Biyoinformatik yöntemler kullanılarak keçi genomunda mikrorna'ların (miRNA) saptanması
Analysing of conserved miRNAs on goat (Capra hircus) by computational approaches
- Tez No: 420490
- Danışmanlar: PROF. DR. CEMAL ÜN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 71
Özet
MikroRNA'lar (miRNA'lar) yaklaşık 22 nükleotid uzunluğunda, gen regülasyonu mekanizmasında görev alan RNA molekülleridir. miRNA'lar genellikle DNA üzerindeki protein kodlamayan bölgelerden transkribe edilirler ve evrimsel süreçte korunmuşluk göstermektedirler. miRNA'lar gen ekspresyonunun post-transkripsyonel regülasyonunda önemli rol oynamaktadırlar ve küçük degredasyon molekülü olarak görev yaparlar. Ayrıca miRNA'lar kök hücre farklılaşmasında, programlı hücre ölümü mekanizmasında ve hücreden hücreye sinyal iletiminde görev almaktadırlar. Yapılan çalışmalar sonucu miRNA'ların birçok hastalıkla ilişkili olduğu ve çiftlik hayvanlarında et verimi, süt verimi vb. gibi konularla ilişkili olduğu saptanmıştır. Örneğin kanser tipleri ile birkaç miRNA arasında ilişkiler bulunmuştur. Bu çalışmada biyoinformatik yöntemler kullanılarak keçi genomunda yeni miRNA'ların saptanması ve daha sonra yapılacak olan genetik çalışmalara bir alt yapı oluşturulması amaçlanmıştır. Bu amaçla evcil sığır (Bos taurus) miRNA'ları keçi (Capra hircus) cDNA kütüphanesinde Blastn programı yardımıyla taranmıştır. Yapılan çalışmalar sonucu keçi genomunda toplam 35 adet yeni aday miRNA saptanmıştır. Saptanan bu aday miRNA'lar sığır ile keçi arasında evrimsel süreçte korunmuşluk göstermektedir. Saptanan yeni aday miRNA'ların daha sonra yapılacak genetik ve evcil hayvan ıslahı çalışmalarına taban oluşturacağı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
MicroRNAs (miRNAs) are small (nearly 22 nucleotides) RNAs which regulate gene expression by a sort of mechanisms. They are transcribed from DNA but there is no equivalent for proteins. They are mainly located on non-coding sequences of genome and they are conserved in evolutionary process. miRNAs play an important role in post-transcriptional regulation of gene expression and work as small degradation molecules. Also they have roles in stem cells differentiation, apoptosis mechanism and cell to cell communication. In addition, the association between miRNAs and diseases, lactation of farm animals and meat yields are known. For example, several miRNAs have been found associated with cancers. In this study, the genetic studies to be performed later on goat genome aimed at building an infrastructure. For this purpose, the cattle (Bos taurus) miRNAs were obtained from miRBase and then these miRNA sequences were scanned in goat cDNA libraries by Blastn program to gain match sequences. As a result of this study, 35 new candidate miRNAs in goat genome were determined by computational approaches. These obtained candidate miRNAs are conserved in the evolutionary process between cattle and goat. These obtained miRNAs would be the basis on subsequently to be made genetic studies and improvement of domestic animals.
Benzer Tezler
- Anadolu Yaban ve Ankara Keçilerinde tüm genom dizilenmesi ve biyoinformatik analizler
Whole genome sequencing and bioinformatic analysis of Anotalian Wild and Angora Goats
SAFFET TEBER
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiErciyes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OSMAN İBİŞ
- Biyoinformatik yöntemler kullanılarak kene patojenlerinin moleküler verilerinde aşı adayı bölgelerinin saptanması
Bioinformatics detection of vaccine candidate regions in molecular data of tick pathogens
AHMET EFE KÖSEOĞLU
- A computational approach for predicting host specificity of adenoviruses
Adenovirüslerin konak özgüllüğünü tahmin etmede kullanılacak bir hesaplama yöntemi
ONUR CAN KARABULUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BARIŞ ETHEM SÜZEK
- Uncovering dysregulated miRNA-mRNA networks in Alzheimer's disease through integrated bioinformatics and their potential as blood-based biomarkers
Alzheimer hastalığı'nda entegre biyoinformatik yöntemler kullanılarak disregüle miRNA-mRNA ağlarının ortaya çıkarılması ve kan temelli biyobelirteç olarak potansiyellerinin araştırılması
BİRGÜL ÇOLAK AL
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyolojiİstanbul Medeniyet ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NAGEHAN ERSOY TUNALI
- Salatalıkta ısı şoku proteinlerinin biyoinformatik analizleri ve abiyotik stres koşullarına tepkisinin omiks yaklaşımlar kullanılarak incelenmesi
Bioinformatics analysis of cucumber heat shock proteins and investigation of response to abiotic stress conditions by using omics approaches
NECDET MEHMET ÜNEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyolojiKastamonu ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET CENGİZ BALOĞLU