Geri Dön

Farklı sebze ve yetiştirildikleri toprak kaynaklı gram negatif bakteri suşlarında antibiyotik direnç ile ERIC-PCR profillerinin belirlenmesi

Antibiotic susceptibilities and ERIC-PCR profiles of gram negative bacterial strains from different vegetables and their growing soil

PDF İndir

  1. Tez No: 423810
  2. Yazar: MERYEM MELİKE KARAHAN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. EMEL BANU BÜYÜKÜNAL BAL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Gram-negatif bakteri, sebze, toprak, antibiyotik direnci, Gram-negative bacteria, vegetables, soil, antibiotic resistance
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 94

Özet

Bu çalışmada, Sır Barajı çevresinde yetiştirilen farklı sebze yüzeylerinden (ıspanak, marul, roka, maydanoz, semizotu, salatalık) ve bunların yetiştirildikleri topraklardan izole edilen gram negatif bakterileri suşlarının tanımlanması, antibiyotik duyarlılıklarının saptanması ve ERIC-PCR yöntemine dayalı olarak aralarındaki genetik ilişkinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Sebze yüzeylerinden ve sebze yetiştirilen toprak örneklerinden toplanan örnekler selektif besiyerlerine ekildikten sonra, gelişen bakteri kolonilerinden gram negatif bakterilerin izolasyonu yapılmıştır. Sebze ve toprak kaynaklı bakteri izolatının tanımlanmasında biyokimyasal testler (gram boyama, metil red, Voges-Proskauer, indol, oksidaz, sitrat, katalaz) kullanılmıştır. Ancak, kullanılan biyokimyasal testler izolatların birkaçı hariç tanımlanma için yeterli olmamıştır. Bu nedenle, izolatların ortak fenotipik özellik gösterenleri (n=60) gruplandırılarak, bu gruplardan seçilen birkaç izolatta 16S rRNA geni dizi analizi yapılarak moleküler tanı yapılmıştır. Moleküler tanı sonuçları tanımlanan türlerin çoğunlukla Pseudomonas, Pantoea ve Enterobacter türleri olduğunu göstermektedir. Ayrıca, izolatların Amoxicilin-Clavulanic acid (AMC), Piperacillin-tazobactam (TZP), Ceftazidime (CAZ), Cefotaxime (CTX), Cefpodoxime (CPD), Ceftriaxone (CRO), Ertapenem (ETP), Meropenem (MEM), Aztreonam (ATM), Ciprofloxacin (CIP), Amikacin (AK), Trimethoprim-Sulphamethoxazole (TMP/SMX) ve Tetracycline (TET)'e karşı duyarlılıkları disk-difüzyon yöntemi ile tespit edilmiştir. Bakteri izolatlarında en fazla direnç oranları sırasıyla CPD (89/99;%89,9), TGC (81/98;%82,6), TMP-COT (70/98;%71,4), AMC (64/99;%64,6), CTX (62/99;%62,6) ve CRO (60/99;%60,6) antibiyotiklerine karşı gözlenmiştir. İzolatların AK, ETP, CIP, TE, AT ve MEM duyarlılık oranları ise sırasıyla %93,9, %92,9, %80,8, %76,8, %66,7 ve %54,5 olarak saptanmıştır. Son olarak, izolatların (n=60) ortak biyokimyasal özellik gösterenlerinde ERIC-PCR analizi yapılmıştır. ERIC-PCR analizi ile izolatlar arasındaki genetik farklılıklar belirlenmiştir. Sonuç olarak, izole edilen bakteriler arasında özellikle β-laktam grubu antibiyotiklere karşı yüksek düzeyde direnç saptanması bu mikroorganizmaları insan sağlığı açısından bir risk olabileceğini göstermektedir.

