Geri Dön

Bakla (Vicia faba) bitkisinde mikrorna ve hedeflerinin in silico yöntemlerle araştırılması

In silico analysis micrornas and their targets in faba bean (Vicia faba)

PDF İndir

  1. Tez No: 405241
  2. Yazar: DİLEK KOPTEKİN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. LALE AKTAŞ, PROF. DR. CEMAL ÜN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Botanik, Genetik, Biology, Botany, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 136

Özet

mikroRNA (miRNA)'lar ökaryotik hücrelerde bulunan, endojen, kodlama yapmayan, ortalama 21 nükleotid uzunluğunda kısa RNA'lardır. Şimdiye kadar, deneysel ve bilgisayar temelli yaklaşımlarla birçok bitkide tanımlanmış olan işlevsel miRNA'lar, mRNA yıkımını yönlendirerek veya translasyonu baskılayarak; bitki büyümesi, gelişmesi ve strese verilen cevaplarda önemli rol oynarlar. Fakat, insan ve hayvan beslenmesinde önemli bir protein kaynağı olarak yaygın kullanılan bakla bitkisine (Vicia faba) ait herhangi bir miRNA bugüne dek tanımlanmamıştır. Bu çalışmanın amacı; korunmuş bitki miRNA'larını bakla bitkisinde homoloji analizi ile tanımlamaktır. Bilgisayar temelli bir yaklaşım olan EST temelli homoloji analizi kullanılarak, 143 miRNA gen ailesine ait olası 262 bakla miRNA'sı; 20697 ifade edilen dizi etiketi (EST) ve 577 genom araştırma dizisi (GSS) kullanılarak tanımlanmıştır. Olası miRNA'lar; miRNA ikincil yapısı ve miRNA biyogenezi kriterlerine uygun bir şekilde belirlenmiştir. Bunun yanı sıra, bakla EST'leri kullanılarak olası miRNA'ların hedef tahmini yapılmış ve bu EST'lerin bazılarının gelişim, metabolizma, taşınım, sinyal iletimi ve stres cevabı gibi birçok önemli biyolojik süreci düzenleyen genlerden kodlandığı tahmin edilmiştir. Bu çalışmanın sonuçları; gelecekte yapılacak miRNA çalışmalarında ve bakla bitkisinde miRNA'ların rol oynadığı biyolojik süreçler ile bu süreçlerin altında yatan moleküler mekanizmanın anlaşılmasına katkı sağlayacaktır.

Özet (Çeviri)

microRNAs (miRNAs) are a class of endogenous, non-coding short RNAs, around 21 nucleotides (nt) in length found in eukaryotic cells. To date, they are identified in several plants through experimental and computational approaches where they play important roles in growth, development and stress responses by guiding mRNA cleavage or by repressing translation. However, not a single miRNA has been identified in faba bean (Vicia faba) up till now, which is an important source of protein widely used for human and animal nutrition. The aim of this study is to identify conserved plant miRNAs in faba bean by using homology analysis. 262 candidate miRNAs belonging to 143 miRNA families in faba bean from 20697 expressed sequence tags (EST) and 577 genome survey sequences (GSS) have been found through computational identification of miRNAs using EST based homology analysis approach. All candidate miRNAs were recognised following the miRNA criteria of secondary structure and biogenesis. Moreover, potential targets of these candidate miRNAs were predicted from faba bean ESTs, some of which seem to encode genes in regulation several important biological processes such as development, metabolism, transport, signal transduction and stress response. The results of this study will contribute to further research on miRNAs, leading to an improved understanding of the role miRNAs play in biological processes and the underlying molecular mechanisms of faba bean.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    33836

    Baklada ( Vicia faba L.) Ekim zamanı ve bitki sıklığının, verim ile verim komponentlerine etkisi

    Effect of saving dates and plant densities of broad beans ( vicia faba L.) on yield and yield components

    NESRİN ŞIKCA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1994

    ZiraatUludağ Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEDİME AZKAN

  2. Tez No

    285006

    Bakla (Vicia faba L.) bitkisinde doku kültürü çalışmaları

    Tissue culture studies in broad bean (Vicia faba L.)

    GÜLDEN ÇETİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    ZiraatAnkara Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KHALİD MAHMOOD KHAWAR

  3. Tez No

    533759

    Şanlıurfa koşullarında bakla (Vicia faba L.) bitkisinde farklı sıra arası ve sıra üzeri mesafelerinin verim ve kaliteye etkisi

    The effect of different range and ray distances on the yield and quality of broad beans (Vicia faba L.) in conditions of Sanliurfa province

    RAHİME DEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA ÇÖLKESEN

  4. Tez No

    534346

    Nohut (Cicer arietinum L.), bakla (Vicia faba L.) ve bezelye (Pisum sativum L.)'de besin elementlerinin verim ve verim unsurları üzerine etkisi

    The effect of plant nutrients on the yield and yield components on the chickpea (Cicer arietinum L.), bean (Vicia faba L.) and pea (Pisum sativum L.)

    SEVGİ SAYLAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    ZiraatDicle Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BEHİYE TUBA BİÇER

  5. Tez No

    233504

    Hümik asitin Vicia faba L. (bakla)'da fide gelişimine ve alüminyum toksisitesine etkisinin belirlenmesi

    The determination of the effect of humic acid on the development of Vicia faba L. (broad bean) seedling and aluminum toxicity

    TAMER BÜYÜKKESKİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    BiyolojiMarmara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MERAL ÜNAL

    YRD. DOÇ. DR. ŞENER AKINCI

Geri Dön