Vibrio parahaemolyticus'un deniz levreklerinde (dicentrarchus labrax) farklı muhafaza sıcaklıklarında yaşamının klasik kültürel, qpcr ve REAL-TIME LAMP metotları ile incelenmesi
Investigation the living of vibrio parahaemolyticus in sea bass (dicentrarchus labrax) at different storage temperatures by classical cultural, QPCR and REAL-TIME LAMP METHOD
- Tez No: 443643
- Danışmanlar: PROF. DR. YUSUF DOĞRUER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Besin Hijyeni ve Teknolojisi, Food Hygiene and Technology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
Araştırmada Vibrio parahaemolyticus hücrelerine soğuk ve donmuş muhafaza koşullarının etkisinin ortaya konması, etkenlerin saptanabilme seviyeleri bakımından yöntem duyarlılıklarının karşılaştırılması amaçlandı. Proje kapsamında uygulanacak olan Real-Time LAMP ve qPCR yöntemlerinin yanısıra, canlı ve ölü hücrelerin ayrımı amacıyla kullanılacak olan PMA dozu optimize edildi. Daha sonra V. parahaemolyticus inokule edilen deniz levrekleri soğuk (4°C) ve dondurulmuş (- 18 °C, -45 °C) sıcaklık derecelerine maruz bırakıldı. Belirlenen depolama günlerinde (1, 3, 7 ve 14) yapılan örneklemelerde klasik kültürel, Real-Time LAMP, PMA-Real-Time LAMP, qPCR ve PMAqPCR metotlarıyla etken varlığı araştırıldı. Real-Time LAMP ve qPCR optimizasyonunda tespit edilebilen en düşük bakteri sayıları sırasıyla 2,5x104 ve 2,5x103 KOB/g olarak belirlendi. PMA' nın optimum dozu ise 50 μM olarak saptandı. Deneysel numunelerden elde edilen bulgulara göre bakteri sayıları karşılaştırıldığında tüm günlerde ve depolama sıcaklıklarında en yüksek sayı PMA uygulanmayan moleküler yöntemlerle, en düşük sayı ise klasik kültürel yöntemle tespit edildi. PMA uygulanan ve uygulanmayan örneklerden elde edilen bulgular kendi aralarında istatistiksel açıdan benzer sonuçlar gösterdi. Klasik kültürel yöntemle gerçekleştirilen örneklemelerde 7. ve 14. günde yapılan ekimlerde uygulanan depolama sıcaklıklarının hiçbirinde üreme gözlenmemesine karşın diğer yöntemlerle bakteri varlığı tespit edildi. Uygulanan tüm depolama sıcaklıklarında 1. günden 14. güne kadar gerçekleşen bakteri sayılarındaki azalma, yöntemlerin hepsinde gözlemlendi. Araştırmada kullanılan mikroorganizma tespit yöntemlerinden klasik kültürel yöntemin, moleküler metotlara kıyasla süre ve işgücü gereksiniminin fazlalığı, VBNC formun tespit edilememesi gibi dezavantajları bulunmaktadır. Bu nedenle özellikle VBNC forma geçebilen mikroorganizmaların izolasyon ve identifikasyonunda DNA tespitine olanak sağlayan moleküler yöntemlerin klasik kültürel yöntemlerle kombine olarak uygulanması gerektiği düşünülmektedir. PMA gibi bazı azide grubu kimyasallar ile ölü ve canlı hücrelerin birlikte bulunduğu bir popülasyonda yüksek seçicilikte bir ayrım yapılabilmektedir. PMA'nın moleküler yöntemlerle kombine olarak kullanılmasıyla yüksek seçicilik ve özgünlükte sonuçlar elde edilmesi ve mikroorganizmaların VBNC formunun da tespitinin sağlanması nedeniyle gıda mikrobiyolojisinde daha geniş kullanım alanı bulması önem arz etmektedir. Real-Time LAMP ve qPCR yöntemlerinin PMA uygulanan ve uygulanmayan örneklerde benzer sonuçlar göstermesi nedeniyle daha düşük maliyetli ve daha kısa sürede sonuç veren Real-Time LAMP yönteminin qPCR'a alternatif olarak uygulanabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
