Geri Dön

Comparison of the simulation tools for the deterministic modeling of biochemical networks

Biyokimyasal ağların deterministik modellenmesi için kullanılan simulasyon araçlarının karşılaştırılması

  1. Tez No: 416679
  2. Yazar: GÖKÇE TUNCER
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. VİLDA PURUTÇUOĞLU GAZİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Biyokimya, İstatistik, Biostatistics, Biochemistry, Statistics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: İstatistik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 102

Özet

Biyokimyasal ağlar daha popüler hale geldikçe, deterministik simülasyon araçların sayısı da giderek artmaktadır. Bu araçların çoğu, benzer özelliklere sahip olsa da algorithmaları ve yetenekleri farklılaşabilmektedir. Dolayısıyla bu tezde, ilk olarak simulasyon araçlarını algoritmalarıyla birlikte tanıtmayı, sonrasında da belirlediğimiz özelliklere göre bu araçları karşılaştırmayı amaçlıyoruz. Uygulama bölümünde, farklı boyutlardaki biyokimyasal ağlar simüle edilmekte ve performansları değerlendirilmektedir. Son olarak birçok doğal süreçte görülebilen ani dış etkileri açıklayan impuls'lar biyokimyasal ağların deterministik simülasyonlarına eklenmiştir. Burada iki temel impuls senaryosu önerilmektedir. Bunlar sabit zamanda impulslar ve sabit durumlarda impulslardır. Her aracın simülasyon, çıkarım, görselleştirme yetenekleri ve algoritmalarını tanıtmanın ve karşılaştırmanın, araştırmacılara kendi analizleri için en uygun simülasyon aracını seçmelerinde yardımcı olacağını düşünüyoruz.

Özet (Çeviri)

As biochemical networks become more popular, the number of deterministic simulation tools grows rapidly. Although most of the tools have similar functionality, they may differ in their algorithms and capabilities. Therefore, in this thesis, we aim to first present the major simulation tools with their underlying algorithms, and then compare them with respect to some attributes. In the application part, the biochemical networks under different dimensions are simulated and their performances are evaluated. Lastly, we add impulses to the deterministic simulations of the biochemical systems accounting for the external abrupt changes which can be seen in many natural processes. Here we suggest two major scenarios namely, impulses of fixed time and impulses at fixed states. We consider that introducing and comparing the capacities of each tool in terms of the simulation, inference or visualization of the different types of biological networks, their supported algorithms and the features of these algorithms as well as the mathematical background in all these calculations can be helpful for the researchers when they choose the most appropriate tool for their analyses.

Benzer Tezler

  1. Nehir su kalitesinin deterministik modelleme ve ekolojik risk analizi yöntemleri ile değerlendirilmesi ve yönetimi: Aksu çayı uygulaması

    Assessment and management of river water quality by deterministic modeling and ecological risk analysis: Aksu stream application

    SEÇİL TÜZÜN DUĞAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Çevre MühendisliğiAkdeniz Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE MUHAMMETOĞLU

  2. En uygun hayat sigortası poliçesi seçimini sağlayan bir karar modeli

    A Decision model for selecting the optimum insurance policy

    H.BÜLENT CERİT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1995

    Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. RAMAZAN EVREN

  3. Ofislerde kullanıcı varlığı ve pencere açma davranışındaki değişikliklerin saptanması ve modellenmesi: COVID-19 pandemisinin etkileri

    Assessment and modeling of changes in occupant presence and window opening behavior in offices: impacts of the COVID-19 pandemic

    SELİN GİRİŞEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MimarlıkEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BAŞAK GÜÇYETER

  4. Sigortacılık sisteminde aktif-pasif yönetimi ve Türkiye hayat sigortası örneğinde portföy performansının boyutlarını belirleyen faktörlerin irdelenmesine ilişkin bir model denemesi

    Assets and liablity management in the insurance sector and investigating sectors that are determinating dimensions of the portfolio performance by relating to model testing in the Turkish life insurance sector

    ALİ İHSAN DOĞAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    SigortacılıkMarmara Üniversitesi

    Bankacılık Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ABDÜLGAFFAR AĞAOĞLU