Metaloproteinlerin biyoenformatik analizi
Bioinformatic analysis of metalloproteins
- Tez No: 398860
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HASAN OĞUL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Başkent Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 52
Özet
Protein içerisinde bulunan metal iyonları proteinlerin fonksiyonel görevlerini yerine getirebilmesi, yapısı ve kararlılığı için önem arz etmektedir. Bu sebeple, proteinler üzerinde metal ile bağlanma noktalarının yüksek performans ile tespiti çok önemlidir. Bu çalışma ile Sistein ve Histidin aminoasitlerinin protein dizilimlerini üzerinden metal ile bağlanma durumunu tahminleyen bir çalışma sunulmaktadır. Dört ayrı yöntem belirtilen amaç doğrultusunda kullanılmıştır. Bunlar; Destek Vektör Makinaları, Naive Bayes, Değişken uzunluklu Markov Zincirleri ve Smith Waterman algoritmasının bir sınıflandırıcı gibi kullanılmasıdır. Yukarda belirtilen bütün metotlar bu sınıflandırmayı sadece protein dizilim bilgisi üzerinden gerçekleştirilmiştir. Farklı birçok öznitelik vektörü oluşturulmuş ve bunların sonuçlara olan etkisi gözlemlenmiştir. Bu çalışma ile metal bağlanma noktaları %35 duyarlılık ve %75 anma değerleriyle Naive Bayes kullanarak, %25 duyarlılık ve %23 anma değerleriyle Destek Vektör Makinaları kullanarak, %0.05 duyarlılık ve %60 anma değerleriyle Değişken uzunluklu Markov zincirleri kullanarak ve çok düşük seçicilik performansı ile Smith Waterman algoritması kullanarak tahminlenebilmiştir. Bu çalışmalar sonrasında, seçilen öznitelik vektörlerinin sonuçlara önemli etkiler yaptığı gözlemlenmiştir. Aynı zamanda elde edilen sonuçlar Naive Bayes yönteminin bu alanda rekabetçi sonuçlar ürettiğini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Metal ions in protein are critical to the function, structure and stability of protein. For this reason, accurate prediction of metal binding sites in protein is very important. Here, we present our study which is performed for predicting metal binding sites for histidines (HIS) and cysteines from protein sequence. Four different methods are applied for this task: Support Vector Machine (SVM), Naive Bayes, Variable-length Markov chain and Smith Waterman Algorithm. All these methods use only sequence information to classify a residue as metal binding or not. Several feature sets are employed to evaluate impact on prediction results. We predict metal binding sites for mentioned amino acids at 35% precision and 75% recall with Naive Bayes, at 25% precision and 23% recall with Support Vector Machine and at 0.05% precision and 60% recall with Variable-length Markov chain, at very low performance with Smith Waterman Algorithm. We observe significant differences in performance depending on the selected feature set. The results show that Naive Bayes is competitive for metal binding site detection.
Benzer Tezler
- Mapping of the electronic structure of metalloproteins onto multi-orbital Anderson model using the density functional theory
Yoğunluk fonksiyoneli teorisini kullanarak metaloproteinlerin elektronik yapısının çok yörüngeli Anderson modeli çerçevesinde betimlenmesi
ZAFER KANDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEJAT BULUT
PROF. DR. RAMAZAN TUĞRUL SENGER
- Quantum Monte Carlo study of the multi-orbital anderson model ıncluding the (SU2) ınvariant hund's coupling
SU(2)-değişmez hund etkileşimi içeren çok-orbitalli anderson modelinin kuantum Monte Carlo çalışması
GÖKHAN ÖZTARHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEJAT BULUT
- Çinko nanotanecik içeren polimer nanokompozit malzeme üretimi ve karakterizasyonu
Fabrication and characterization of polymer nanocomposite materials incorporated zno nanoparticles
ALEV AKBAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SADRİYE KÜÇÜKBAYRAK OSKAY
- Subaraknoid kanamada vazospazm takibinde Matriks Metalloproteinaz 9 seviyesi
The affect of serum MMP-9 levels at the management of vasospasm due to Subarachnoid hemorrhage
AYKUT AKPINAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
NörolojiSağlık BakanlığıBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
DR. BÜLENT TİMUR DEMİRGİL
- Sık eritrosit transfüzyonu yapılan prematürelerde serum ferritin düzeylerinin erken süt çocukluğu dönemine kadar takibi
Başlık çevirisi yok
DİLEK KÖKÇÜ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık BakanlığıÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
UZMAN SULTAN KAVUNCUOĞLU