Geri Dön

Effects of growth medium conditions on antibiotic production by actinomyces sp.

Aktinomisetlerden besi ortam koşullarına bağımlı antibiyotik üretiminin optimizasyonu

  1. Tez No: 422064
  2. Yazar: CİHAN MEHMET ALTINTAŞ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. HÜLYA AYAR KAYALI, YRD. DOÇ. DR. GÖKHAN ERTAŞ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 119

Özet

Günümüzde, ramoplanin antibiyotiğinin hastane enfeksiyonlarına neden olan bakterilerde çok düşük minimum inhibisyon konsantrasyonlarında (MIC) bile oldukça etkili olduğu gösterilmektedir. Antibiyotik üretiminde kullanılan tekniklerin uzun süreli optimizasyon çalışmalarına gereksinim duyması üretim süresinin ve maliyetin oldukça artmasına neden olmaktadır. Bu durum ramoplanin antibiyotiği için de geçerli olup ramoplaninin ticari satış fiyatı oldukça yüksektir. Günümüzde bu sorunların ortadan kaldırılması amacıyla stokiyometrik modelleme ve verilerin bütünleşik analizi yaklaşımıyla endüstriyel önemi olan mikroorganizmaların metabolizmaları sistem bazlı incelenmektedir. Bu amaçla, antibiyotik üretimine yönelik çalışmalarda mikroorganizmaların hücre içi metabolik akışların belirlenmesine ve düzenlenmesine imkân sağlayan bilgisayar destekli stokiyometrik modellemelerin gerçekleştirildiği çalışmalara başlanmıştır. Bu nedenle hedeflenen projede, mevcut antibiyotikler içinde en etkili ancak çok pahalı olduğu belirlenen ramoplanin antibiyotiğinin üretim maliyetinin düşürülebilmesi MATLAB ve COPASI yazılım programları ile bilgisayar destekli stokiyometrik modelleme kullanılarak ramoplanin antibiyotiğinin prekürsörlerin ve metabolit seviyelerinin saptanması ve farklı glukoz derişiminde ve azot kaynaklarında büyütülen Actinoplanes sp. ATCC 33076 suş diyagramlarının belirlenmesinin ardından deneysel aşamaya geçilmiştir. Sonuçlar, deneysel ve stokiyometrik modelleme verilerinin korele olmadığını göstermekte olup maksimum ramoplanin üretimi deneyesel olarak ve modelleme de sırasıyla 10 ve 5 g/L glukoz ortamında elde edilmiştir. Bu sonuçların farklı bulunması biyokimyasal proseslerde pekçok faktörün etkili olması ve tüm bu değişenlerin bilgisayar modellemeye uygulamanın mümkün olmamasıyla açıklanabilir. Bu nedenle, bu tür modelleme çalışmalarının deneysel verilerle doğrulanması büyük önem arz etmektedir.

Özet (Çeviri)

Ramoplanin antibiotic has been shown to be the most effective to treat the bacteria that cause hospital infections even at low minimum inhibitory concentrations. However, the main obstacle for this antibiotic is its quite expensive cost. Due to preferred techniques in the antibiotic production require long-term optimizations, these techniques cause increasing production cost and period. To overcome shortcomings, metabolisms of industrially important microorganisms are examined by approaching to stoichiometric modeling and data analysis of integrated systems-based. For this purpose, it is started to research which is carried out computerized stoichiometric modeling that allows identification and regulation of metabolic flows within microorganism cells. In this project, computerized stoichiometric modeling with MATLAB and COPASI software packages will be used for decrease to production cost of ramoplanin which is the most effective but very expensive in available antibiotics. In the thesis, in order to identify the aspects of intermediary metabolism relevant to ramoplanin production, the correlation between ramoplanin antibiotic production and intracellular tricarboxylic acid cycle (TCA) intermediate products were investigated depending on the glucose concentration and nitrogen sources of Actinoplanes sp. ATCC 33076 medium by using both the computerized stoichiometric modeling and experimental conditions. The flux balance analysis optimisation, using either growth or antibiotic production as objective function, did not correlate with experimental ramoplanin yields in fed processes since the maximum ramoplanin production of stoichiometric modeling and experimental conditions were determined at 5 and 10g g/L glucose, respectively. The diferences suggest that candidate process feed nutrients that might be expected to influence this network were used in process simulations and in silico predictions compared to experimental findings. Therefore, in this kind of study, experiments should be done and data of computerized stoichiometric modeling should be compared.

Benzer Tezler

  1. Bacillus subtilis GntR ailesine ait LutR transkripsiyon faktörünün doğrudan kontrolü altındaki genlerin CHIP ve EMSA yöntemleriyle belirlenmesi

    Determination of genes under the direct control of GntR-type transcriptional factor LutR in Bacillus subtilis PY79 by CHIP and EMSA methods

    MURAT KEMAL AVCI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYTEN KARATAŞ

  2. Bitki gelişimini teşvik eden rizobakterilerin (PGPR) hasat sonrası fungal patojenler üzerindeki etkisinin in vitro koşullarda belirlenmesi

    Determination of the effect of plant growth promoting rhizobacteria (PGPR) on post-harvest fungal pathogens in in vitro conditions

    BENGÜ DÜLGEROĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyomühendislikEge Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RENGİN ELTEM

  3. Investigation of the effects of abrb and cody deletions on the bacilysin overproducer B. subtilis HWA strain

    AbrB ve CodY yokluğunun basilisin yüksek üreticisi B. subtilis HWA suşundaki etkilerinin incelenmesi

    GÖKSU TARTAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYTEN KARATAŞ

  4. Probiyotik katkılı arı keki hazırlanması, stabilizasyonu ve raf ömrü çalışması

    Probiotic added bee patty preparation, stabilization and shelf life study

    PELİN SARIKAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜVEN ÖZDEMİR

  5. Antibiyotiklerin fotokimyasal ileri oksidasyon prosesleri ile giderimi

    Removal of antibiotics by photochemical advanced oxidation processes

    HANDE GÜLCAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TUĞBA ÖLMEZ HANCI