Cloning and characterization of α-amylase from Bacillus circulans ATCC 61
Bacillus circulans ATCC 61'den α-amilazın klonlanması ve karakterizasyonu
- Tez No: 418827
- Danışmanlar: PROF. DR. FİKRET UYAR, YRD. DOÇ. DR. CEM ÖZİÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dicle Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 63
Özet
En önemli enzim grubunu oluşturan amilazlar, biyoteknolojide de büyük önem kazanmaktadır. Mikroorganizmalardan elde edilen enzimler endüstriyel alanlarda yaygın bir şekilde kullanılır. Mevcut çalışmada Bacillus circulans ATCC 61 𝛼-amilaz üretimi için kullanılmıştır. Bakterinin 𝛼-amilaz üretmesi ve genom yapısı iyi bilindiğinden klonlama işlemi için kullanıldı. Bacillus circulans ATCC 61'in genomik DNA'sı izole edildi ve α-amilaz enzimini kodlayan amyE geni 1400 bç uzunluğundaki spesifik primerler kullanılarak PCR yöntemi ile çoğlatıldı. Bacillus α-amilaz'ına ait genler gen kütüphanesinde tarandıktan sonra uygun primer tasarlandı. PCR protokolünden sonra jelden saflaştırılan gen ürünleri 3015 bç uzunluğunda ve her iki 3' ucunda terminal timidin bulunan lineer pGEM®-T Easy vektörüne aktarıldı. İnsertisyon bölgesinde bulunan tek zincirli T kuyruklar, A-kuyruğuna sahip PCR ürünlerinin etkin bir şekilde ligasyonunu sağlar. Taq DNA polimeraz, PCR ürünlerinin sonuna bağımsız bir şekilde tek zincirli deoksiadenozinler sentezler. Klonlanan gene ait bioinformatik analizler, bu genin Bacillus sp. 𝛼-amilaz geni ile %100 oranında bir benzerliğe sahip olduğunu göstermiştir. Son olarak gen eksperesyonu için vektör, yüksek etkiye sahip JM109 E. coli competent hücrelerine transfer edildi. Bu çalışma Bacillus circulans ATCC 61'den α- amilaz enziminin klonlanması bakımından literatürdeki ilk kayıttır.
Özet (Çeviri)
Amylases are one of the most important enzymes and have a great significance in the present industry of biotechnology. Enzymes obtained from microorganisms are widely used in the industrial field. In the present work, Bacillus circulans ATCC 61 for 𝛼-amylase production has been used. Because well known as a producer of 𝛼-amylase and its genome structures has been known very well, it was used for cloning for this purpose, the genomic DNA of Bacillus circulans ATCC 61 was isolated and the gene encoding α-amylase enzyme was amplified with specific primer by PCR consist of 1400 bp long. The specific primer was designed while detecting the gene belonging to Bacillus α-amylase from gene library. The gel-purified PCR product was inserted into the pGEM®-T Easy vector3015 bp long, which linearized vectors with a single 3´-terminal thymidine at both ends. The T-overhangs at the insertion site greatly improve the efficiency of ligation of A-tailing on the PCR products. Taq DNA polymerase independently generates single deoxyadenosine at both ends of PCR product. Bioinformatics analysis of the cloned gene showed that there is 100% similarity between this gene and amylase gene of Bacillus sp. These results display that the target gene was cloned successfully. Finally for the gene expression, the vector was transferred to JM109 high efficiency E. coli competent cells. This study is the first record in term of the cloning α- amylase enzyme from Bacillus circulans ATCC 61 in the literature.
Benzer Tezler
- Bacillus subtilis ATCC 6051'den α-amilazın klonlanması ve karakterizasyonu
Cloning and characterization of α-amilaz from Bacillus subtilis ATCC 6051
BESİ SERİN
Doktora
Türkçe
2014
BiyolojiDicle ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİKRET UYAR
YRD. DOÇ. DR. CEM ÖZİÇ
- Yerel Bacillus izolatlarından alfa amilazların klonlanması ve rekombinant amy28 alfa amilazının enzim özelliklerinin belirlenmesi
Cloning of amylases from local Bacillus isolates and determination of enzyme characteristics of recombinant amy28 alpha amylase
MERVE TUZLAKOĞLU ÖZTÜRK
Doktora
Türkçe
2013
BiyoteknolojiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SALİHA İŞSEVER ÖZTÜRK
- Rumenden izole edilen bakterilerden α-amilaz ve likenaz genlerinin klonlanması, genlerin ve enzimlerin moleküler karakterizasyonu
Cloning of α-amylase and lichenase genes of bacteria isolated from rumen, molecular characterization of genes and enzymes
DİLEK ÖZGÜN EKİZ
Doktora
Türkçe
2017
BiyoteknolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASHABİL AYGAN
- Biochemical characterisation of truncated amylopullulanase from Thermoanaerobacter brockii brockii
Thermoanaerobacter brockii brockii kaynaklı amilopullulanaz enziminin kesilmiş varyantlarının biyokimyasal karakterizasyonu
AYCAN KAYRAV
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
- Sıradışı çok karpelli çiçek yapısına sahip endemik legüm türü thermopsis turcica'da bazı çiçek organ genlerinin kısmi klonlanması ve sekanslanması
Partial cloning and sequencing of some floral organ genes in thermopsis turcica, an endemic legume species with an unusual structure of multi-carpellated flower
EZGİ MELİS KOLUKISA
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BotanikAfyon Kocatepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SÜLEYMAN CENKCİ