Nükleotit dizilerinin yapay arı koloni algoritması ile kümelenmesi
Clustering nucleotide sequences with artificial bee colony algorithm
- Tez No: 432316
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CELAL ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
Geçmişten günümüze kadar hayatını sürdüren bütün organizmalar kendi jenerasyonuna ait kalıtsal bilgileri ileriki jenerasyonlara aktarmayı nükleik asitlerle sağlamıştır. Zaman ile kalıtsal bilgileri taşıyan nükleik asitleri incelemek, analiz etmek ve özellikle de birbiri ile kıyaslayabilmek için birçok yöntem ve metot sunulmuştur. Nükleik asit dizilerini (DNA, RNA) kıyaslayabilmek ve benzerliklerini bulmak için sunulan yöntemlerden bir tanesi de kümeleme analizi yöntemidir. Nükleotit dizilerinin kıyaslanmasında birçok grafiksel ve sayısal gösterim önerilmiştir. Bu dizileri kümeleyebilmek için FASTA formatında dizinin özünü en uygun şekilde gösteren sayısal bir gösterim tercih edilmiştir. Tez kapsamında öncelikle uygun nükleotit (DNA) dizilerinden oluşan veri setleri seçilerek deneyler yapılmıştır. Daha sonra sayısallaştırılmış nükleotit dizileri K-means, PSO, ABC, PSO+K ve ABC+K algoritmaları kullanılarak kümelenmiştir. Son olarak da ABC algoritması diğer algoritmalarla kümeleme performansı bakımından kıyaslanmıştır. Değerlendirme kriteri dikkate alındığında seçilen sayısal gösterim kullanılarak yapılan kümeleme sürecinde ABC yöntemi, nükleotit dizilerini kümeleme performansı açısından diğer algoritmalardan daha iyi olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
All organisms that sustain life from past to present have provided the transfer of its own genetic information to future generations with the help of nucleic acids. In the literature, various methods have presented to examine, to analyse the nucleic acids that carries hereditary information with time and especially to compare to each other. In this context, clustering analysis method is one of the most popular methods which are offered in order to find similarities of the nucleic acid sequences (DNA, RNA) and compare them. Many graphical and numerical representations have been proposed in the comparison of nucleotide sequences. A numerical representation was preferred to cluster these sequences in FASTA format showing the essence of the sequence most appropriately. In the thesis, firstly, some experiments were performed by selecting data sets consisting of the appropriate nucleotide sequence. Secondly, digitized nucleotide sequences were clustered using K-means, PSO, ABC, PSO+K and ABC+K algorithms. Finally, ABC algorithm were compared to other algorithms in terms of the clustering performance. Considering evaluation criteria, the clustering process using selected numeric representation, in terms of the nucleotide sequence clustering, the ABC method has shown that the clustering performance is better than other algorithms.
Benzer Tezler
- Manda türünde (Bubalus bubalis) PRNP geninin in silico analizi ve sığır PRNP geni ile karşılaştırılması
In silico analysis of prnp gene in buffalo (Bubalus bubalis) and comparative analysis with PRNP gene of bovine (bos Taurus)
ZARIFA OSMANLI
- Klebsiella pneumoniae ve escherichia coli suşlarında genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz genlerinin klonlanması
Cloning of the extended spectrum beta-lactamases of klebsiella pneumoniae and escherichia coli strains
HİLAL ÖZKUL
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ZEYNEP GÜLAY
- Sağlıker sendromlu hastaların sitogenetik analizleri ve Kalsiyum Duyarlı Reseptör (CaSR) geni 2. ve 3. ekzon dizilerinin belirlenmesi
Cytogenetic analyses and sequencing of exon 2 and 3 of Calcium Sensing Receptor (CaSR) gene in sagliker syndrome patients
ERDAL TUNÇ
Doktora
Türkçe
2011
Tıbbi BiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN DEMİRHAN
- Veri madenciliği teknikleri kullanılarak gen regülasyonunun incelenmesi
An investigation of gene regulation via data mining techniques
MEHMET CİHAN ŞAHİNGİL
Doktora
Türkçe
2019
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YAKUP SABRİ ÖZKAZANÇ
- Evaluation of wild pistacia germplasm for rootstock breeding: Morphological and horticultural survey, and application of molecular markers for fingerprinting and sex determination
Yabani pistacia gen kaynaklarını kullanarak anaç ıslahı: Morfolojik ve bahçe bitkileri özellikleri, moleküler markör tekniklerini kullanarak parmak izlerinin çıkartılması ve cinsiyet tayini
SALİH KAFKAS
Doktora
İngilizce
2000
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELİM ÇETİNER
DR. RAFAEL PERL-TREVES