bağışıklık sistemi bozukluğu hastalıklarının teşhis ve tedavisinde kullanılabilecektir.
Özet (Çeviri)
Primary immunodeficiencies are a very diverse group of disorders characterized by recurring infections. Loss of function mutations in the gene encoding LRBA (lipopolysaccharide-responsive beige like anchor protein) were recently identified to cause PID which is associated with autoimmunity. Several studies have shown that the LRBA molecule regulates CTLA-4 cell surface expression. Besides CTLA-4, LRBA has been claimed to have an effect on the vesicular trafficking of epidermal growth factor receptor (EGFR) and cell surface expression of FasL in the plasma membrane. In this study, the main objective was to discover the defects caused by LRBA deficiency in T-cells. For this purpose, the Jurkat leukemic T-cell line was used as the model cell line and the CRISPR/Cas9 system was used to knock-out (KO) this protein in the Jurkat cell line. The differentially expressed proteins on the surface of WT and KO Jurkat cells were assessed by the means of cell surface biotinylation coupled with mass spectrophotometry (MS) analysis. CD3, CD4, PVRIG, NOTCH3, CD1d, and Sema7A were found to be downregulated and CD53, CD148, CD154, CD134, A33, and CD70 to be upregulated in LRBA negative cell lines. We identify the decrease in CD3 and CD4 seemed to be most significant and relevant to the loss of LRBA. As expected, endogenous CTLA-4 expression was also decreased in our LRBA KO cell lines. Additionally, CTLA-4 protein overexpression could not rescue CTLA4 expression to WT levels in LRBA KO Jurkat cell lines indicating the dominant phenotype obtained by LRBA loss. This study identifies alternative targets of the LRBA protein and delineates the mechanism of surface CTLA4 expression, potentially identifying new targets that can be used to cure immunodeficiencies resulting from LRBA loss.
Benzer Tezler
- Mechanistic dissection of the centriole duplication and ciliogenesis proximity interaction maps
Sentriyol duplikasyonu ve sil biyogenezi proksimite etkileşim haritalarının aydınlatılması
EFRAİM CULFA
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF NUR FIRAT KARALAR
- The regulation of the CXXC5 gene expression
CXXC5 gen ekspresyonunun düzenlenmesi
PELİN YAŞAR
Doktora
İngilizce
2021
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT MUYAN
- Sensonsche, mikrobiologiscne, chemische und chemisch-physikalische Untersuchungen zur Haltbarkeit be-und verarbeiteter Sißwasserfische
Başlık çevirisi yok
FATMA ARIK
Doktora
Almanca
2000
BiyolojiLudwig-Maximilians Universität MünchenBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FRANZ FIEDLER
PROF. DR. A. STOLLE
PROF. DR. MATHIAS VON LUKOWICZ
- Kolistin dirençli klebsiella pneumoniae izolatlarında plazmid aracılı direnç mekanizmalarının araştırılması
Investigation of plasmid mediated resistance mechanisms in colistin resistant klebsiella pneumoniae isolates
FATMA ERDOĞAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiZonguldak Bülent Ecevit ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FÜSUN CÖMERT
- Service public improvement in Gabon
Gabon'da kamu hizmetlerinin iyileştirilmesi
CLAUDIA LUCIA NFOULA ENGUIE
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Kamu YönetimiTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiKamu Yönetimi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HAFIJUR RAHMAN