Modeling the selectivity, catalytic and binding effects in organic reactions and protein environment
Organik reaksiyonlarda ve protein ortamında seçiciliğin, katalitik ve bağlanma etkilerin modellenmesi
- Tez No: 409203
- Danışmanlar: PROF. DR. VİKTORYA AVİYENTE, DOÇ. DR. ALİMET SEMA ÖZEN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 167
Özet
Bu tezde kuantum kimyasal yöntemlerle, özellikle yoğunluk fonksiyoneli teorisi kullanılarak, malzeme kimyası, organik kimya ve biyokimya gibi kimyanın çeşitli alanlarında seçicilik, katalitik ve bağlanma etkileri ile ilintili konular ele alındı. Fotolüminesan polimerlerin analit maddelere seçiciliği polimer ve analit komplekslerinin modellenmesi ile incelendi. Polimerlerin ve analitlerle oluşturdukları komplekslerin optoelektronik özelliklerinin, bu polimerlerin floresans sönümlenmesine dayalı patlayıcı tespit mekanizmalarına olan etkileri araştırıldı. Kınakına alkaloidlerinin katalizlediği mezo-siklik anhidritlerin asimetrik desimetrizasyon tepkimelerinde mekanizma ve seçicilik incelendi. Baz kataliz mekanizmasının bu tepkimelerde etkili olduğu gösterildi. Kınakına alkaloid katalizörlerinin geçiş konumundaki oksianyonun stabilizasyonu ile ilgili konumunun stereoseçiciliğe neden olduğu gözlemlendi. Ag(I)-bipiridin tarafından katalizlenen ftalazin ve siloksi alkinin ters elektron akışı Diels-Alder tepkimeleri modellendi ve Ag(I)-bipiridin'in katalitik önemini anlamak üzere reaksiyon sürecindeki eşik enerjileri katalizörsüz siklik katılım tepkimeleri ile karşılaştırıldı. Ag(I)-bipiridin katalizörünün orbitaller arası enerji farkını düşürerek dienofilin HOMO ve dienin LUMO etkileşimini kolaylaştırdığını gösterildi. Demir bağlayan transferin proteinin de demir bağlama-bırakma mekanizmaları küçük küme modelleri üzerinden incelendi. Olası demir salınımı yolları modellerinin termodinamik kararlılıkları kıyaslanarak değerlendirildi.
Özet (Çeviri)
In this dissertation, quantum chemical tools, in particular density functional methods are used to address problems related with the selectivity, catalytic and binding effects in different fields of chemistry, such as materials science, organic chemistry and biochemistry. The selectivity of photoluminescent polymers towards analytes in the explosive detection field has been investigated by modelling the complexes between the polymers and analytes. The simulated optoelectronic properties of the polymers and their complexes with the analytes highlighted the detection mechanism based on fluorescence quenching. The mechanism and selectivity in the asymmetric desymmetrization of meso-cyclic anhydrides induced by cinchona alkaloids have been investigated and base catalysis mechanism has been shown to operate in these reactions. The origins of stereoselectivity have been attributed to the spatial arrangement of the cinchona alkaloid catalyst in the transition state of asymmetric desymmetrization reaction related with the oxyanion stabilization. The inverse electron demand Diels-Alder reaction of phthalazine and siloxy alkyne activated by Ag(I)-bipyridine catalysis have been modeled and the barriers are compared with the uncatalyzed cycloaddition reaction to highlight the catalytic effect of Ag(I)-bipyridine. It has been shown that the primary role of Ag(I)-bipyridine catalyst in an inverse electron demand Diels-Alder reaction is to facilitate the overlap between HOMO of the dienophile and LUMO of the diene by reducing the energy gap. The iron binding-release mechanisms have been investigated in the cluster models of transferrin, iron binding protein. Possible routes for iron release are evaluated on the basis of the thermodynamic stabilities of the models.
Benzer Tezler
- Rh (I) katalizörlüğünde gerçekleşen regıodıvergent azit-alkin halka katılma tepkimesinin modellenmesi
Modelling of Rh (I) catalyzed regidovergent azide-alkyne cycloaddition reaction
SUDE AYIK ERDEM
- Demir ve alüminyum oksitlerle yüzey özellikleri geliştirilen zeolitler ile arsenik adsoprsiyonunun incelenmesi
An investigation of arsenic adsoorption using zeolites improved surface properties by doping iron and aluminum oxides
ESRA BİLGİN ŞİMŞEK
Doktora
Türkçe
2013
Kimya MühendisliğiYıldız Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÜLKER BEKER
- In silico design of hERG non-blocker compounds with retained pharmacological activity using multi-scale molecular modeling applications
hERG bloker olmayan farmakolojik aktivitesi korunmuş bileşiklerin çok boyutlu moleküler modelleme uygulamaları ile in siliko tasarımı
GÜLRU KAYIK
Doktora
İngilizce
2017
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURCAN TÜZÜN
DOÇ. DR. SERDAR DURDAĞI
- In silico designing of isoform-selective inhibitors against class IIA histone deacetylases
Sınıf IIA hıston deasetilazlarına karşı ısoform seçici inhibitörlerin in siliko tasarımı
AMMAR DAWOUD AHMED MAHMOUD ELMEZAYEN
Doktora
İngilizce
2021
BiyolojiKadir Has ÜniversitesiBiyoinformatik ve Genetik Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. KEMAL YELEKÇİ
- Targeting cancer epigenetic modifiers: The design of isoform-selective histone deacetylase inhibitors
Kanser epigenetik modifiye edicilerin hedeflenmesi: İzoforma özel seçimli histon deasetilaz inhibitör dizaynı
ABDULLAHİ İBRAHIM UBA
Doktora
İngilizce
2018
BiyokimyaKadir Has ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