Ancient dna isolation and mitochondrial dna analysis of human samples from Çemi̇alo Sırtı, Batman in Southeast Anatolia
Güneydoğu Anadolu'daki Batman, Çemialo Sırtı kazı yerinden çıkarılmış insan örneklerinden antik dna izolasyonu ve mitokondriyal dna analizi
- Tez No: 416678
- Danışmanlar: PROF. DR. İNCİ TOGAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 204
Özet
Sunulan çalışmanın ana amacı eski dönemlerde yaşamış insanların kalıntılarından antik DNA (aDNA) dizi eldesinin Orta Doğu Teknik Üniversitesi'nde 2012 yılında kurulmuş olan adanmış antik DNA laboratuvarında gerçekleştirilmesidir. Bu amaçla, Güneydoğu Anadolu'da bulunan, Batman ilindeki Çemialo Sırtı kazı yerinden yaklaşık olarak M.Ö. 600-500 yılları arasına tarihlendirilen insana ait örnekler çalışılmıştır. Antik DNA izolasyonu, 9 insan iskeletinden alınan kemik ve diş örnekleri kullanılarak yapılmıştır. Daha sonra, 7 birey için mitokondriyal DNA'nın (mtDNA) Yüksek Çeşitlilik Gösteren I. ve II. bölgesi (HVRI-HVRII) başarılı bir şekilde yükseltgenebilmiş ve dizileri elde edilmiştir. Bu örnekler için DNA izolasyonu (9/9) ve yükseltgenmesindeki başarı oranı (7/9) sırasıyla %100 ve %77.8'dir. Ayrıca, canlı öldükten sonra gerçekleşen nükleotid değişimlerinin (hatalı baz yerleştirme) gözlenmiş olması dizilerin otantikliğini desteklemektedir. Elde edilen aDNA dizileri bireylerin mitokondriyal haplogruplarının (HPG) belirlenmesinde kullanılmıştır. Yedi Çemialo Sırtı bireyi için her bir haplogrubun görülme yüzdesi: HPG H=%28.57, HPG HV=%14.29, HPG M=%14.29, HPG R=%28.57, HPG U2=%14.29 şeklindedir. Sunulan çalışmanın mtDNA bazındaki haplogrup ve dizi verileri, bazı antik ve günümüz populasyonlarının sonuçlarıyla birlikte Temel Bileşenler Analizi ile değerlendirildiğinde; Çemialo Sırtı populasyonunun Kuzey Suriye'deki Yakın Doğu Neolitik populasyonuna göreceli olarak benzer olduğu gözlemlenmiştir. Çemialo Sırtı populasyonu (n=7) ve Kuzey Suriye'deki Neolitik populasyon (n=10) arasındaki süreklilik, iki populasyon arasındaki gözlenmiş FST değeri ile simulayonlarla oluşturulan iki populasyon arasındaki FST değerlerinin karşılaştırılmalarıyla test edilmiştir. Simulasyonlarda iki populasyonun genetik farklılaşmasının rastlantısal sürüklenme ile oluştuğu varsayılmıştır. Bir populasyondan diğerine üssel büyüme ve büyüme olmayan olmak üzere iki model altında, Neolitik populasyondan Çemialo Sırtı populasyonuna olan süreklilik reddedilememiştir. Çemialo Sırtı populasyonuna ait birey sayısının az olmasından dolayı karşılaştırmalı sonuçlara dikkatle yaklaşılması gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
The main purpose of the study was to obtain aDNA sequences of ancient human remains in the dedicated ancient DNA (aDNA) laboratory which was established at Middle East Technical University, in 2012. For this purpose, human samples approximately dating between 600-500 BC from Çemialo Sırtı excavation site in Batman in southeast Anatolia, were employed. aDNA extraction was performed using bone and teeth samples from 9 human skeletal remains. Then the mitochondrial DNA (mtDNA) Hypervariable region I and Hypervariable region II (HVRI-HVRII) of 7 samples could be successfully amplified and their sequences were obtained. Success rates in extractions (9/9) and amplifications (7/9) were 100% and 77.8%, respectively. Postmortem nucleotide changes (misincorporations) were also detected supporting the authenticity of the sequences. aDNA sequences were used to determine mtDNA haplogroups (HPGs) of the samples. The observed percentage of each haplogroup was: HPG H=28.57%, HPG HV=14.29%, HPG M=14.29%, HPG R=28.57%, HPG U2=14.29% for the 7 Çemialo Sırtı individuals. When the mtDNA based haplogroup and sequence data of the present study were evaluated together with the results of some other ancient and modern populations by means of Principle Component Analysis (PCA), it was observed that Çemialo Sırtı population is relatively similar to the neareastern Neolithic population (7300 BC) from northern Syria. Continuity between the Çemialo Sırtı population (n=7) and the same Neolithic population from northern Syria (n=10) was tested by calculating the FST value between these two populations, and comparing that with the FST values generated by coalescent simulations. During the simulations, random drift was assumed to be the force of genetic differentiation between the two populations. Under the exponential growth and no growth models, continuity from Neolithic population to Çemialo Sırtı population could not be rejected. Since the sample size was small in Çemialo Sırtı population, comparative results must be taken with caution.
Benzer Tezler
- Balıkesir/Antandros Antik Kenti kazısında bulunan insan iskeletlerinin moleküler analizleri
Molecular analyses of human skeletons found in Balıkesir/Antandros Ancient City excavation
BERCESTE BALCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Antropolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERCAN ARICAN
- Tlos (Fethiye/Muğla) kazılarında bulunan iskeletlerde moleküler analizer
Molecular analysis of skeletons found in Tlos (Fethiye/Muğla) excavations
UTKU CAN ATILGAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERCAN ARICAN
- İnsan iskeletlerinde mitokondriyal genom analizi ve haplo-grup tayini
Mitochondrial genome analysis and haplo-group determination in human skeletons
NEFİZE EZGİ ALTINIŞIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Antropolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERCAN ARICAN
- Antik insan kemik ve diş örneklerinde dna izolasyon metotlarının verimlilik açısından karşılaştırılması
Comparison of dna isolation methods in terms of efficiency in ancient human bone and dental samples
HAZAL TAHRAVİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
AntropolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE MERGEN
PROF. DR. YEŞİM DOĞAN
- Antik örneklerden DNA eldesinde iki temel metodun verimlilik ve PCR inhibitörlerini uzaklaştırma kriterleri açısından kıyaslanması
The comparison of twop basic methods of dna purification from ancient samples in terms of efficiency and removal of PCR inhibitors
KENAN CAN TOK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Adli TıpAnkara ÜniversitesiDisiplinlerarası Adli Bilimler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YEŞİM DOĞAN