Nükleotit dizilerinin yapay arı koloni algoritması ile kümelenmesi
Clustering nucleotide sequences with artificial bee colony algorithm
- Tez No: 432316
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CELAL ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Geçmişten günümüze kadar hayatını sürdüren bütün organizmalar kendi jenerasyonuna ait kalıtsal bilgileri ileriki jenerasyonlara aktarmayı nükleik asitlerle sağlamıştır. Zaman ile kalıtsal bilgileri taşıyan nükleik asitleri incelemek, analiz etmek ve özellikle de birbiri ile kıyaslayabilmek için birçok yöntem ve metot sunulmuştur. Nükleik asit dizilerini (DNA, RNA) kıyaslayabilmek ve benzerliklerini bulmak için sunulan yöntemlerden bir tanesi de kümeleme analizi yöntemidir. Nükleotit dizilerinin kıyaslanmasında birçok grafiksel ve sayısal gösterim önerilmiştir. Bu dizileri kümeleyebilmek için FASTA formatında dizinin özünü en uygun şekilde gösteren sayısal bir gösterim tercih edilmiştir. Tez kapsamında öncelikle uygun nükleotit (DNA) dizilerinden oluşan veri setleri seçilerek deneyler yapılmıştır. Daha sonra sayısallaştırılmış nükleotit dizileri K-means, PSO, ABC, PSO+K ve ABC+K algoritmaları kullanılarak kümelenmiştir. Son olarak da ABC algoritması diğer algoritmalarla kümeleme performansı bakımından kıyaslanmıştır. Değerlendirme kriteri dikkate alındığında seçilen sayısal gösterim kullanılarak yapılan kümeleme sürecinde ABC yöntemi, nükleotit dizilerini kümeleme performansı açısından diğer algoritmalardan daha iyi olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
All organisms that sustain life from past to present have provided the transfer of its own genetic information to future generations with the help of nucleic acids. In the literature, various methods have presented to examine, to analyse the nucleic acids that carries hereditary information with time and especially to compare to each other. In this context, clustering analysis method is one of the most popular methods which are offered in order to find similarities of the nucleic acid sequences (DNA, RNA) and compare them. Many graphical and numerical representations have been proposed in the comparison of nucleotide sequences. A numerical representation was preferred to cluster these sequences in FASTA format showing the essence of the sequence most appropriately. In the thesis, firstly, some experiments were performed by selecting data sets consisting of the appropriate nucleotide sequence. Secondly, digitized nucleotide sequences were clustered using K-means, PSO, ABC, PSO+K and ABC+K algorithms. Finally, ABC algorithm were compared to other algorithms in terms of the clustering performance. Considering evaluation criteria, the clustering process using selected numeric representation, in terms of the nucleotide sequence clustering, the ABC method has shown that the clustering performance is better than other algorithms.
Benzer Tezler
- Effect of chymotrypsin on M1 type pyruvate kinase from rabbit muscle and L-type from sheep liver
Başlık çevirisi yok
NİLAY BAŞARAN
Yüksek Lisans
İngilizce
1987
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MERAL YÜCEL
- Salmonella typhimurium TA97, TA98 ve TA100 suşlarından timin mutantlarının izolasyonu ve bu mutasyonun kimyasalların mutajenik teşhisinde kullanılması
Başlık çevirisi yok
SÜHEYLA İNAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1988
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ KALAYCIOĞLU
- Turunçgil cüceleşme (exocotis) hastalığının poliakrilamid gel elektroforez tekniği ile saptanması
Başlık çevirisi yok
MEHMET ÖZASLAN
- Monohalojen sübstitüe benzo ŞcÖ cinnolinlerin sentezi ve bazı nükleofillerle verdiği aromatik nükleofilik sübstitüsyon reaksiyon ürünlerinin incelenmesi
The Synthesis of monohalide substituted benzo ŞcÖ cinnolines and the investigation of the products obtained by their aromatic nucleophilic substitution reactions with some nucleophiles
EMİNE KILIÇ