Development of immunoaffinity based detection platforms for food pathogens
Gıda patojenleri için immünoafinite temelli teşhis platformlarının geliştirilmesi
- Tez No: 442240
- Danışmanlar: PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 188
Özet
Gıda patojenlerinden Salmonella ve E.coli, sağlığı tehdit eden en önemli patojenler arasındadır. Bu patojenlerin hızlı ve kolay teşhisi büyük önem taşımaktadır. Bu kapsamda, çalışmanın ilk kısmında Salmonella ve E.coli O157:H7 için altın nanoparçacıklara (AuNP) dayalı, antikor temelli yatay akışlı test (YAT) platformu geliştirilmiştir. İkinci kısmında ise Salmonella'ya özgü se155-4 antikorunun tek zincirli değişken kısımları (scFv) ile SNAP-Tag içeren tam zincirli antikorları (füzyon protein) rekombinant olarak üretilmiştir. Bu antikorların hedef organizmayı yakalamaları normal ve immunomanyetik ELISA ile test edilmiştir. Geliştirilen YAT platformunda HF180 en ideal membran seçilmiş, 36nm AuNP'lar ideal boyut olmuştur. En iyi tespit edilen türler S. enteritidis ve S. infantis olmuştur. E.coli hücreleri geliştirilen stripler ile spesifik şekilde yakalanmıştır. Stripler, hedef organizmaları bakteri karışımları içerisinde de hassasiyetle yakalamıştır. 5x105 S. typhimurium ve 3x104 E.coli bakterileri stripler ile teşhis edilen minimum hücre olmuştur. scFv'ler hedef organizmayı tek başına 2.8x104 hücre olarak yakalarken, farklı bakteri karışımı içerisinde 2.8x105 hücre olarak yakalamıştır. scFv'lerin tam bir bakteri hücresini yakalaması ve Se155-4 antikorunun füzyon protein şekli ilk defa bu çalışmada geliştirilmiştir. Üretilen bu antikorlar, S. typhimurium LPS'lerine, ölü ve canlı S. typhimurium hücrelerine yüksek affinite göstermiştir. Serogrup B hücrelerine spesifik olduğu bilinen se155-4 proteinin rekombinant üretimi ile Salmonella serogrup D LPS'lerine de yüksek afinite gösterdiği ilk defa bu çalışmada belirtilmiştir. LPS, en iyi afinite gösterilen antijen olmuştur. İmmünomanyetik ELISA ile 1.4x101 S. typhimurium hücresi teşhis edilen minimum patojen olmuştur.
Özet (Çeviri)
Salmonella and E.coli, food pathogens, are among the very important pathogens threating the health. Rapid and easy detection of these pathogens is crucial. In this context, lateral flow assay (LFA) platform prepared by gold nanoparticles (GNPs) based on antibody for Salmonella and E.coli O157:H7 was developed in the first part of this study. In second part, single chain variable fragments (scFv) and SNAP-Tagged full IgG (fusion protein) of se155-4 antibody specific to Salmonella were genetically produced. Target capturing potential of the antibodies was examined by conventional and immunomagnetic ELISA. HF180 and 36nm GNPs were ideal membrane and dimension, respectively in the developed LFA. The best recognized species were S. enteritidis and S. infantis. E.coli were also specifically captured by developed strips. 5x105 S. typhimurium and 3x104 E.coli cells were determined as limit of detection by strips. scFv captured 2.8x104 and 2.8x105 target cells alone and in bacterial mixture, respectively. To our knowledge, recognition of whole cells by scFv and fusion protein of se155-4 were the first records in the literature. Produced antibodies showed strong affinity to S. typhimurium LPS, live and killed S. typhimurium. With the recombinant production of se155-4 known as specific to serogroup B cells, its high affinity to Salmonella serogroup D LPS was indicated as the first, in this work. LPS was the best antigen with high affinity. 1.4x101 S. typhimurium cells were the minimum pathogens detected by immunomagnetic ELISA.
Benzer Tezler
- Proteomic approaches for the identification and quantification of clinically relevant biomarkers
Klinik önem taşıyan biyobelirteçlerin belirlenmesi ve miktar tayini için proteomik yaklaşımlar
MELTEM AŞICIOĞLU KÜÇÜK
Doktora
İngilizce
2024
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DR. MERVE ÖZTUĞ KILINÇ
- Kuru üzümde okratoksin A ve fumonisin B2 varlığının incelenmesi
Determination of ochratoxin A and fumonisin B2 in dried vine fruits
ZEYNEP ASLANOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP DİLEK HEPERKAN
- Effect of different anti-aflatoxin antibody isotypes on biosensor and immunoaffinity column performance
Aflatoksine karşı geliştirilen farklı izotipli antikorların biyosensör ve immunoaffinite kolon performansları üzerine etkileri
ÖZLEM ERTEKİN
Doktora
İngilizce
2016
BiyokimyaGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZAFER ZİYA ÖZTÜRK
- Kütle spektrometrisi ile proteinlerin ubikitinasyon bölgelerinin düşük derişimlerde belirlenmesi
Determination of ubiquitination site of proteins at low concentrations by mass spectrometry
ÜLKÜ GÜLER TOKAT
- Capture of rare circulating tumor cells from blood on bio-activated oxide surface inside microfluidic channels
Kandaki ender tümör hücrelerinin mikroakışkan kanal içi biyo-aktif oksit yüzeyde yakalanması
HATİCE CEREN ATEŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyomühendislikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALUK KÜLAH