Geri Dön

Ancient dna isolation and mitochondrial dna analysis of human samples from Çemi̇alo Sırtı, Batman in Southeast Anatolia

Güneydoğu Anadolu'daki Batman, Çemialo Sırtı kazı yerinden çıkarılmış insan örneklerinden antik dna izolasyonu ve mitokondriyal dna analizi

  1. Tez No: 416678
  2. Yazar: REYHAN YAKA
  3. Danışmanlar: PROF. DR. İNCİ TOGAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 204

Özet

Sunulan çalışmanın ana amacı eski dönemlerde yaşamış insanların kalıntılarından antik DNA (aDNA) dizi eldesinin Orta Doğu Teknik Üniversitesi'nde 2012 yılında kurulmuş olan adanmış antik DNA laboratuvarında gerçekleştirilmesidir. Bu amaçla, Güneydoğu Anadolu'da bulunan, Batman ilindeki Çemialo Sırtı kazı yerinden yaklaşık olarak M.Ö. 600-500 yılları arasına tarihlendirilen insana ait örnekler çalışılmıştır. Antik DNA izolasyonu, 9 insan iskeletinden alınan kemik ve diş örnekleri kullanılarak yapılmıştır. Daha sonra, 7 birey için mitokondriyal DNA'nın (mtDNA) Yüksek Çeşitlilik Gösteren I. ve II. bölgesi (HVRI-HVRII) başarılı bir şekilde yükseltgenebilmiş ve dizileri elde edilmiştir. Bu örnekler için DNA izolasyonu (9/9) ve yükseltgenmesindeki başarı oranı (7/9) sırasıyla %100 ve %77.8'dir. Ayrıca, canlı öldükten sonra gerçekleşen nükleotid değişimlerinin (hatalı baz yerleştirme) gözlenmiş olması dizilerin otantikliğini desteklemektedir. Elde edilen aDNA dizileri bireylerin mitokondriyal haplogruplarının (HPG) belirlenmesinde kullanılmıştır. Yedi Çemialo Sırtı bireyi için her bir haplogrubun görülme yüzdesi: HPG H=%28.57, HPG HV=%14.29, HPG M=%14.29, HPG R=%28.57, HPG U2=%14.29 şeklindedir. Sunulan çalışmanın mtDNA bazındaki haplogrup ve dizi verileri, bazı antik ve günümüz populasyonlarının sonuçlarıyla birlikte Temel Bileşenler Analizi ile değerlendirildiğinde; Çemialo Sırtı populasyonunun Kuzey Suriye'deki Yakın Doğu Neolitik populasyonuna göreceli olarak benzer olduğu gözlemlenmiştir. Çemialo Sırtı populasyonu (n=7) ve Kuzey Suriye'deki Neolitik populasyon (n=10) arasındaki süreklilik, iki populasyon arasındaki gözlenmiş FST değeri ile simulayonlarla oluşturulan iki populasyon arasındaki FST değerlerinin karşılaştırılmalarıyla test edilmiştir. Simulasyonlarda iki populasyonun genetik farklılaşmasının rastlantısal sürüklenme ile oluştuğu varsayılmıştır. Bir populasyondan diğerine üssel büyüme ve büyüme olmayan olmak üzere iki model altında, Neolitik populasyondan Çemialo Sırtı populasyonuna olan süreklilik reddedilememiştir. Çemialo Sırtı populasyonuna ait birey sayısının az olmasından dolayı karşılaştırmalı sonuçlara dikkatle yaklaşılması gerekmektedir.

Özet (Çeviri)

The main purpose of the study was to obtain aDNA sequences of ancient human remains in the dedicated ancient DNA (aDNA) laboratory which was established at Middle East Technical University, in 2012. For this purpose, human samples approximately dating between 600-500 BC from Çemialo Sırtı excavation site in Batman in southeast Anatolia, were employed. aDNA extraction was performed using bone and teeth samples from 9 human skeletal remains. Then the mitochondrial DNA (mtDNA) Hypervariable region I and Hypervariable region II (HVRI-HVRII) of 7 samples could be successfully amplified and their sequences were obtained. Success rates in extractions (9/9) and amplifications (7/9) were 100% and 77.8%, respectively. Postmortem nucleotide changes (misincorporations) were also detected supporting the authenticity of the sequences. aDNA sequences were used to determine mtDNA haplogroups (HPGs) of the samples. The observed percentage of each haplogroup was: HPG H=28.57%, HPG HV=14.29%, HPG M=14.29%, HPG R=28.57%, HPG U2=14.29% for the 7 Çemialo Sırtı individuals. When the mtDNA based haplogroup and sequence data of the present study were evaluated together with the results of some other ancient and modern populations by means of Principle Component Analysis (PCA), it was observed that Çemialo Sırtı population is relatively similar to the neareastern Neolithic population (7300 BC) from northern Syria. Continuity between the Çemialo Sırtı population (n=7) and the same Neolithic population from northern Syria (n=10) was tested by calculating the FST value between these two populations, and comparing that with the FST values generated by coalescent simulations. During the simulations, random drift was assumed to be the force of genetic differentiation between the two populations. Under the exponential growth and no growth models, continuity from Neolithic population to Çemialo Sırtı population could not be rejected. Since the sample size was small in Çemialo Sırtı population, comparative results must be taken with caution.

Benzer Tezler

  1. Balıkesir/Antandros Antik Kenti kazısında bulunan insan iskeletlerinin moleküler analizleri

    Molecular analyses of human skeletons found in Balıkesir/Antandros Ancient City excavation

    BERCESTE BALCI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Antropolojiİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERCAN ARICAN

  2. Tlos (Fethiye/Muğla) kazılarında bulunan iskeletlerde moleküler analizer

    Molecular analysis of skeletons found in Tlos (Fethiye/Muğla) excavations

    UTKU CAN ATILGAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERCAN ARICAN

  3. İnsan iskeletlerinde mitokondriyal genom analizi ve haplo-grup tayini

    Mitochondrial genome analysis and haplo-group determination in human skeletons

    NEFİZE EZGİ ALTINIŞIK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Antropolojiİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ERCAN ARICAN

  4. Antik insan kemik ve diş örneklerinde dna izolasyon metotlarının verimlilik açısından karşılaştırılması

    Comparison of dna isolation methods in terms of efficiency in ancient human bone and dental samples

    HAZAL TAHRAVİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    AntropolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE MERGEN

    PROF. DR. YEŞİM DOĞAN

  5. Antik örneklerden DNA eldesinde iki temel metodun verimlilik ve PCR inhibitörlerini uzaklaştırma kriterleri açısından kıyaslanması

    The comparison of twop basic methods of dna purification from ancient samples in terms of efficiency and removal of PCR inhibitors

    KENAN CAN TOK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Adli TıpAnkara Üniversitesi

    Disiplinlerarası Adli Bilimler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YEŞİM DOĞAN