Geri Dön

Thermus Scotoductus K6' Dan İzole Edilen Yeni, Kriptik, Küçük, Çok Kopyali Bir Plazmitin (pHIG22) Fonksiyonel Analizi

Functional Analysis Of A Novel, Cryptic, Small And Multicopy Plasmid (pHIG22) From Thermus Scotoductus K6

PDF İndir

  1. Tez No: 413502
  2. Yazar: HALİL İBRAHİM GÜLER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 184

Özet

Bu çalışmada, Thermus scotoductus K6 bakterisinden izole edilen ve tanımlanan, 2222 bp uzunluğunda,yeni, kriptik, küçük, çok kopyalı, çift zincir, % 62,78 GC içerikli yeni bir plazmit (pHIG22) karakterize edildi ve fonksiyonel analizi yapıldı. pHIG22 plazmitinin 387. bazı ile 614. bazı arasında kalan 2012 bp'lik bölgenin replikasyondan sorumlu minimal replikonu olduğu belirlendi. TEM analizleri ile plazmitin“Teta”tip replikasyon moduna sahip olduğu, replikasyon orijininin 46. baz ile 239. baz (BamHI kesim bölgesi '0' noktası kabul edildiğinde ve ters oryantasyonda) arasındaki bölge olduğu tespit edildi. pHIG22'nin her iki zincirinden transkript kodlandığı belirlendi. RACE ve LACE analizleri sonucunda, Transkript 1'in 1622 bp büyüklükte (329-1950), Transkript 2'ninde 1712 bp büyüklükte (2103-329) olduğu tespit edildi. Transkriptlerin proteine dönüşüp dönüşmediğinin belirlenmesi için yapılan çalışmalarda; SDS-PAGE, Zimogram, 2D jel analizi ve MALDI-TOF/TOF analizleri sonucunda transkriptlerin herhangi bir protein kodlamadığı sonucuna varıldı. Transkriptlerin düzenleyici bölgeleri incelenerek, her iki zincirde promotör diziler olduğu belirlendi. E.coli suşlarında replike olmadığı belirlenen pHIG22'nin T. scotoductus K6 bakterisindeki kopya sayısı Real-time qPCR tekniği ile 148 olarak hesaplandı. pHIG22 minimal replikonu ve farklı DNA parçaları kullanılarak, E.coli-Thermus suşlarında replike olabilen pUCHIGK shuttle klonlama vektörü ve pHIGKE2 shuttle ekspresyon vektörü dizayn edildi.

Özet (Çeviri)

In this study, a small, novel, cryptic, multicopy and double strand plasmid (pHIG22) which has 2222 bp in long and with a total G + C content of 62,78 from Thermus scotoductus K6 was characterized and functionally analyzed. A 2012 bp region among 387 and 614 bp of pHIG22 was determined as minimal replicon of plasmid. Replication mode of pHIG22 was identified as 'Teta' and rep origin of it was determined as a region among 46 and 239 (BamHI recognition site is accept as '0' point) bp by TEM analysis. Two transcripts were detected from the both strands of pHIG22. According to RACE and LACE analysis results, Transcript 1 (329-1950) and Transcript 2 (2103-329) were determined 1622 bp in long and 1712 bp in long, respectively. Analysis of SDS-PAGE, Zimogram, 2D gel analysis and MALDI-TOF/TOF analysis show that transcripts do not encode any proteins, and these studies were performed to understand that transcripts whether encode or not encode proteins. The regulator regions of transcripts were investigated and promotor sequences were detected on both strands. The copy number of pHIG22, which has no ability to replicate in E.coli strains, in T. scotoductus K6 was calculated as 148 by using Real-time qPCR technique. pUCHIGK shuttle cloning vector and pHIGKE2 shuttle expression vector, which can replicate in E.coli-Thermus strains, were constructed by using pHIG22 minimal replicon and various DNA fragments.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    202086

    Ege bölgesindeki çeşitli sıcak su kaynaklarından thermus genusu bakterilerin izolasyonu, moleküler yöntemlerle identifikasyonu ve ß-galaktosidaz aktivitesinin saptanması

    Isolation and identification of the genus thermus from various hot springs in aegean region by molecular biology methods and determination of ß-galactosidase activity

    NERMİN SARIGÜL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    BiyomühendislikEge Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RENGİN ELTEM

  2. Tez No

    76483

    Cloning and expression of TaqI restriction endonuclease gene using pmal-c2 vector system in different straints of escherichia coli

    TaqI restriksiyon endonükleaz geninin pmal-c2 vektör sistemi kullanılarak değişik escherichia coli suşlarında klonlanması ve ekspresyonu

    ELİF ÖZKIRIMLI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1998

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. BETÜL KIRDAR

  3. Tez No

    285379

    Thermus sp. K6' dan yeni, kriptik, küçük, çok kopyalı bir plazmitin (pHIG22) izolasyonu ve kısmi karakterizasyonu

    Isolation of a novel, cryptic low molecular-weight, multicopy plasmid, pHIG22, from Thermus sp. K6 and its partial characterization

    HALİL İBRAHİM GÜLER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ

  4. Tez No

    65117

    Cloning of thermostable glucose isomerase of thermus thermophilus in escherichia coli

    Thermus themophilus'ün ısıl kararlı glikoz izomerazının escherichia colı'ye klonlanması

    BERNA SARIYAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1997

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    PROF. DR. AMABLE HORTAÇSU

  5. Tez No

    304810

    Thermus oshimai DSMZ 12092'ye ait ß-galaktosidazın kısmi karakterizasyonu ile transferaz aktivitesinin belirlenmesi ve ß-galaktosidaz geninin E. coli'de klonlanması

    Partial characterization and determination of the transferase activity of ß-galactosidase and cloning in E. coli of ß-galactosidase gene from Thermus oshimai DSMZ 12092

    YÜKSEL GEZGİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    BiyomühendislikEge Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RENGİN ELTEM

Geri Dön