In the study it was aimed to demonstrate the effect of cold and frozen storage conditions on Vibrio parahaemolyticus and to compare the sensitivities of the methods in terms of ability to determine the level of bacterial cells. In addition to the optimization of LAMP and Real-Time PCR methods to be implemented under the project, PMA dose has also been optimized which will be used to distinguish live and dead cells. Sea basses inoculated with V. parahaemolyticus were subsequently exposed to cold (4 °C) and frozen (-18 °C, -45 °C) temperatures. Levels of the bacteria were investigated at the designated storage days (1, 3, 7 and 14) with sampling by classic cultural, Real- Time LAMP, PMA-Real-Time LAMP, qPCR, PMA-qPCR methods. By optimizing the Real-Time LAMP and qPCR, the lowest bacteria counts were detected as 2,5x104 and 2,5x103 CFU/g, respectively. The optimum dose of PMA was detected as 50 μM. According to the findings compared with the number of bacteria from the experimental samples, the highest number was determined by molecular methods which PMA was not applied and the lowest number was determined by the conventional cultural methods at all storage temperature and on all sampling days. The results obtained from PMA treated and untreated samples showed statistically similar results with each other. Although bacterial growth was not observed by classical cultural methods at any of the storage temperatures, presence of bacteria was determined by other methods performed in the sampling days of 7. and 14. The reduction occur in the number of bacteria was observed by all of methods applied at all the storage temperatures from the 1. day to the 14. day. Classical cultural method used in the study has some drawbacks compared to molecular methods for detection of microorganisms such as time consuming labor requirements and inability to detect VBNC form. Therefore it is thought that conventional cultural methods should be implemented in combination with molecular methods allowing detection of DNA for isolation and identification of microorganisms which can pass to VBNC form. In a population of dead and live cells are co-located, discrimination can be done with some azide group chemicals such as PMA with a high selectivity. It is crucial in food microbiology to obtain results in high selectivity and specificity with wider use of molecular methods in combination with PMA and also for the detection of microorganisms in VBNC state. Owing to the similar results of Real-Time LAMP and qPCR methods in PMA treated and untreated samples, Real-Time LAMP can be applied as an alternative to qPCR because of lower cost and less time required for getting results.
Benzer Tezler
- Karideslerden vibrio parahaemolyticus'un izolasyon ve identifikasyonu
Isolation and identification of vibrio parahaemolyticus from shrimps
MELTEM ÇALIŞKAN
Doktora
Türkçe
2023
Besin Hijyeni ve TeknolojisiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiBesin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SADIK BÜYÜKYÖRÜK
- Farklı balık türlerinde ve kum midyelerinde vibrio parahaemolyticus'un izolasyonu ve identifikasyonu
Isolation and identification of vibrio parahaemolyticus in different fish species and cockles
AYŞEGÜL AYDIN
Doktora
Türkçe
2001
Besin Hijyeni ve TeknolojisiUludağ ÜniversitesiBesin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜL ECE SOYUTEMİZ
- Konya'da taze olarak tüketime sunulan balıklarda bazı besin patojenlerinin varlığının araştırılması
Investigation on presence of some foodborne pathogens in fish marketed as fresh in Konya
ZEYNEP ALATAŞ
Doktora
Türkçe
2018
Besin Hijyeni ve TeknolojisiSelçuk ÜniversitesiBesin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET GÜNER
- Antalya bölgesinde avlanan penaeus semisulcatus'un bakteriyolojik, kimyasal kalitesi ve et verimi
The Bacteriological, chemical quality and the meat yield of penaeus semisulcatus caught from Antalya region
ŞÜKRAN ATAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Su ÜrünleriSüleyman Demirel ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ABDULLAH DİLER
- İstanbul'un su kaynaklarının patojen barsak bakterileri bakımından değerlendirilmesi
Investigation for enteropathogenic bacteria in water sources of Istanbul
FATMA KÖKSAL
Doktora
Türkçe
1999
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA SAMASTI