Isolation, screening, partial purification and characterization of halophilic protease from different samples
Farklı örneklerden halofilik proteaz taranması, izolasyonu, saflaştırılması ve karakterizasyonu
- Tez No: 438116
- Danışmanlar: PROF. DR. KIYMET GÜVEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Anadolu Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 122
Özet
Bu çalışmada, Endonezya fermente tuzlu gıdaları ve tuzlu toprak örneklerinden proteaz üreten bakteriler taranmış ve izole edilmiştir. Bu çalışmanın amacı, halofilik bakterilerin izolasyonu ve daha sonra bunlardan halofilik proteazların taranması, saflaştırılması ve karakterize edilmesidir. Bu çalısmada, Endonezya geleneksel fermente tuzlu gıdaları olan tauco ve terasi'den 4 tane halofilik bakterileri izole edildi. Bu izolatların arasında en iyi proteaz üreten izolat olarak, tauco'dan izole edilen TANN 4 seçildi. Bu izolat % 1 süt tozu ile takviye edilmiş % 18 MGM (Modifiye Geliştirme Medium) broth ve agar besiyerinde geliştirildi. İzolat TANN 4'ten hücre dışı proteaz enzimi, (NH4)2SO4 çöktürmesinden sonra dializ ile kısmi olarak saflaştırıldı. Proteaz enzimi kısmi olarak %72.87 verimle ham homojenata göre 25.41 kat saflaştırıldı. Bu termoaktif ve alkalifilik saflaştırılan proteaz enziminin optimum pH ve sıcaklığı sırasıyla 8.0 ve 50 °C olarak bulundu. Saflaştırılan enzim, %1 'den %15'e kadar olan genis bir tuz konsantrasyon aralığında aktif olarak belirlendi ve optimum tuz konsantrasyonu ise %1 (w/v) olarak bulundu. Enzim aktivitesi etilen diamin tetra asetik asit (EDTA) spesifik proteaz inhibitörüyle tamamen inhibe olduğu için enzim grubu metalloproteaz olduğu belirlendi. Proteaz enziminin Ca2+, K+ ve Mg2+ gibi metal iyonlarıyla aktive olduğu belirlendi. Saflaştırılan enzimin Km ve Vmak kinetik parametreleri kazein substratı kullanılarak sırasıyla 0.0649 mM ve 216.45 U mg−1 olarak bulundu. Saflaştırılan enzimin molekül ağırlığı sodyum dodesilsülfat poliakrilamit jel elektroforezi (SDS PAGE) ile yaklaşık 19.8 kDa olarak tayin edildi. Enzimin yüzey aktif maddeleri (% 0.1-0.5 SDS ve % 1-5 Triton X-100), %1 OMO ve Ariel deterjanlar ile ve ayrıca % 25 metanol gibi organik çözücülerle kararlılığını koruduğu tespit edildi. Ayrıca, saflastırılan proteaz enziminin en iyi aktiviteyi kazein, sıgır serum albumini (BSA) ve hemoglobin substratlarına karsı gösterdigi görülmüstür. Proteaz üretici izolatlarin identifikasyonu için ribotiplendirme analizi gerçekleştirilmiş ve bu örneklerden 3 (izolat TANN 4, TR 2 ve TR 4) tanesinin sırasıyla % 71, 68 ve 69 % benzerlik oranları ile Halobacillus trueperi) ve 1 tanesinin (izolat TR 1) ise % 64 oranı ile Virgibacillus pantothenticus oldukları tespit edilmiştir. Bu çalışmayı geliştirmek için daha ileri seviyede protein saflaştırma, bakteriyel tanımlama ve besiyerleri optimizasyonu gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
In this research the protease producing bacteria were screened from Indonesian traditional fermented food and saline soil sample from Indonesia. The purpose of this research was to partially purify and characterize microbial protease from halophilic bacteria. During the study, 4 halophilic protease producers were isolated from tauco and terasi. Among these isolates, halophilic bacteria isolate TANN 4 was recorded as the best protease producer. The isolate TANN 4 was grown in 18 % MGM (Modified Growth Medium) agar and broth containing 1% skim milk. Extracellular protease from isolate TANN 4 was partially purified using amonium sulfate precipitation and dialysis. The protease was partially purified with final yield of 72.87 % and also with 25.41 fold purity. This moderate thermoactive and alkaliphilic protease showed a pH optimum of 8.0 and temperature optimum was 50 °C. The enzyme also was active at salt concentrations ranging from 1 to 15 % (w/v), with optimum activity at 1 % NaCl (w/v). Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) completely inhibited the enzyme activity suggesting that it was a metalloprotease. Among metal ions, the Ca2+, K+ and Mg2+ ions enhanced the activity of enzyme. The KM and Vmax values exhibited by partially purified protease were 0.0649 mM and 216.45 U mg−1 using casein as substrate. The molecular weight was estimated to be 19.8 kDa on SDS PAGE. The enzyme also fairly stable in Triton X-100 (1 and 5 %), SDS (0.1 and 0.5 %), 1 % commercial detergents (OMO and Ariel) and 25 % methanol. In addition, this enzyme was capable of hydrolyzing casein, hemoglobin and bovine serum albumin (BSA). Automated ribotyping analysis revealed that 3 isolate (TANN 4, TR 2 and TR 4) resembled Halobacillus trueperi that exhibited 71, 68 and 69 % similarity respectively, and isolate (TR 1) resembled Virgibacillus pantothenticus with 64 % similarity. To improve this study, further protein purification, bacterial identification and media optimization are needed.
Benzer Tezler
- Toprak bakterilerinden ekstraselüler pektinaz üretimi, izolasyonu ve karakterizasyonu
Production, isolation and characterization of extraselular pectinase from soil bacteria
SEVİNÇ BERBER
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyokimyaSivas Cumhuriyet ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ FAZIL YENİDÜNYA
- Aqueous two-phase separation of xylanases produced by a bacillus sp.
Bir bacillus suşundan elde edilen ksilanazların sulu-iki faz yöntemiyle ayrıştırılması
SUZAN BİRAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2001
Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. UFUK BAKIR
PROF. DR. LEVENT YILMAZ
- Production of recombinant amylopullulanase enzyme from Thermoanaerobium brockii brockii
Thermoanaerobium brockii brockii kaynaklı amilopullulanaz enziminin rekombinant üretimi
HANDE MUMCU
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL-KARAGÜLER
- Bacillus türlerinden alanin dehidrogenaz izolasyonu ve kısmi saflaştırılması
Isolation and partial prufication of alanine dehydrogenase from bacillus strains
AYŞE BARAN
- Sucul çevrelerden lignolitik enzim üretici mikroorganizmaların izolasyonu, tanılanması ve endüstriyel atıkların parçalanması için ortam optimizasyonu
Isolation and identification of lignolytic enzymes producing microorganisms from aquatic environments and media optimization for biodegredation of industrial pollutants
SULTAN KÜBRA TOKER