Özet (Çeviri)

In this study, identification of gram-negative bacteria strains isolated from both the surfaces and growing soils of different vegetables (spinach, lettuce, arugula, parsley, purslane, cucumber) grown around Sır Dam Lake, detection of their antibiotic susceptibilities and determination of genetic relation among them by ERIC-PCR method were aimed. After cultivating of samples collected from both surface and soil of vegetables on selective medium, isolation was performed from growing bacteria. Biochemical tests (gram staining, methyl red, Voges-Proskauer, indole, oxidase, citrate, catalase) were used for identification of bacterial isolates. However, the biochemical tests used were insufficient to identify isolates with a few exceptions. Therefore, isolates (n = 60) with common phenotypic characteristics have been grouped and several of them from each group were subjected to 16S rRNA gene sequence analysis for molecular identification. Molecular identification results indicated that the species are mostly Pseudomonas spp., Pantoea spp. and Enterobacter spp. In addition, antibiotic susceptibilities of isolates have been determined by disk-diffusion method for amoxicillin-clavulanic acid (AMC), Piperacillin-tazobactam (TZP), Ceftazidime (CAZ) Cefotaxime (CTX), Cefpodoxime (CPD), Ceftriaxone (CRO), Ertapenem (ETP), Meropenem (MEM), Aztreonam (ATM), Ciprofloxacin (CIP), Amikacin (AK), Trimethoprim-Sulphamethoxazole (TMP/SMX) and Tetracycline (TET). Highest resistance rates among bacterial isolates were observed for CPD (89/99; 89.9%), TGC (81/98; 82.6%), TMP-COT (70/98; 71.4%), AMC (64/99; 64.6%), CTX (62/99; 62.6%) and CRO (60/99; 60.6%). Isolates were susceptible to AK, ETP, CIP, TE, AT MEM with rates 93.9%, 92.9%, 80.8%, 76.8%, 66.7% and 54.5%, Finally, the ERIC-PCR analysis was performed for isolates (n = 60) showing common biochemical features. Genetic differences of isolates were determined with ERIC-PCR analysis. Consequently, especially resistance to β-lactam antibiotics among bacterial isolates was quite high and those resistant microorganisms could be a significant risk to human health.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    85541

    Değişik yörelerde yetiştirilen bazı sebze türlerinin bitki besin elementi kapsamları ve bunların insan metabolizması ile ilişkileri

    The Nutrient properties of some vegetables grown in various areas and their effects on the human metabolism

    GÖKÇE ERBUĞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    ZiraatEge Üniversitesi

    Toprak Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RAFET KILINÇ

  2. Tez No

    269

    Manisa yöresinde domateste anlaşmalı tarım ve karşılaşılan sorunlar

    Başlık çevirisi yok

    OSMAN MURAT KOÇTÜRK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1985

    Gıda MühendisliğiEge Üniversitesi

    Tarım Ekonomisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. METİN TALİM

  3. Tez No

    499544

    Serada yetiştirilen kavunda, farklı sulama suyu miktarları ve kalsiyum düzeylerinin bitki gelişimi, verim ve meyve kalitesine etkileri

    The effects of differrent irrigation water levels and different calcium application rates on yield, quality and crop growth of melon (Cucumis melo) under greenhouse conditions

    BUSEMİN GÜVENÇLİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    ZiraatMustafa Kemal Üniversitesi

    Biyosistem Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. SEFER BOZKURT

  4. Tez No

    306804

    Farklı gıdalarda toplam 5-hmf düzeyinin belirlenmesi ve riskli bulunan gıdaların 5-hmf içeriğinin farklı yöntemler kullanılarak azaltılma olanaklarının araştırılması

    Determination of 5-hmf content of different foods and investigation of different methods for decreasing 5-hmf content of risky foods

    ÖMER SAİD TOKER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Gıda MühendisliğiErciyes Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MAHMUT DOĞAN

  5. Tez No

    457822

    Fermentasyonun bazı sebzelerin biyoaktif özelliklerine etkisi

    Effect of fermentation process on bioactive properties of some vegetables

    KÜBRA ÖZKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Gıda MühendisliğiYıldız Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OSMAN SAĞDIÇ

Geri Dön