Effects of growth medium conditions on antibiotic production by actinomyces sp.
Aktinomisetlerden besi ortam koşullarına bağımlı antibiyotik üretiminin optimizasyonu
- Tez No: 422064
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HÜLYA AYAR KAYALI, YRD. DOÇ. DR. GÖKHAN ERTAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Metabolizma, Metabolism
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Günümüzde, ramoplanin antibiyotiğinin hastane enfeksiyonlarına neden olan bakterilerde çok düşük minimum inhibisyon konsantrasyonlarında (MIC) bile oldukça etkili olduğu gösterilmektedir. Antibiyotik üretiminde kullanılan tekniklerin uzun süreli optimizasyon çalışmalarına gereksinim duyması üretim süresinin ve maliyetin oldukça artmasına neden olmaktadır. Bu durum ramoplanin antibiyotiği için de geçerli olup ramoplaninin ticari satış fiyatı oldukça yüksektir. Günümüzde bu sorunların ortadan kaldırılması amacıyla stokiyometrik modelleme ve verilerin bütünleşik analizi yaklaşımıyla endüstriyel önemi olan mikroorganizmaların metabolizmaları sistem bazlı incelenmektedir. Bu amaçla, antibiyotik üretimine yönelik çalışmalarda mikroorganizmaların hücre içi metabolik akışların belirlenmesine ve düzenlenmesine imkân sağlayan bilgisayar destekli stokiyometrik modellemelerin gerçekleştirildiği çalışmalara başlanmıştır. Bu nedenle hedeflenen projede, mevcut antibiyotikler içinde en etkili ancak çok pahalı olduğu belirlenen ramoplanin antibiyotiğinin üretim maliyetinin düşürülebilmesi MATLAB ve COPASI yazılım programları ile bilgisayar destekli stokiyometrik modelleme kullanılarak ramoplanin antibiyotiğinin prekürsörlerin ve metabolit seviyelerinin saptanması ve farklı glukoz derişiminde ve azot kaynaklarında büyütülen Actinoplanes sp. ATCC 33076 suş diyagramlarının belirlenmesinin ardından deneysel aşamaya geçilmiştir. Sonuçlar, deneysel ve stokiyometrik modelleme verilerinin korele olmadığını göstermekte olup maksimum ramoplanin üretimi deneyesel olarak ve modelleme de sırasıyla 10 ve 5 g/L glukoz ortamında elde edilmiştir. Bu sonuçların farklı bulunması biyokimyasal proseslerde pekçok faktörün etkili olması ve tüm bu değişenlerin bilgisayar modellemeye uygulamanın mümkün olmamasıyla açıklanabilir. Bu nedenle, bu tür modelleme çalışmalarının deneysel verilerle doğrulanması büyük önem arz etmektedir.
Özet (Çeviri)
Ramoplanin antibiotic has been shown to be the most effective to treat the bacteria that cause hospital infections even at low minimum inhibitory concentrations. However, the main obstacle for this antibiotic is its quite expensive cost. Due to preferred techniques in the antibiotic production require long-term optimizations, these techniques cause increasing production cost and period. To overcome shortcomings, metabolisms of industrially important microorganisms are examined by approaching to stoichiometric modeling and data analysis of integrated systems-based. For this purpose, it is started to research which is carried out computerized stoichiometric modeling that allows identification and regulation of metabolic flows within microorganism cells. In this project, computerized stoichiometric modeling with MATLAB and COPASI software packages will be used for decrease to production cost of ramoplanin which is the most effective but very expensive in available antibiotics. In the thesis, in order to identify the aspects of intermediary metabolism relevant to ramoplanin production, the correlation between ramoplanin antibiotic production and intracellular tricarboxylic acid cycle (TCA) intermediate products were investigated depending on the glucose concentration and nitrogen sources of Actinoplanes sp. ATCC 33076 medium by using both the computerized stoichiometric modeling and experimental conditions. The flux balance analysis optimisation, using either growth or antibiotic production as objective function, did not correlate with experimental ramoplanin yields in fed processes since the maximum ramoplanin production of stoichiometric modeling and experimental conditions were determined at 5 and 10g g/L glucose, respectively. The diferences suggest that candidate process feed nutrients that might be expected to influence this network were used in process simulations and in silico predictions compared to experimental findings. Therefore, in this kind of study, experiments should be done and data of computerized stoichiometric modeling should be compared.
Benzer Tezler
- Investigation of the effects of abrb and cody deletions on the bacilysin overproducer B. subtilis HWA strain
AbrB ve CodY yokluğunun basilisin yüksek üreticisi B. subtilis HWA suşundaki etkilerinin incelenmesi
GÖKSU TARTAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. AYTEN KARATAŞ
- Antibiyotiklerin fotokimyasal ileri oksidasyon prosesleri ile giderimi
Removal of antibiotics by photochemical advanced oxidation processes
HANDE GÜLCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUĞBA ÖLMEZ HANCI
- Limonda hasat sonrası hastalık etmeni olan Alternaria alternata LS1'E karşı Yarrowia lipolytica ve bor ürünlerinin antifungal etkileri
Antifungal effects of Yarrowia lipolytica and boron compounds against Alternaria alternata LS1 a post-harvest di̇sease agent in lemons
SİBEL BAŞKAN GÜNDÜZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Gıda MühendisliğiSakarya ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SUZAN ÖZTÜRK YILMAZ
- Bacillus subtilis GntR ailesine ait LutR transkripsiyon faktörünün doğrudan kontrolü altındaki genlerin CHIP ve EMSA yöntemleriyle belirlenmesi
Determination of genes under the direct control of GntR-type transcriptional factor LutR in Bacillus subtilis PY79 by CHIP and EMSA methods
MURAT KEMAL AVCI
Doktora
Türkçe
2015
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. AYTEN KARATAŞ
- Bal kabağı kabuğundan çinko klorür kullanılarak aktif karbon hazırlanması, karakterizasyonu ve siprofloksasinin sulu çözeltilerden uzaklaştırılmasındaki etkinliğinin incelenmesi
Preparation and characterization of activated carbon from pumpkin peel using zinc chloride and investigation of its efficiency in the removal of ciprofloxacin from aqueous solutions
SERAP İNCE